| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略语表（Abbreviation） | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-47页 |
| 1.1 猪传染性胸膜肺炎概述 | 第14-23页 |
| 1.1.1 猪传染性胸膜肺炎的病原学 | 第14-15页 |
| 1.1.2 猪传染性胸膜肺炎的流行现状及危害 | 第15-18页 |
| 1.1.3 胸膜肺炎放线杆菌基因组学和转录组学研究进展 | 第18-23页 |
| 1.2 转录组学概述 | 第23-31页 |
| 1.2.1 转录组学研究的意义 | 第23-24页 |
| 1.2.2 转录组学研究的基本方法 | 第24-27页 |
| 1.2.3 细菌转录组学研究进展 | 第27-31页 |
| 1.3 RNA-seq技术及其应用 | 第31-44页 |
| 1.3.1 RNA-seq技术简介 | 第32页 |
| 1.3.2 测序技术的发展 | 第32-36页 |
| 1.3.3 RNA-seq的流程 | 第36-37页 |
| 1.3.4 RNA-seq技术及其优缺点 | 第37-39页 |
| 1.3.5 RNA-seq的应用 | 第39-41页 |
| 1.3.6 RNA-seq技术中存在的挑战 | 第41-43页 |
| 1.3.7 RNA-seq技术在细菌转录组研究中应用展望 | 第43-44页 |
| 1.4 蛋白质相互作用网络概述 | 第44-47页 |
| 第二章 胸膜肺炎放线杆菌单碱基分辨率转录图谱的构建与分析 | 第47-97页 |
| 2.1 前言 | 第47-48页 |
| 2.2 实验材料 | 第48-51页 |
| 2.2.1 菌株 | 第48页 |
| 2.2.2 主要试剂盒和培养基 | 第48-50页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第50-51页 |
| 2.3 实验方法 | 第51-58页 |
| 2.3.1 细菌复苏 | 第51页 |
| 2.3.2 生长特性试验 | 第51页 |
| 2.3.3 细菌DNA的提取及菌株鉴定 | 第51-52页 |
| 2.3.4 RNA样品的制备 | 第52-55页 |
| 2.3.5 RNA的质量检测 | 第55-56页 |
| 2.3.6 cDNA第一链的合成（用于RT-PCR实验） | 第56-57页 |
| 2.3.7 RNA-seq测序文库制备 | 第57页 |
| 2.3.8 RNA-seq文库测序 | 第57-58页 |
| 2.4 数据分析方法 | 第58-65页 |
| 2.4.1 转录组分析的原始数据 | 第58页 |
| 2.4.2 原始数据的质量评估 | 第58-59页 |
| 2.4.3 测序数据与胸膜肺炎放线杆菌JL03株基因组的匹配 | 第59-60页 |
| 2.4.4 基因表达水平的确定及标准化 | 第60-61页 |
| 2.4.5 猪胸膜肺炎放线杆菌转录组全局分析 | 第61-65页 |
| 2.5 结果与分析 | 第65-91页 |
| 2.5.1 猪胸膜肺炎放线杆菌菌株鉴定及生长特性测定 | 第65-67页 |
| 2.5.2 RNA样品的制备和质量分析 | 第67-69页 |
| 2.5.3 RNA-seq文库的构建及测序 | 第69页 |
| 2.5.4 原始数据的过滤及质量评估 | 第69-70页 |
| 2.5.5 猪胸膜肺炎放线杆菌全基因组水平的转录分析 | 第70-72页 |
| 2.5.6 基因组背景表达深度的估计及表达区域的鉴定 | 第72-73页 |
| 2.5.7 猪胸膜肺炎放线杆菌Promoter和Terminator预测 | 第73页 |
| 2.5.8 新基因预测 | 第73-77页 |
| 2.5.9 基因注释矫正 | 第77-79页 |
| 2.5.10 基因非翻译区（UTR）的预测分析 | 第79-83页 |
| 2.5.11 非编码RNA（sRNA）的预测分析 | 第83-86页 |
| 2.5.12 操纵子（operon）的分析及RT-PCR验证 | 第86-91页 |
| 2.6 讨论 | 第91-97页 |
| 2.6.1 猪胸膜肺炎放线杆菌JL03株基因组重注释 | 第91-93页 |
| 2.6.2 猪胸膜肺炎放线杆菌JL03株sRNA和UTR鉴定分析 | 第93-95页 |
| 2.6.3 猪胸膜肺炎放线杆菌JL03株操纵子鉴定分析 | 第95-97页 |
| 第三章 胸膜肺炎放线杆菌蛋白质互作网络的构建与分析 | 第97-133页 |
| 3.1 前言 | 第97-98页 |
| 3.2 材料方法 | 第98-108页 |
| 3.2.1 材料 | 第98-102页 |
| 3.2.2 方法 | 第102-108页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第108-125页 |
| 3.3.1 APP的蛋白互作网络总体分析 | 第108-112页 |
| 3.3.2 蛋白质互作网络的拓扑结构与属性 | 第112-115页 |
| 3.3.3 H-NS蛋白互作子网络中相互作用的实验验证与分析 | 第115-116页 |
| 3.3.4 蛋白质功能预测分析 | 第116-118页 |
| 3.3.5 APP蛋白质互作网络生物通路分析与药物靶标的预测 | 第118-121页 |
| 3.3.6 APP蛋白质互作网络信号转导分析 | 第121-125页 |
| 3.4 讨论 | 第125-133页 |
| 3.4.1 APP的蛋白互作网络的拓扑结构与属性 | 第125-126页 |
| 3.4.2 H-NS蛋白互作子网络中相互作用的验证与分析 | 第126页 |
| 3.4.3 APP蛋白质互作网络生物通路分析与药物靶标的预测 | 第126-130页 |
| 3.4.4 APP蛋白质互作网络信号转导分析 | 第130-133页 |
| 第四章 结论 | 第133-134页 |
| 参考文献 | 第134-141页 |
| 附录 | 第141-184页 |
| 发表论文 | 第184-185页 |
| 致谢 | 第185-187页 |
