| 缩略词表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一章 引言 | 第11-13页 |
| 第二章 材料和方法 | 第13-21页 |
| 2.1 实验材料的选取 | 第13页 |
| 2.2 最佳响应肽段数据库构建流程 | 第13-14页 |
| 2.3 HeLa全蛋白样品制备 | 第14页 |
| 2.4 catTFRE样品制备 | 第14-15页 |
| 2.5 双重反相液相二级质谱联用（Dual-RP LC-MS/MS） | 第15页 |
| 2.6 质谱数据获取：数据依赖式获取（DDA）和非依赖式获取（SWATH） | 第15-16页 |
| 2.7 蛋白鉴定和一级-二级质谱离子流色谱提取 | 第16-17页 |
| 2.8 蛋白装配以及蛋白丰度的计算和估计 | 第17页 |
| 2.9 最佳响应肽段在不同Matrix下以及不同细胞系中的表现 | 第17页 |
| 2.10 数据处理和数据库构建 | 第17-18页 |
| 2.11 人的样品处理 | 第18页 |
| 2.12 QconCAT合成和质谱定量 | 第18-21页 |
| 第三章 结果 | 第21-38页 |
| 3.1 SCRIPT-MAP数据库湿实验数据获取 | 第21-22页 |
| 3.2 哺乳动物蛋白质组全肽段-碎片离子质谱响应曲线的全面评估 | 第22-26页 |
| 3.3 最佳响应肽段/碎片的特征 | 第26-28页 |
| 3.4 数据库构造和网站建设 | 第28-29页 |
| 3.5 最佳响应肽段的蛋白质组规模定量能力 | 第29页 |
| 3.6 策略对不同高效液相环境的通用性 | 第29-30页 |
| 3.7 策略对不同高效样品环境的普适性 | 第30-31页 |
| 3.8 基于SCRIPT-MAP数据库定量的单点可重复性 | 第31-33页 |
| 3.9 基于SCRIPT-MAP数据库进行 293T细胞系相对定量的稳定性 | 第33-34页 |
| 3.10 基于SCRIPT-MAP数据库对标准蛋白定量的准确性 | 第34-35页 |
| 3.11 设计QconCAT确定代谢通路的化学计量 | 第35-36页 |
| 3.12 人的心肝肺胃的细胞代谢地图 | 第36-38页 |
| 第四章 讨论 | 第38-40页 |
| 第五章 结论 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-45页 |
| 附录 | 第45-53页 |
| 个人简历 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |
