| 摘要 | 第11-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 常用中英文缩略词表 | 第16-17页 |
| 第一部分 猪FIT1基因表达模式与调控机理的研究 | 第17-71页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-26页 |
| 1 前言 | 第17页 |
| 2 FIT基因家族的研究进展 | 第17-19页 |
| 2.1 FIT基因家族的表达模式 | 第17-18页 |
| 2.2 FIT基因家族的生物学功能 | 第18-19页 |
| 3 肌肉组织特异性顺式调控元件及其在育种中的应用 | 第19-24页 |
| 3.1 核心启动子 | 第19-20页 |
| 3.2 上游调控元件 | 第20-23页 |
| 3.2.1 E-box元件 | 第21页 |
| 3.2.2 MEF2元件 | 第21-22页 |
| 3.2.3 SRE元件 | 第22页 |
| 3.2.4 TEF1元件 | 第22-23页 |
| 3.3 在动物育种中的应用 | 第23-24页 |
| 4 目的与意义 | 第24-26页 |
| 第二章 材料和方法 | 第26-51页 |
| 1 实验材料 | 第26-31页 |
| 1.1 实验样品 | 第26页 |
| 1.2 细胞系 | 第26页 |
| 1.3 载体 | 第26-28页 |
| 1.4 主要仪器和设备 | 第28-29页 |
| 1.5 主要试剂与试剂盒 | 第29-30页 |
| 1.6 常用试剂及配制 | 第30-31页 |
| 1.7 主要的生物学软件和网站 | 第31页 |
| 2 实验方法 | 第31-51页 |
| 2.1 猪FIT1基因在不同组织以及不同发育时期肌肉组织表达模式分析 | 第31-34页 |
| 2.1.1 不同组织以及不同发育时期肌肉组织总RNA的提取 | 第31-33页 |
| 2.1.2 cDNA的合成 | 第33页 |
| 2.1.3 定量分析猪FIT1基因在不同组织以及不同发育时期肌肉组织中的表达水平 | 第33-34页 |
| 2.2 FIT1基因在不同分化时期C2C12细胞表达模式分析 | 第34-37页 |
| 2.2.1 C2C12细胞的培养与分化 | 第34-35页 |
| 2.2.2 不同分化时期C2C12细胞总RNA提取与cDNA合成 | 第35-36页 |
| 2.2.3 定量分析FIT1基因在不同分化时期C2C12细胞中的表达水平 | 第36-37页 |
| 2.3 猪FIT1基因上游调控区域序列的克隆和测序 | 第37-41页 |
| 2.3.1 猪基因组DNA的提取 | 第37-38页 |
| 2.3.2 猪FIT1基因 5’端上游调控区域序列的克隆 | 第38-39页 |
| 2.3.3 PCR扩增产物的纯化回收 | 第39页 |
| 2.3.4 pMD18-T载体的连接与转化 | 第39-40页 |
| 2.3.5 阳性克隆的检测和测序 | 第40页 |
| 2.3.6 pMD18-T载体质粒的提取与保存 | 第40-41页 |
| 2.4 猪FIT1基因上游调控区域的生物信息学分析 | 第41页 |
| 2.5 猪FIT1基因上游调控区域的缺失分析 | 第41-44页 |
| 2.5.1 猪FIT1基因启动子不同长度缺失片段的获取 | 第41-42页 |
| 2.5.2 猪FIT1基因启动子缺失片段pGL3荧光载体的构建 | 第42-43页 |
| 2.5.3 启动子片段双荧光素酶活性检测 | 第43-44页 |
| 2.5.4 猪FIT1基因启动子区E-box元件缺失分析 | 第44页 |
| 2.6 猪FIT1基因启动子区E-box元件定点突变实验 | 第44-46页 |
| 2.7 转录因子MyoD1的超表达实验 | 第46页 |
| 2.8 转录因子MyoD1的RNA干扰实验 | 第46-47页 |
| 2.9 ChIP实验 | 第47-51页 |
| 第三章 结果与分析 | 第51-65页 |
| 1 FIT1基因表达模式分析 | 第51-53页 |
| 1.1 FIT1基因在猪各组织的表达谱分析 | 第51-52页 |
| 1.2 FIT1基因在猪肌肉组织不同发育时期的表达模式分析 | 第52-53页 |
