| 摘要 | 第9-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 缩略语表 | 第18-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-38页 |
| 1 泥鳅属鱼类研究概况 | 第20-23页 |
| 1.1 泥鳅属鱼类简介 | 第20-21页 |
| 1.2 泥鳅属的分类研究进展 | 第21-23页 |
| 2 鱼类线粒体基因组研究进展 | 第23-26页 |
| 2.1 泥鳅属鱼类线粒体基因组研究概况 | 第23页 |
| 2.2 线粒体基因组在鱼类系统发育研究中的应用 | 第23-24页 |
| 2.3 线粒体基因在鱼类群体遗传学研究中的应用 | 第24-26页 |
| 3 鳅科鱼类转录组学研究进展 | 第26-28页 |
| 4 鱼类简化基因组研究进展 | 第28-33页 |
| 4.1 简化基因组测序技术简介 | 第28-31页 |
| 4.2 简化基因组在鱼类中的应用 | 第31-33页 |
| 4.2.1 简化基因组在鱼类群体遗传中的应用 | 第31-32页 |
| 4.2.2 简化基因组在遗传图谱及性状定位中的应用 | 第32-33页 |
| 5 鱼类分子系统地理学研究进展 | 第33-35页 |
| 6 鱼类系统发育基因组学研究进展 | 第35-36页 |
| 7 本研究目的及意义 | 第36-38页 |
| 第二章 我国泥鳅属鱼类的资源分布、形态学与DNA条形码研究 | 第38-56页 |
| 1 前言 | 第38-39页 |
| 2 材料与方法 | 第39-43页 |
| 2.1 物种资源调查与采集 | 第39-40页 |
| 2.2 形态学指标测量 | 第40-41页 |
| 2.4 基因组DNA提取与cox1扩增 | 第41-42页 |
| 2.5 DNA条形码数据分析 | 第42-43页 |
| 2.5.1 距离法条形码分析 | 第42页 |
| 2.5.2 贝叶斯法条形码分析 | 第42页 |
| 2.5.3 特征值法条形码分析 | 第42-43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-52页 |
| 3.1 我国泥鳅属鱼类资源分布 | 第43-45页 |
| 3.2 形态学比较分析 | 第45-47页 |
| 3.3 DNA条形码分析 | 第47-52页 |
| 3.3.1 基于遗传距离的方法 | 第47-48页 |
| 3.3.2 基于系统发育树的方法 | 第48-50页 |
| 3.3.3 基于ABGD方法的物种鉴定 | 第50页 |
| 3.3.4 基于特征法的物种鉴定 | 第50-52页 |
| 4 讨论 | 第52-56页 |
| 4.1 我国泥鳅属物种资源分布 | 第52-53页 |
| 4.2 泥鳅属鱼类形态学差异 | 第53-54页 |
| 4.3 泥鳅属DNA条形码可行性 | 第54-56页 |
| 第三章 基于线粒体基因组研究泥鳅属鱼类进化关系及适应性进化 | 第56-69页 |
| 1 引言 | 第56页 |
| 2 材料与方法 | 第56-59页 |
| 2.1 数据来源 | 第56-58页 |
| 2.2 序列分析与饱和度检验 | 第58页 |
| 2.3 系统发育树构建 | 第58-59页 |
| 2.4 线粒体基因适应性进化分析 | 第59页 |
| 2.5 基于线粒体基因组的密码子使用偏好分析 | 第59页 |
| 3 结果与分析 | 第59-65页 |
| 3.1 泥鳅属物种系统发育关系 | 第59-61页 |
| 3.2 选择压力分析 | 第61-62页 |
| 3.3 线粒体基因组密码子偏好性 | 第62-65页 |
| 4 讨论 | 第65-69页 |
| 4.1 泥鳅属鱼类的系统发育关系 | 第65-67页 |
| 4.2 泥鳅属线粒体基因适应性进化与密码子偏好性 | 第67-69页 |
| 第四章 我国泥鳅属鱼类群体遗传学研究 | 第69-89页 |
| 第一节 我国东北地区北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体结构研究 | 第69-78页 |
| 1 前言 | 第69页 |
| 2 材料与方法 | 第69-71页 |
| 2.1 北方泥鳅与黑龙江泥鳅样本采集 | 第69-70页 |
