| 摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第16-52页 |
| 1.1. 嗜盐古生菌的基本生物学特征 | 第18-23页 |
| 1.1.1 高盐环境中的微生物 | 第18-19页 |
| 1.1.2. 嗜盐古生菌的发现与分类 | 第19-22页 |
| 1.1.3. 嗜盐古生菌的形态、结构与生长特点 | 第22页 |
| 1.1.4. 嗜盐古生菌对高盐环境的适应性 | 第22-23页 |
| 1.2. 嗜盐古生菌的代谢 | 第23-25页 |
| 1.2.1. 物质代谢 | 第23-24页 |
| 1.2.2. 能量代谢 | 第24-25页 |
| 1.3. 古生菌蛋白质的跨膜转运 | 第25-34页 |
| 1.3.1. 古生菌的细胞膜和细胞壁 | 第25-28页 |
| 1.3.2. 古生菌蛋白的分泌途径 | 第28-31页 |
| 1.3.3. 古生菌的信号肽 | 第31-34页 |
| 1.4. 基因组和基因组学 | 第34-45页 |
| 1.4.1. 基因组学和基因组测序技术 | 第34-36页 |
| 1.4.2. 微生物基因组学 | 第36-37页 |
| 1.4.3. 微生物功能基因组学 | 第37-39页 |
| 1.4.4. 古生菌基因组进化与比较基因组学 | 第39-45页 |
| 1.5. 蛋白质组学和分泌蛋白质组 | 第45-50页 |
| 1.5.1. 蛋白质组学 | 第45-46页 |
| 1.5.2. 质谱技术在蛋白质组学中的应用 | 第46-48页 |
| 1.5.3. 古生菌分泌蛋白质组研究 | 第48-50页 |
| 1.6. 本研究的背景、目的及内容 | 第50-52页 |
| 1.6.1. 研究背景 | 第50页 |
| 1.6.2. 研究目的 | 第50页 |
| 1.6.3. 研究内容 | 第50-52页 |
| 第二章 材料与方法 | 第52-73页 |
| 2.1. 实验材料 | 第52-62页 |
| 2.1.1. 菌株 | 第52页 |
| 2.1.2. 质粒 | 第52-53页 |
| 2.1.3. 序列 | 第53-54页 |
| 2.1.4. 药品及试剂 | 第54-55页 |
| 2.1.5. 培养基 | 第55-56页 |
| 2.1.6. 溶液和抗生素的配制 | 第56-58页 |
| 2.1.7. 仪器 | 第58-59页 |
| 2.1.8. 数据库和程序 | 第59-62页 |
| 2.2. 实验方法 | 第62-73页 |
| 2.2.1. 嗜盐古生菌基因组DNA的制备 | 第62页 |
| 2.2.2. Natrinema sp.J7-2基因组测序和拼接 | 第62页 |
| 2.2.3. 基因的预测和注释 | 第62页 |
| 2.2.4. 代谢途径构建 | 第62-63页 |
| 2.2.5. 基因组进化分析 | 第63页 |
| 2.2.6. 功能区预测 | 第63-64页 |
| 2.2.7. 电镜样品制备 | 第64页 |
| 2.2.8. 嗜盐古生菌胞外蛋白样品制备 | 第64页 |
| 2.2.9. 嗜盐古生菌膜蛋白样品制备 | 第64-65页 |
| 2.2.10. RPLC-ESI-MS/MS分析样品的制备 | 第65页 |
| 2.2.11. C18 SepPak反相柱脱盐 | 第65-66页 |
| 2.2.12. RPLC-ESI-MS/MS数据处理 | 第66页 |
| 2.2.13. PCR反应 | 第66-69页 |
| 2.2.14. 碱裂解法制备质粒DNA | 第69页 |
| 2.2.15. E.coli感受态细胞的制备与转化 | 第69-70页 |
| 2.2.16. 沃氏富盐菌(H.volcanii)的转化 | 第70页 |
| 2.2.17. 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第70-71页 |
| 2.2.18 培养物胞外蛋白酶活性测定 | 第71-73页 |
| 第三章 Natrinema sp.J7-2基因组分析 | 第73-126页 |
| 3.1. 引言 | 第73-74页 |
| 3.2. Natrinema sp.J7-2基因组概况 | 第74-75页 |
| 3.3. 整合、插入与转座 | 第75-82页 |
| 3.3.1 位点特异性整合酶 | 第75-77页 |
