| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第9-13页 |
| 1.1 植物自交不亲和概述 | 第9-11页 |
| 1.2 转录组测序技术 | 第11-12页 |
| 1.2.1 转录组测序的应用 | 第11-12页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第12-13页 |
| 第2章 材料与方法 | 第13-22页 |
| 2.1 试验材料 | 第13页 |
| 2.1.1 材料 | 第13页 |
| 2.1.2 主要实验试剂及仪器 | 第13页 |
| 2.2 试验方法 | 第13-14页 |
| 2.2.1 沙田柚总RNA提取方法 | 第13页 |
| 2.2.2 总RNA样品检测 | 第13页 |
| 2.2.3 cDNA文库的制备 | 第13-14页 |
| 2.3 沙田柚转录组数据处理 | 第14-15页 |
| 2.3.1 数据过滤 | 第14页 |
| 2.3.2 序列拼接 | 第14-15页 |
| 2.4 沙田柚转录组分析 | 第15-16页 |
| 2.4.1 基因的比对及功能注释 | 第15页 |
| 2.4.2 基因表达差异分析 | 第15-16页 |
| 2.5 沙田柚转录组SSR和SNP分析 | 第16页 |
| 2.6 RT-PCR验证 | 第16-17页 |
| 2.7 沙田柚核糖核酸酶基因的差异表达分析 | 第17页 |
| 2.8 核糖核酸酶基因(cgSRA、cgSLA)的克隆与表达载体构建 | 第17-20页 |
| 2.8.1 目的基因扩增 | 第17-18页 |
| 2.8.2 TA29启动子的克隆 | 第18-19页 |
| 2.8.3 表达载体的构建 | 第19-20页 |
| 2.8.4 表达载体的鉴定 | 第20页 |
| 2.9 核糖核酸酶基因(cgSRA、cgSLA)的转化 | 第20-22页 |
| 2.9.1 拟南芥的种植 | 第20页 |
| 2.9.2 浸染与培养 | 第20-21页 |
| 2.9.3 种子收集与筛选 | 第21页 |
| 2.9.4 转基因植株栽培 | 第21页 |
| 2.9.5 转基因植株的鉴定 | 第21-22页 |
| 第3章 结果 | 第22-46页 |
| 3.1 RNA的质量检测 | 第22-24页 |
| 3.2 沙田柚花柱转录组数据的分析 | 第24-33页 |
| 3.2.1 测序质量的评估 | 第24-25页 |
| 3.2.2 RNA-seq序列组装结果 | 第25-27页 |
| 3.2.3 RNA-seq序列比对结果 | 第27-33页 |
| 3.3 Unigene表达差异分析 | 第33-36页 |
| 3.3.1 差异表达基因的GO显著功能富集分析 | 第34-36页 |
| 3.3.2 自交与异交花柱差异表达基因的pathway显著富集分析 | 第36页 |
| 3.4 SSR和SNP分析 | 第36-38页 |
| 3.4.1 SSR分析 | 第36-37页 |
| 3.4.2 SNP分析 | 第37-38页 |
| 3.5 荧光定量PCR验证 | 第38-40页 |
| 3.6 核糖核酸酶的差异表达分析 | 第40页 |
| 3.7 核酸酶基因克隆与转化验证 | 第40-46页 |
| 3.7.1 基因与启动子克隆 | 第40-41页 |
| 3.7.2 表达载体的鉴定 | 第41-43页 |
| 3.7.3 转化植株的鉴定 | 第43-45页 |
| 3.7.4 cgSLA和cgSRA基因的生物信息学分析 | 第45-46页 |
| 第4章 讨论 | 第46-49页 |
| 4.1 沙田柚转录组测序 | 第46页 |
| 4.2 沙田柚自交不亲和相关的基因 | 第46-48页 |
| 4.2.1 核糖核酸酶基因 | 第46-47页 |
| 4.2.2 激素相关基因 | 第47-48页 |
| 4.2.3 蛋白激酶相关基因 | 第48页 |
| 4.3 核糖核酸酶基因的功能验证 | 第48-49页 |
| 第5章 结论与展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-72页 |
| 硕士期间发表论文 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