| 2.2 基因组DNA提取 | 第70页 |
| 2.3 cox1序列扩增与测序 | 第70页 |
| 2.4 群体遗传结构分析 | 第70-71页 |
| 3 结果与分析 | 第71-76页 |
| 3.1 北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体遗传多样性指数 | 第71-74页 |
| 3.2 北方泥鳅与黑龙江泥鳅群体分化 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-78页 |
| 第二节 我国长江流域泥鳅群体遗传学研究 | 第78-89页 |
| 1 前言 | 第78页 |
| 2 材料与方法 | 第78-80页 |
| 2.1 泥鳅低覆盖度基因组测序 | 第78-79页 |
| 2.2 泥鳅GBS文库构建与测序 | 第79-80页 |
| 2.3 泥鳅群体GBS数据分析 | 第80页 |
| 3 结果与分析 | 第80-87页 |
| 3.1 SNP标记的筛选与鉴定 | 第80-81页 |
| 3.2 群体结构分析 | 第81-83页 |
| 3.3 群体间遗传多样性分析 | 第83-85页 |
| 3.4 系统发育树与主成分分析 | 第85-87页 |
| 4 讨论 | 第87-89页 |
| 第五章 我国泥鳅属鱼类温度适应性进化研究 | 第89-105页 |
| 1 引言 | 第89-90页 |
| 2 材料与方法 | 第90-92页 |
| 2.1 样本采集 | 第90-91页 |
| 2.2 测序与组装注释 | 第91页 |
| 2.3 直系同源基因的筛选 | 第91-92页 |
| 2.4 替代速率与选择分析 | 第92页 |
| 3 结果与分析 | 第92-101页 |
| 3.1 转录组组装与注释 | 第92-93页 |
| 3.2 物种孤儿基因 | 第93-94页 |
| 3.3 直系同源基因鉴定与系统发育树 | 第94-95页 |
| 3.4 泥鳅属鱼类进化速率 | 第95-96页 |
| 3.5 快速进化基因与正向选择基因 | 第96-99页 |
| 3.6 正向选择位点 | 第99-101页 |
| 4 讨论 | 第101-105页 |
| 第六章 泥鳅属鱼类基因组密码子使用偏好性分析 | 第105-122页 |
| 1 前言 | 第105-106页 |
| 2 材料与方法 | 第106-108页 |
| 2.1 序列获得与处理 | 第106页 |
| 2.2 密码子使用指标 | 第106-107页 |
| 2.3 识别高频密码子对、偏好使用和避免使用密码子对 | 第107页 |
| 2.4 密码子与氨基酸使用频率的表达量关联分析 | 第107-108页 |
| 2.5 聚类与主成分分析 | 第108页 |
| 3 结果与分析 | 第108-119页 |
| 3.1 泥鳅属鱼类基因间密码子分析 | 第108-110页 |
| 3.2 泥鳅属鱼类密码子与密码子对使用分析 | 第110-114页 |
| 3.3 密码子与氨基酸使用的表达关联分析 | 第114-117页 |
| 3.4 脊椎动物密码子使用模式的比较分析 | 第117-119页 |
| 4 讨论 | 第119-122页 |
| 4.1 泥鳅属物种密码子使用偏好 | 第119-120页 |
| 4.2 密码子使用与基因表达关联分析 | 第120-121页 |
| 4.3 脊椎动物基因组密码子进化 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-143页 |
| 附录 | 第143-164页 |
| 附录A 我国泥鳅属与副泥鳅属鱼类资源调查结果统计 | 第143-148页 |
| 附录B 四种泥鳅属鱼类线粒体基因组PCGs密码子使用偏好 | 第148-150页 |
| 附录C 长江流域泥鳅群体GBS测序数据统计 | 第150-152页 |
| 附录D 泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅孤儿基因 | 第152-154页 |
| 附录E 泥鳅、北方泥鳅与黑龙江泥鳅正向选择基因 | 第154-159页 |
| 附录F 我国泥鳅属鱼类密码子使用偏好性 | 第159-162页 |
| 附录G 研究生阶段发表论文 | 第162-164页 |
| 致谢 | 第164-165页 |
