| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第1章 烷烃降解菌研究进展（文献综述） | 第15-28页 |
| 1.1 石油污染及其危害 | 第15页 |
| 1.2 石油污染的治理现状 | 第15-16页 |
| 1.3 石油（烷烃）的微生物降解研究进展 | 第16-27页 |
| 1.4 本课题研究目的、内容及意义 | 第27-28页 |
| 第2章 烷烃降解菌株铜绿假单胞菌SJTD-1 的分离、鉴定及降解特性研究 | 第28-43页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 菌株样本与主要试剂 | 第29页 |
| 2.2.2 菌株的富集分离 | 第29页 |
| 2.2.3 菌株生长与降解性能分析实验 | 第29-30页 |
| 2.2.4 目标菌株的 16S rDNA鉴定 | 第30页 |
| 2.2.5 菌种鉴定和系统发育地位的确定 | 第30-31页 |
| 2.2.6 菌株生理生化分析 | 第31页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第31-41页 |
| 2.3.1 分离筛选高效降解直链烷烃菌株 | 第31页 |
| 2.3.2 菌株SJTD-1 的生理生化特征 | 第31-33页 |
| 2.3.3 菌株SJTD-1 的 16S rDNA的序列分析 | 第33-35页 |
| 2.3.4 菌株SJTD-1 对不同烷烃碳源的利用 | 第35-38页 |
| 2.3.5 菌株SJTD-1 的烷烃降解特性研究 | 第38-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-43页 |
| 第3章 烷烃代谢相关蛋白质预测与分析 | 第43-89页 |
| 3.1 引言 | 第43-44页 |
| 3.2 材料与方法 | 第44-54页 |
| 3.2.1 主要试剂、菌株及引物序列 | 第44页 |
| 3.2.2 基因组的测序与拼接 | 第44页 |
| 3.2.3 基因预测及功能注释 | 第44-45页 |
| 3.2.4 烷烃降解相关基因的分析 | 第45页 |
| 3.2.5 细菌的培养和蛋白质的提取 | 第45-46页 |
| 3.2.6 酶解和iTRAQ标记 | 第46-48页 |
| 3.2.7 高pH反相液相色谱 | 第48页 |
| 3.2.8 Nano LC-MS/MS分析 | 第48-49页 |
| 3.2.9 数据分析 | 第49-51页 |
| 3.2.10 报告质粒的构建及HaloTag表达实验 | 第51-54页 |
| 3.2.11 RT-qPCR分析 | 第54页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第54-87页 |
| 3.3.1 全基因组序列及其注释信息 | 第54-58页 |
| 3.3.2 潜在的烷烃羟化酶及其编码基因分析 | 第58-62页 |
| 3.3.3 蛋白质组学实验结果 | 第62-69页 |
| 3.3.4 蛋白质组学讨论分析 | 第69-87页 |
| 3.4 本章小结 | 第87-89页 |
| 第4章 P. aeruginosa SJTD-1 烷烃羟化酶基因鉴定及功能研究 | 第89-107页 |
| 4.1 引言 | 第89-90页 |
| 4.2 材料与方法 | 第90-98页 |
| 4.2.1 菌株、引物与主要试剂 | 第90-92页 |
| 4.2.2 烷烃羟化酶基因的敲除 | 第92-94页 |
| 4.2.3 敲除菌与野生型菌株生长、降解差异分析 | 第94页 |
| 4.2.4 烷烃氧化酶基因转录水平研究 | 第94-98页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第98-106页 |
| 4.3.1 基因敲除突变菌株的构建 | 第98页 |
| 4.3.2 野生型与敲除突变株利用烷烃生长的对比分析 | 第98-100页 |
| 4.3.3 野生型与突变菌株中烷烃羟化酶转录水平测定 | 第100-106页 |
| 4.4 本章小结 | 第106-107页 |
| 第5章 P. aeruginosa SJTD-1 烷烃降解酶的调控机制研究 | 第107-145页 |
| 5.1 引言 | 第107-108页 |
| 5.2 材料与方法 | 第108-119页 |
| 5.2.1 菌株、PCR引物及主要试剂 | 第108-110页 |
| 5.2.2 DNA亲和纯化与AlkB2启动子区域特异性结合的蛋白质 | 第110-112页 |
| 5.2.3 转录调控因子编码基因的克隆与异源表达菌株的构建 | 第112-114页 |
| 5.2.4 转录调控因子的诱导与表达 | 第114页 |
| 5.2.5 转录调控因子的纯化 | 第114页 |
| 5.2.6 蛋白质-dsDNA体外结合实验 | 第114-115页 |
| 5.2.7 烷烃对蛋白质-dsDNA体外结合的影响 | 第115页 |
| 5.2.8 DNase I足迹实验 | 第115-116页 |
| 5.2.9 转录调控蛋白的敲除 | 第116-119页 |
| 5.2.10突变株与野生型菌株的生长、降解差异分析 | 第119页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第119-142页 |
| 5.3.1 DNA亲和纯化显示GntR、Crg A和Mva T家族蛋白与PalkB2结合 | 第119-120页 |
| 5.3.2 转录调控蛋白的体外表达纯化 | 第120-121页 |
| 5.3.3 转录调控蛋白与烷烃氧化酶上游启动子区域体外结合的研究 | 第121-134页 |
| 5.3.4 转录调控蛋白GntR与alkB2启动子区域结合位点的研究 | 第134-136页 |
| 5.3.5 烷烃抑制GntR与alkB2启动子区域的结合 | 第136-138页 |
| 5.3.6 构建gntR敲除菌株 | 第138-139页 |
| 5.3.7 GntR敲除菌在各烷烃培养基中的生长情况及降解效率研究 | 第139-142页 |
| 5.3.8 Halo Tag报告实验证实GntR对alkB2负调控机制 | 第142页 |
| 5.4 本章小结 | 第142-145页 |
| 第6章 总结与展望 | 第145-149页 |
| 6.1 研究总结 | 第145页 |
| 6.2 课题展望 | 第145-149页 |
| 6.2.1 SJTD-1 降解长链（C3 18）烷烃羟化酶的再鉴定 | 第145-146页 |
| 6.2.2 GntR对烷烃代谢调控的进一步研究 | 第146页 |
| 6.2.3 SJTD-1 对烷烃羟基化酶表达调控的若干因子 | 第146页 |
| 6.2.4 烷烃降解微生物研究的三点“新意” | 第146-149页 |
| 参考文献 | 第149-159页 |
| 附录1 | 第159-167页 |
| 附录2 | 第167-169页 |
| 附录3 | 第169-173页 |
| 附录4 | 第173-174页 |
| 致谢 | 第174-176页 |
| 攻读博士学位期间（待）发表的学术论文 | 第176页 |
