| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-15页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-13页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第13页 |
| 1.4 论文内容安排 | 第13-15页 |
| 第2章 数据源与基因调控网络 | 第15-22页 |
| 2.1 基因表达数据库 | 第15-17页 |
| 2.1.1 GEO 组成与结构 | 第15-16页 |
| 2.1.2 GEO 提供的数据格式 | 第16页 |
| 2.1.3 DNA 微阵列数据形式 | 第16-17页 |
| 2.2 基因本体数据库 | 第17-19页 |
| 2.2.1 基因本体结构 | 第17-19页 |
| 2.2.2 基因本体的应用范围 | 第19页 |
| 2.3 基因调控网络 | 第19-21页 |
| 2.4 小结 | 第21-22页 |
| 第3章 基于表达谱相似性的基因聚类 | 第22-36页 |
| 3.1 表达谱相似性度量方法简介 | 第22-24页 |
| 3.1.1 欧式距离 | 第22-23页 |
| 3.1.2 皮尔森相关系数 | 第23页 |
| 3.1.3 Spearman 秩相关系数 | 第23-24页 |
| 3.2 共调控基因表达相关性分析 | 第24-25页 |
| 3.3 共调控基因相似性度量 SCSM | 第25-27页 |
| 3.4 基于 TRIE 树的搜索 | 第27-32页 |
| 3.5 聚类结果分析 | 第32-35页 |
| 3.6 小结 | 第35-36页 |
| 第4章 基于本体的基因语义相似性度量 | 第36-44页 |
| 4.1 基因语义相似性度量方法概述 | 第36-39页 |
| 4.1.1 基于集合的方法 | 第36页 |
| 4.1.2 基于图形的方法 | 第36-37页 |
| 4.1.3 基于术语语义的方法 | 第37-39页 |
| 4.2 基因本体语义相似性 SD2 | 第39-41页 |
| 4.3 实验结果分析与验证 | 第41-43页 |
| 4.4 小结 | 第43-44页 |
| 第5章 从融合网络中预测共调控基因 | 第44-56页 |
| 5.1 共调控基因 | 第44-47页 |
| 5.1.1 基因调控网络 | 第44页 |
| 5.1.2 图的基本概念与定义 | 第44-45页 |
| 5.1.3 生物数据处理与建模 | 第45-47页 |
| 5.2 共调控基因挖掘系统设计与实现 | 第47-51页 |
| 5.2.1 共调控基因挖掘网站介绍 | 第48-49页 |
| 5.2.2 CODENSE 在共调控基因挖掘中的应用 | 第49-51页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第51-55页 |
| 5.3.1 YEASTRACT | 第51-53页 |
| 5.3.2 结果分析 | 第53-55页 |
| 5.4 小结 | 第55-56页 |
| 总结与展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第61-63页 |
| 致谢 | 第63页 |