| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 研究目的 | 第10页 |
| 1.2 概述 | 第10-11页 |
| 1.3 测序平台数据输出 | 第11-12页 |
| 1.4 测序数据的基本处理 | 第12页 |
| 1.5 读段定位与表达水平计数 | 第12-13页 |
| 1.6 表达差异分析 | 第13-14页 |
| 1.7 聚类分析 | 第14-15页 |
| 2 斑马鱼胚胎发育转录组生物信息学分析 | 第15-44页 |
| 2.1 引言 | 第15-17页 |
| 2.2 材料和方法 | 第17-24页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第17-18页 |
| 2.2.1.1 斑马鱼材料及测序 | 第17页 |
| 2.2.1.2 主要仪器设备 | 第17页 |
| 2.2.1.3 生物信息分析软件数据 | 第17-18页 |
| 2.2.2 技术路线和实验方法 | 第18-24页 |
| 2.2.2.1 Unigene文库冗余估计 | 第18-19页 |
| 2.2.2.2 Unigene文库选择性剪接估计 | 第19-21页 |
| 2.2.2.3 Unigene注释 | 第21页 |
| 2.2.2.4 读段定位 | 第21-22页 |
| 2.2.2.5 转录本表达定量和表达差异分析 | 第22-23页 |
| 2.2.2.6 表达谱平滑化 | 第23页 |
| 2.2.2.7 斑马鱼转录组聚类及热图 | 第23-24页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第24-43页 |
| 2.3.1 Unigene文库评估 | 第24-27页 |
| 2.3.2 读段定位 | 第27-28页 |
| 2.3.3 标准化方法比较 | 第28-29页 |
| 2.3.4 转录本表达定量及表达差异分析 | 第29-35页 |
| 2.3.4.1 参考序列读段数分布统计 | 第29-31页 |
| 2.3.4.2 相对表达值计算及显著性分析 | 第31-32页 |
| 2.3.4.3 发育时期间的差异 | 第32-35页 |
| 2.3.5 与斑马鱼芯片表达谱比较 | 第35-37页 |
| 2.3.6 斑马鱼转录组聚类分析 | 第37-43页 |
| 2.3.6.1 统计检验结果 | 第38-41页 |
| 2.3.6.2 表达趋势聚类 | 第41-43页 |
| 2.4 小结 | 第43-44页 |
| 3 日本血吸虫Hox基因家族研究 | 第44-59页 |
| 3.1 引言 | 第44-46页 |
| 3.1.1 Hox基因家族研究概述 | 第44-45页 |
| 3.1.2 日本血吸虫概述 | 第45-46页 |
| 3.2 材料和方法 | 第46-52页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第46-47页 |
| 3.2.1.1 日本血吸虫总cDNA | 第46-47页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第47页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第47页 |
| 3.2.4 生物信息分析软件 | 第47-48页 |
| 3.2.5 技术路线和实验方法 | 第48-52页 |
| 3.2.5.1 Hox基因识别 | 第48页 |
| 3.2.5.2 Hox基因系统进化分析 | 第48-51页 |
| 3.2.5.3 引物设计与合成 | 第51-52页 |
| 3.2.5.4 Semi-quantitative RT-PCR | 第52页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第52-57页 |
| 3.3.1 Hox基因家族成员识别 | 第52-53页 |
| 3.3.2 Hox基因表达谱测定 | 第53-54页 |
| 3.3.3 Hox基因系统进化分析 | 第54-57页 |
| 3.4 小结 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |