| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第14-35页 |
| 1.1 多粘类芽孢杆菌概述 | 第14-15页 |
| 1.2 多粘类芽孢杆菌促生机制 | 第15-21页 |
| 1.2.1 多粘类芽孢杆菌产生的促生物质 | 第15页 |
| 1.2.2 多粘类芽孢杆菌与植物抗性 | 第15-16页 |
| 1.2.3 多粘类芽孢杆菌产生的抗菌物质 | 第16-21页 |
| 1.2.3.1 拮抗蛋白（酶）类 | 第16页 |
| 1.2.3.2 抗生素类 | 第16-21页 |
| 1.3 多粘类芽孢杆菌产生的胞外多糖 | 第21页 |
| 1.4 芽孢形成过程 | 第21-27页 |
| 1.4.1 起始阶段 | 第22-24页 |
| 1.4.2 不对称分裂 | 第24-25页 |
| 1.4.3 囊吞 | 第25页 |
| 1.4.4 皮层和外衣的形成 | 第25-27页 |
| 1.5 鞭毛及运动性 | 第27-28页 |
| 1.6 生物膜形成 | 第28-30页 |
| 1.7 多粘类芽孢杆菌基因组学进展 | 第30-33页 |
| 1.8 本研究目的及其意义 | 第33-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-53页 |
| 2.1 材料 | 第35-36页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第35页 |
| 2.1.2 培养基及溶液 | 第35-36页 |
| 2.1.2.1 培养基 | 第35页 |
| 2.1.2.2 溶液 | 第35-36页 |
| 2.1.3 酶、生化试剂及仪器 | 第36页 |
| 2.2 方法 | 第36-53页 |
| 2.2.1 基因组提取 | 第36-37页 |
| 2.2.2 SC2特异性引物设计 | 第37-38页 |
| 2.2.3 PCR扩增目的片段 | 第38页 |
| 2.2.4 产孢能力检测 | 第38页 |
| 2.2.5 鞭毛观察 | 第38-39页 |
| 2.2.5.1 银染法光镜检测 | 第38-39页 |
| 2.2.5.2 电镜观察 | 第39页 |
| 2.2.6 运动性检测 | 第39页 |
| 2.2.7 胞外多糖提取与纯化 | 第39-41页 |
| 2.2.7.1 胞外粗多糖提取 | 第39页 |
| 2.2.7.2 胞外多糖分离和纯化 | 第39-40页 |
| 2.2.7.3 胞外多糖含量测定 | 第40-41页 |
| 2.2.8 拮抗性检测 | 第41页 |
| 2.2.9 生物膜形成能力检测 | 第41页 |
| 2.2.10 碳源利用 | 第41页 |
| 2.2.11 生长曲线测定 | 第41-42页 |
| 2.2.12 基因组重测序 | 第42-44页 |
| 2.2.12.1 上机测序前样品处理 | 第42页 |
| 2.2.12.2 生物信息学分析 | 第42-44页 |
| 2.2.13 转录组测序 | 第44页 |
| 2.2.14 突变基因的功能回补 | 第44-50页 |
| 2.2.14.1 目的片段的获得 | 第44-45页 |
| 2.2.14.2 目的片段与克隆载体的连接 | 第45页 |
| 2.2.14.3 目的片段和质粒DNA的酶切 | 第45页 |
| 2.2.14.4 DNA片段的回收 | 第45-46页 |
| 2.2.14.5 目的片段与质粒DNA的连接 | 第46页 |
| 2.2.14.6 感受态细胞的制备 | 第46-47页 |
| 2.2.14.7 质粒DNA向大肠杆菌中转化 | 第47页 |
| 2.2.14.8 转化子菌落PCR检测 | 第47-48页 |
| 2.2.14.9 质粒DNA的大量提取 | 第48-49页 |
| 2.2.14.10 重组质粒的酶切鉴定 | 第49页 |
| 2.2.14.11 重组质粒向SC2-M1、SC2-M2转化 | 第49-50页 |
| 2.2.14.12 重组菌株的筛选 | 第50页 |
| 2.2.15 RNA提取 | 第50-51页 |
| 2.2.16 实时荧光定量PCR | 第51-52页 |
| 2.2.17 重测序PCR验证 | 第52-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-97页 |
| 3.1 自发突变株SC2-M1和SC2-M2的确定 | 第53-54页 |
| 3.2 SC2、SC2-M1和SC2-M2之间的表型差异分析 | 第54-60页 |
| 3.2.1 产孢能力分析 | 第54页 |
| 3.2.2 鞭毛及运动性 | 第54-56页 |
| 3.2.3 菌落形态 | 第56页 |
| 3.2.4 胞外多糖 | 第56-57页 |
| 3.2.5 拮抗性能 | 第57-58页 |
| 3.2.6 生物膜形成 | 第58-59页 |
| 3.2.7 碳源利用 | 第59页 |
| 3.2.8 生长曲线 | 第59-60页 |
| 3.3 SC2-M1与SC2-M2基因组重测序 | 第60-64页 |
| 3.3.1 插入片段分布统计 | 第60-61页 |
| 3.3.2 深度分布统计 | 第61-63页 |
| 3.3.3 SNV检测与注释 | 第63-64页 |
| 3.3.4 Small In Del检测与注释 | 第64页 |
| 3.3.5 SV检测与注释 | 第64页 |
| 3.4 SC2、SC2-M1与SC2-M2转录组测序 | 第64-91页 |
| 3.4.1 测序数据质量统计 | 第65-67页 |
| 3.4.2 参考序列比对分析 | 第67页 |
| 3.4.3 基因表达分析 | 第67-91页 |
| 3.4.3.1 SC2-M1与SC2的基因差显表达 | 第67-75页 |
| 3.4.3.2 SC2-M2与SC2的基因差显表达 | 第75-83页 |
| 3.4.3.3 SC2-M1与SC2-M2的基因差显表达 | 第83-91页 |
| 3.5 实时荧光定量PCR验证 | 第91页 |
| 3.6 spo0A基因在SC2-M1和SC2-M2中的功能回补 | 第91-97页 |
| 3.6.1 目的片段获得 | 第93页 |
| 3.6.2 重组质粒的构建 | 第93-94页 |
| 3.6.3 重组子的筛选及验证 | 第94页 |
| 3.6.4 重组菌株的菌落形态及产孢能力 | 第94-97页 |
| 4 讨论 | 第97-101页 |
| 5 结论 | 第101-102页 |
| 6 展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第116页 |
