| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 英文缩略词 | 第13-14页 |
| 1 引言 | 第14-16页 |
| 2 材料和方法 | 第16-21页 |
| 2.1 实验材料 | 第16-17页 |
| 2.1.1 数据来源和菌种信息 | 第16页 |
| 2.1.2 采用的本地软件及网络服务器 | 第16-17页 |
| 2.1.3 主要试剂和仪器 | 第17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17-20页 |
| 2.2.1 CRISPR侧翼序列选取与分析 | 第17页 |
| 2.2.2 志贺菌CRISPR的识别与分析 | 第17-18页 |
| 2.2.3 Cas基因识别及cas1，cas2 基因同源树的构建 | 第18页 |
| 2.2.4 Spacer序列分析 | 第18页 |
| 2.2.5 志贺菌CRISPR引物设计 | 第18-19页 |
| 2.2.6 志贺菌CRISPR扩增体系、PCR反应及检测 | 第19页 |
| 2.2.7 统计分析 | 第19-20页 |
| 2.3 技术路线图 | 第20-21页 |
| 3 结果 | 第21-44页 |
| 3.1 志贺菌、大肠杆菌和沙门菌中CRISPR的分布 | 第21-24页 |
| 3.1.1 CRISPRdb数据库中志贺菌、大肠杆菌和沙门菌确定CRISPR的分布情况 | 第21-22页 |
| 3.1.2 Gen Bank 数据库中志贺菌 CRISPR 的分布情况 | 第22-24页 |
| 3.2 志贺菌、大肠杆菌和沙门菌中CRISPR的结构特征 | 第24-35页 |
| 3.2.1 CRISPRdb数据库中志贺菌、大肠杆菌和沙门菌确定CRISPR侧翼序列的多序列比对 | 第24-28页 |
| 3.2.2 志贺菌、大肠杆菌和沙门菌CRISPR中spacer的特征 | 第28-30页 |
| 3.2.3 GenBank数据库志贺菌CRISPR的重复序列的特征 | 第30-32页 |
| 3.2.4 GenBank数据库志贺菌中cas1 和cas2 基因的同源树 | 第32-33页 |
| 3.2.5 GenBank数据库志贺菌CRISPR1/CRISPR2 与CRISPR-Q1 中spacer数目的关系 | 第33-35页 |
| 3.3 Spacer的形成方式及匹配基因编码产物特点 | 第35-44页 |
| 3.3.1 Spacer与proto-spacer之间的碱基差异性分析 | 第35-38页 |
| 3.3.2 I型和II型spacer的形成方式 | 第38-40页 |
| 3.3.3 Spacer匹配基因编码产物特点 | 第40-44页 |
| 4 讨论 | 第44-51页 |
| 4.1 志贺菌、大肠杆菌和沙门菌中CRISPR的分布 | 第44-45页 |
| 4.2 志贺菌、大肠杆菌和沙门菌中CRISPR的结构特征 | 第45-48页 |
| 4.2.1 志贺菌、大肠杆菌和沙门菌CRISPR的侧翼序列与重复序列特点及spacer特点 | 第45-46页 |
| 4.2.2 志贺菌CRISPR的结构特征 | 第46-48页 |
| 4.3 Spacer形成方式的探索及匹配基因编码产物特点 | 第48-50页 |
| 4.4 创新性及局限性 | 第50-51页 |
| 5 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 综述 | 第55-66页 |
| 1 CRISPR系统结构 | 第56-57页 |
| 1.1 CRISPR结构的基本特征 | 第56页 |
| 1.2 动态性的CRISPR | 第56-57页 |
| 1.3 CRISPR结构中重复序列和间隔序列的特点 | 第57页 |
| 2 CRISPR的生物信息学 | 第57-60页 |
| 2.1 CRISPR信息的获取途径 | 第57-58页 |
| 2.2 CRISPR间隔序列的相似性分析 | 第58页 |
| 2.3 CRISPR结构的多序列比对以及系统分析 | 第58-59页 |
| 2.4 CRISPR结构序列保守性分析二级结构预测 | 第59页 |
| 2.5 CRISPR/Cas结构的综合分析 | 第59-60页 |
| 3 大肠杆菌存在的CRISPR系统的分析 | 第60-61页 |
| 4 CRISPR与耐药和毒力之间的联系 | 第61页 |
| 5 总结与展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-66页 |
| 附录 | 第66-83页 |
| 个人简历 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85页 |