| 3.3.2. 整合区域(Integrated element) | 第77-79页 |
| 3.3.3. 基因组中的插入序列 | 第79-82页 |
| 3.4. CRISPR/Cas系统 | 第82-85页 |
| 3.5. 碳源的利用 | 第85-89页 |
| 3.5.1. 葡萄糖和葡萄糖酸的利用 | 第85-86页 |
| 3.5.2. 甘油和乙酸的利用 | 第86-87页 |
| 3.5.3. 丙酸的代谢 | 第87-89页 |
| 3.5.4. PHA(Polyhydroxyalkanoates)的合成 | 第89页 |
| 3.6. 二氧化碳的固定 | 第89-91页 |
| 3.7. 氨基酸合成途径 | 第91-110页 |
| 3.7.1. 谷氨酸、谷氨酰胺、天冬氨酸、天冬酰胺、苏氨酸、甲硫氨酸、丙氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的合成 | 第93页 |
| 3.7.2. 赖氨酸和精氨酸的合成 | 第93-102页 |
| 3.7.3. 脯氨酸的合成 | 第102页 |
| 3.7.4. 丙氨酸的合成 | 第102-103页 |
| 3.7.5. 组氨酸的合成 | 第103页 |
| 3.7.6. 丝氨酸、甘氨酸和半胱氨酸的合成 | 第103-104页 |
| 3.7.7. 芳香族氨基酸的合成 | 第104-110页 |
| 3.8. 氮源的利用 | 第110页 |
| 3.9. 转运体和离子通道 | 第110-116页 |
| 3.10. 嗜盐古生菌的进化分析 | 第116-124页 |
| 3.10.1. 嗜盐古生菌的16S rRNA系统进化树 | 第116-119页 |
| 3.10.2. 嗜盐古生菌的基因组进化分析 | 第119-122页 |
| 3.10.3. 特定基因的进化分析 | 第122-124页 |
| 3.11. 本章小结 | 第124-126页 |
| 第四章 Natrinema sp.J7-2分泌蛋白的基因组预测分析和蛋白质组分析 | 第126-160页 |
| 4.1. 引言 | 第126-127页 |
| 4.2. 结果与分析 | 第127-149页 |
| 4.2.1. Natrinema sp.J7-2分泌系统及其底物的生物信息学分析 | 第127-130页 |
| 4.2.2. Natrinema sp.J7-2细胞表面结构的电镜观察 | 第130-131页 |
| 4.2.3. Natrinema sp.J7-2的分泌蛋白及膜蛋白的蛋白质组分析 | 第131-149页 |
| 4.3. 讨论 | 第149-160页 |
| 4.3.1. Natrinema sp.J7-2培养物胞外蛋白的组成 | 第149-150页 |
| 4.3.2. Natrinema sp.J7-2培养物膜蛋白的组成 | 第150-151页 |
| 4.3.3. Sec途径和Tat途径分泌蛋白的比较 | 第151-153页 |
| 4.3.4. 不含信号肽的胞外蛋白 | 第153-155页 |
| 4.3.5. S层蛋白 | 第155-157页 |
| 4.3.6. 转运体和通道蛋白 | 第157-158页 |
| 4.3.7. 信号传导和鞭毛组分 | 第158-160页 |
| 第五章 Natrinema sp.J7-2胞外蛋白酶分泌的初步研究 | 第160-169页 |
| 5.1. 引言 | 第160页 |
| 5.2. 结果与分析 | 第160-167页 |
| 5.2.1. Natrinema sp.J7-2基因组中的蛋白酶的种类 | 第160-163页 |
| 5.2.2. 蛋白酶基因的克隆及信号肽互换嵌合体的构建 | 第163-165页 |
| 5.2.2.1. SptA表达质粒的构建 | 第163-164页 |
| 5.2.2.2. SptE表达质粒的构建 | 第164页 |
| 5.2.2.3. 信号肽互换嵌合体表达质粒的构建 | 第164-165页 |
| 5.2.3. 重组菌株胞外蛋白酶的活性检测 | 第165-167页 |
| 5.2.3.1. 利用牛奶平板活性检测 | 第165-166页 |
| 5.2.3.2. 培养物胞外上清酶活检测 | 第166-167页 |
| 5.3. 讨论 | 第167-169页 |
| 展望 | 第169-170页 |
| 参考文献 | 第170-190页 |
| 致谢 | 第190页 |
