| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-40页 |
| 1.1 中国荷斯坦牛种公牛精液生产现状 | 第12-13页 |
| 1.2 牛冷冻精液生产工艺 | 第13-14页 |
| 1.3 种公牛精液品质评价指标 | 第14-15页 |
| 1.4 种公牛精液生产性状遗传效应研究进展 | 第15-22页 |
| 1.4.1 种公牛精液生产性状遗传参数 | 第15-16页 |
| 1.4.2 影响公牛精液品质因素 | 第16页 |
| 1.4.3 公牛精子发生的基因表达调控 | 第16-20页 |
| 1.4.5 公牛精液性状功能候选基因研究进展 | 第20-22页 |
| 1.5 畜禽经济性状定位研究进展 | 第22-26页 |
| 1.5.1 QTL定位 | 第22-23页 |
| 1.5.2 奶牛重要经济性状QTL定位情况 | 第23-26页 |
| 1.6 全基因组关联分析(GWAS)研究进展 | 第26-35页 |
| 1.6.1 全基因组关联分析研究试验设计及统计分析方法 | 第27-29页 |
| 1.6.2 全基因组关联分析多重检验调整(Multiple Testing Adjusting) | 第29-30页 |
| 1.6.3 全基因组关联分析的群体分层问题 | 第30-31页 |
| 1.6.4 全基因组关联分析SNP数据的质量控制 | 第31页 |
| 1.6.5 牛54K全基因组SNP芯片 | 第31-32页 |
| 1.6.6 全基因组关联分析在奶牛的研究进展 | 第32-35页 |
| 1.7 SNP标记的研究进展 | 第35-38页 |
| 1.7.1 SNIP的概念及特点 | 第35页 |
| 1.7.2 SNP的主要检测技术及应用 | 第35-38页 |
| 1.8 本研究的目的与意义 | 第38页 |
| 1.9 本研究的技术路线及研究内容 | 第38-40页 |
| 1.9.1 技术路线 | 第38-39页 |
| 1.9.2 研究内容 | 第39-40页 |
| 第二章 中国荷斯坦牛种公牛精液性状的全基因组关联分析 | 第40-61页 |
| 2.1 试验材料 | 第40-42页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第40-41页 |
| 2.1.2 采精记录的数据整理 | 第41-42页 |
| 2.2 精液性状统计分析方法 | 第42-44页 |
| 2.2.1 影响精液性状的因素分析模型 | 第42页 |
| 2.2.2 精液性状的育种值估计模型 | 第42-43页 |
| 2.2.3 精液性状的GWAS分析 | 第43-44页 |
| 2.3 结果与分析 | 第44-56页 |
| 2.3.1 精液性状的基本统计量 | 第44-45页 |
| 2.3.2 各因素对精液性状的影响 | 第45-50页 |
| 2.3.3 精液性状育种值及逆回归育种值 | 第50页 |
| 2.3.4 SNP的质量控制 | 第50-51页 |
| 2.3.5 中国荷斯坦牛种公牛精液性状GWAS分析结果 | 第51-55页 |
| 2.3.6 群体分层结果 | 第55-56页 |
| 2.4 讨论 | 第56-60页 |
| 2.4.1 我国荷斯坦牛种公牛精液生产情况的讨论 | 第56-57页 |
| 2.4.2 影响荷斯坦牛种公牛精液性状的因素的讨论 | 第57页 |
| 2.4.3 中国荷斯坦牛公牛精液性状全基因组关联分析的讨论 | 第57-60页 |
| 2.5 小结 | 第60-61页 |
| 第三章 中国荷斯坦牛种公牛精液性状的候选基因分析 | 第61-89页 |
| 3.1 材料与方法 | 第61-70页 |
| 3.1.1 试验群体 | 第61页 |
| 3.1.2 主要试剂及配制方法 | 第61-62页 |
| 3.1.3 主要仪器 | 第62页 |
| 3.1.4 基因组DNA质量控制 | 第62-63页 |
| 3.1.5 使用的主要软件 | 第63页 |
| 3.1.6 试验方法 | 第63-68页 |
| 3.1.7 统计分析 | 第68-70页 |
| 3.2 结果与分析 | 第70-86页 |
| 3.2.1 冻精基因组的提取 | 第70页 |
| 3.2.2 混池基因组DNA的PCR结果 | 第70-71页 |
| 3.2.3 基于混池DNA测序的SNP筛查 | 第71-72页 |
| 3.2.4 SNP的SNaPshot分型 | 第72-73页 |
| 3.2.5 基因和基因型频率及哈迪-温伯格检验 | 第73-74页 |
| 3.2.6 SNP连锁不平衡分析 | 第74-76页 |
| 3.2.7 公牛精液性状的育种值估计及与SNPs位点的关联性分析 | 第76-86页 |
| 3.3 讨论 | 第86-88页 |
| 3.3.1 关于SNP筛选及关联分析的研究方法 | 第86-87页 |
| 3.3.2 CSF1R基因对公牛精液生产性状的影响 | 第87页 |
| 3.3.3 ETNK1基因对公牛精液生产性状的影响 | 第87-88页 |
| 3.4 小结 | 第88-89页 |
| 第四章 结论与下一步工作设想 | 第89-90页 |
| 4.1 结论 | 第89页 |
| 4.2 下一步工作设想 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-99页 |
| 致谢 | 第99-101页 |
| 附录 | 第101-103页 |
| 个人简历 | 第103页 |
