| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 研究背景 | 第21-53页 |
| 1.1 生殖干细胞 | 第22-23页 |
| 1.2 小鼠PGC的特化及其关键分子 | 第23-28页 |
| 1.2.1 小鼠胚胎发育过程中PGC的特化 | 第24-25页 |
| 1.2.2 小鼠PGC的迁移 | 第25-26页 |
| 1.2.3 小鼠PGC特化的分子机制 | 第26-27页 |
| 1.2.4 PGC特化过程中的转录调控 | 第27-28页 |
| 1.3 小鼠SSC及其自我更新 | 第28-33页 |
| 1.3.1 精原干细胞 | 第28-30页 |
| 1.3.2 SSC的自我更新 | 第30-33页 |
| 1.4 小鼠雌性生殖干细胞 | 第33-34页 |
| 1.4.1 小鼠FGSC的特性 | 第33页 |
| 1.4.2 小鼠FGSC的研究进展 | 第33-34页 |
| 1.5 Prame基因家族成员的生物学功能 | 第34-38页 |
| 1.5.1 Prame基因家族 | 第35-36页 |
| 1.5.2 细胞凋亡 | 第36-37页 |
| 1.5.3 精原细胞的凋亡 | 第37-38页 |
| 1.6 生物分子网络在分子机制研究中的应用 | 第38-42页 |
| 1.6.1 网络的基本概念 | 第39-41页 |
| 1.6.2 分子网络在干细胞研究中的应用 | 第41-42页 |
| 1.7 高通量技术在转录组研究中的应用 | 第42-53页 |
| 1.7.1. 转录组的定义 | 第42页 |
| 1.7.2. 高通量的转录组研究技术 | 第42-43页 |
| 1.7.3. 基于二代测序技术的转录组研究方法 | 第43-44页 |
| 1.7.4. RNA-Seq技术在转录组研究中的应用 | 第44-45页 |
| 1.7.5. RNA-Seq实验的大体流程 | 第45-52页 |
| 1.7.6. RNA-Seq技术面临的挑战 | 第52-53页 |
| 第一部分 小鼠雌性生殖干细胞转录研究 | 第53-108页 |
| 引言 | 第53-54页 |
| 第一章 基于RNA-Seq研究小鼠雌性生殖干细胞转录组 | 第54-76页 |
| 1.1 实验材料 | 第54-55页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第54页 |
| 1.1.2 本研究所用试剂 | 第54-55页 |
| 1.2 实验方法 | 第55-58页 |
| 1.2.1 FGSC的分离 | 第55页 |
| 1.2.2 RNA-Seq测序样品准备 | 第55-56页 |
| 1.2.3 RNA提取及测序 | 第56页 |
| 1.2.4 测序读段的质量控制 | 第56页 |
| 1.2.5 过滤低质量的读段 | 第56-57页 |
| 1.2.6 匹配到小鼠基因组和转录组 | 第57页 |
| 1.2.7 查看两个样本各染色体覆盖情况 | 第57-58页 |
| 1.2.8 寻找雌性生殖干细胞转录水平可变剪切 | 第58页 |
| 1.2.9 差异表达分析 | 第58页 |
| 1.2.10 差异表达基因进行基因本体论富集分析 | 第58页 |
| 1.3 实验结果 | 第58-74页 |
| 1.3.1 原始读段质量控制 | 第58-60页 |
| 1.3.2 测序读段匹配结果 | 第60-61页 |
| 1.3.3 两个样本各染色体覆盖差异区段 | 第61页 |
| 1.3.4 雌性生殖干细胞转录水平的可变剪切 | 第61-70页 |
| 1.3.5 差异表达的基因 | 第70-72页 |
| 1.3.6 差异基因GO富集分析 | 第72-74页 |
| 1.4 讨论 | 第74-76页 |
| 第二章 雌性生殖干细胞的细胞形态和分子特征 | 第76-107页 |
| 2.1 材料与试剂 | 第76-79页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第76页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第76-79页 |
| 2.2 实验方法 | 第79-89页 |
| 2.2.1 鼠胚成纤维细胞的处理 | 第79页 |
| 2.2.2 FGSC的分离 | 第79-80页 |
| 2.2.3 SSC的分离与纯化 | 第80-81页 |
| 2.2.4 免疫荧光组织化学检测 | 第81-83页 |
| 2.2.5 细胞总RNA的提取 | 第83页 |
| 2.2.6 逆转录合成cDNA | 第83-84页 |
| 2.2.7 表达谱芯片杂交 | 第84-86页 |
| 2.2.8 雌性生殖干细胞与精原干细胞表达谱数据分析 | 第86-88页 |
| 2.2.9 基因本体论分析 | 第88页 |
| 2.2.10 启动子区域转录调控元件富集 | 第88页 |
| 2.2.11 构建连续蛋白互作网络 | 第88-89页 |
| 2.3 结果 | 第89-104页 |
| 2.3.1. FGSC的形态和生长方式与SSC相似 | 第89-90页 |
| 2.3.2. FGSC具有类似于SSC的生殖特性 | 第90-92页 |
| 2.3.3. FGSC和SSC基因表达谱具有类似的特征 | 第92-93页 |
| 2.3.4. FGSC和SSC共享的成体“干性”基因 | 第93-95页 |
| 2.3.5. 新生小鼠与成年小鼠分离的FGSC核心干性基因的表达 | 第95-96页 |
| 2.3.6. CEG启动子区域富集的转录因子 | 第96-99页 |
| 2.3.7. 基因本体论分析 | 第99-100页 |
| 2.3.8. 最大连续蛋白-蛋白相互作用网络 | 第100-104页 |
| 2.4 讨论 | 第104-107页 |
| 第一部分 小结 | 第107-108页 |
| 第二部分 小鼠精原干细胞的自我更新机制及Pramef12基因的功能研究 | 第108-160页 |
| 引言 | 第108-110页 |
| 第三章 精原干细胞自我更新相关蛋白相互作用网络的构建 | 第110-126页 |
| 3.1 材料与方法 | 第110-112页 |
| 3.1.1 获得SSC自我更新相关的基因 | 第110-111页 |
| 3.1.2 基于蛋白相互作用数据库寻找种子蛋白的互作蛋白 | 第111页 |
| 3.1.3 GEO下载基因表达谱数据获得SSC差异表达的基因列表 | 第111页 |
| 3.1.4 构建和分析SSC自我更新蛋白相互作用网络 | 第111-112页 |
| 3.1.5 SSC自我更新蛋白互作网络骨架的生成 | 第112页 |
| 3.1.6 基于23个关键基因间最短路径构建子网络 | 第112页 |
| 3.1.7 在SSC自我更新蛋白互作网络寻找紧密结合模块 | 第112页 |
| 3.2 结果 | 第112-121页 |
| 3.2.1 23个SSC自我更新关键基因 | 第112-113页 |
| 3.2.2 SSC自我更新蛋白相互作用网络 | 第113页 |
| 3.2.3 SSC自我更新蛋白互作网络中重要的节点 | 第113-116页 |
| 3.2.4 SSC自我更新蛋白互作网络的骨架网络 | 第116-118页 |
| 3.2.5 23个关键基因间最短路径构建子网络 | 第118-120页 |
| 3.2.6 SSC自我更新蛋白互作网络中的紧密结合模块 | 第120-121页 |
| 3.3 讨论 | 第121-126页 |
| 第四章 Pramef12基因在小鼠睾丸中的表达及其功能 | 第126-159页 |
| 4.1 实验材料 | 第126-130页 |
| 4.1.1 实验动物 | 第126页 |
| 4.1.2 质粒载体与菌株 | 第126页 |
| 4.1.3 试剂 | 第126-129页 |
| 4.1.4 引物序列 | 第129-130页 |
| 4.2 实验方法 | 第130-141页 |
| 4.2.1 SSC的培养与建系 | 第130-131页 |
| 4.2.2 SSC的鉴定 | 第131页 |
| 4.2.3 小鼠组织器官的RNA提取 | 第131-132页 |
| 4.2.4 检测Pramef12在成年小鼠各主要功能器官中的表达 | 第132页 |
| 4.2.5 实时荧光定量PCR（qRT-PCR） | 第132-133页 |
| 4.2.6 检测Pramef12在小鼠睾丸中不同发育时期的表达 | 第133页 |
| 4.2.7 构建Pramef12过表达载体 | 第133-134页 |
| 4.2.8 慢病毒包装Pramef12过表达载体 | 第134页 |
| 4.2.9 感染SSC及流式细胞仪分选阳性细胞 | 第134页 |
| 4.2.10 CCK-8 检测过表达Pramef12对SSC增殖的影响 | 第134-135页 |
| 4.2.11流式细胞仪检测SSC的凋亡 | 第135-136页 |
| 4.2.12睾丸组织的总蛋白提取 | 第136页 |
| 4.2.13 SSC总蛋白提取 | 第136页 |
| 4.2.14蛋白浓度的测定 | 第136-137页 |
| 4.2.15 Western Blot分析 | 第137-140页 |
| 4.2.16睾丸组织免疫荧光组织化学分析 | 第140-141页 |
| 4.3 结果 | 第141-157页 |
| 4.3.1 Pramef12在成年小鼠各主要功能器官中的表达 | 第141页 |
| 4.3.2 Pramef12在不同发育时期小鼠睾丸中的表达变化 | 第141-142页 |
| 4.3.3 Pramef12在小鼠睾丸组织中的定位 | 第142-144页 |
| 4.3.4 SSC细胞株的鉴定 | 第144-146页 |
| 4.3.5 Pramef12基因在SSC中的表达情况 | 第146-147页 |
| 4.3.6 过表达载体感染SSC | 第147-148页 |
| 4.3.7 确定Pramef12在SSC中过表达成功 | 第148-149页 |
| 4.3.8 免疫组化检测Pramef12蛋白在SSC中的定位 | 第149-150页 |
| 4.3.9 Pramef12基因过表达对SSC增殖的影响 | 第150-151页 |
| 4.3.10 Pramef12基因过表达对SSC凋亡的影响 | 第151-153页 |
| 4.3.11凋亡相关基因的表达检测 | 第153-155页 |
| 4.3.12 Pramef12基因启动子区域富集的转录因子 | 第155-157页 |
| 4.4 讨论 | 第157-159页 |
| 第二部分 小结 | 第159-160页 |
| 全文总结 | 第160-163页 |
| 1. 主要创新点 | 第160页 |
| 2. 主要结论 | 第160-161页 |
| 3. 研究展望 | 第161-163页 |
| 参考文献 | 第163-182页 |
| 附录I 实验试剂配制方法 | 第182-185页 |
| 附表（见光盘） | 第185-186页 |
| 致谢 | 第186-187页 |
| 攻读博士期间发表（或待发表）的学术论文 | 第187页 |
| 攻读博士期间参与的科研项目 | 第187页 |