| 1.3 FIT1基因在不同分化阶段C2C12细胞中的表达模式分析 | 第53页 |
| 2 猪FIT1基因 5’上游调控区域序列的克隆与生物信息学分析 | 第53-56页 |
| 2.1 猪FIT1基因上游调控区域的克隆 | 第53-54页 |
| 2.2 猪FIT1基因上游调控区域的生物信息学分析 | 第54-56页 |
| 3 猪FIT1基因 5’上游调控区域活性分析 | 第56-60页 |
| 3.1 猪FIT1基因启动子缺失片段的构建与活性分析 | 第56-58页 |
| 3.2 猪FIT1基因核心启动子区E-box元件缺失载体的构建与活性分析 | 第58-60页 |
| 4 猪FIT1基因核心启动子区E-box定点突变验证分析 | 第60-61页 |
| 5 转录因子MyoD1对FIT1基因的调控作用 | 第61-62页 |
| 5.1 超表达MyoD1对FIT1基因转录活性的分析 | 第61-62页 |
| 5.2 siRNA干扰MyoD1对FIT1基因转录活性的分析 | 第62页 |
| 6 ChIP实验验证转录因子与E-box位点的结合情况 | 第62-65页 |
| 第四章 讨论 | 第65-70页 |
| 1 FIT1基因的表达模式分析 | 第65-66页 |
| 2 FIT1基因的转录调控机制 | 第66-70页 |
| 第五章 小结 | 第70-71页 |
| 1 本研究得到的结论 | 第70页 |
| 2 下一步工作 | 第70-71页 |
| 第二部分 重复序列与肌肉疾病FSHD的关联分析 | 第71-102页 |
| 第一章 文献综述 | 第71-78页 |
| 1 前言 | 第71页 |
| 2 FSHD研究进展 | 第71-76页 |
| 2.1 FSHD症状 | 第71页 |
| 2.2 FSHD致病机制 | 第71-75页 |
| 2.2.1 遗传学缺陷 | 第71-73页 |
| 2.2.2 表观遗传学疾病 | 第73-75页 |
| 2.2.3 核定位研究 | 第75页 |
| 2.3 FSHD表达的多样化 | 第75-76页 |
| 3 重复序列 | 第76-77页 |
| 4 目的与意义 | 第77-78页 |
| 第二章 材料与方法 | 第78-86页 |
| 1 实验材料 | 第78-80页 |
| 1.1 细胞系 | 第78页 |
| 1.2 所用载体 | 第78页 |
| 1.3 主要仪器和设备 | 第78-79页 |
| 1.4 主要试剂与试剂盒 | 第79页 |
| 1.5 常用试剂及配制 | 第79-80页 |
| 2 实验方法 | 第80-86页 |
| 2.1 细胞总RNA的提取及cDNA的合成 | 第80-81页 |
| 2.2 实时定量PCR | 第81-83页 |
| 2.3 细胞培养和冻存 | 第83页 |
| 2.4 目的片段的扩增及克隆 | 第83-84页 |
| 2.5 慢病毒包装及滴度的确定 | 第84-86页 |
| 第三章 结果与分析 | 第86-97页 |
| 1 内源性的RNA重复序列在FSHD和正常肌细胞中的表达谱分析 | 第86-88页 |
| 2 保守性hsat2和MLT2D序列的扩增及克隆 | 第88-89页 |
| 3 RNA-seq 样品的制备 | 第89-90页 |
| 4 RNA-seq 数据分析 | 第90-93页 |
| 4.1 Box plot分析 | 第90-91页 |
| 4.2 Hierarchical clustering分析 | 第91-92页 |
| 4.3 Principle Component Analysis（PCA）分析 | 第92-93页 |
| 5 RNA-seq 结果的验证 | 第93-97页 |
| 第四章 讨论 | 第97-101页 |
| 1 内源性的RNA重复序列在FSHD和正常肌细胞中的表达谱分析 | 第97-98页 |
| 2 RNA-seq的验证及结果分析 | 第98-101页 |
| 第五章 小结 | 第101-102页 |
| 1 本研究得到的结论 | 第101页 |
| 2 下一步工作 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 在读期间发表论文列表 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
