| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-28页 |
| 1.1 古菌概述 | 第14-16页 |
| 1.1.1 两域学说与三域学说 | 第14-15页 |
| 1.1.2 古菌的分类 | 第15页 |
| 1.1.3 古菌的基本特征 | 第15-16页 |
| 1.2 硫化叶菌概述 | 第16-19页 |
| 1.2.1 硫化叶菌基本特征 | 第16-17页 |
| 1.2.2 硫化叶菌分类 | 第17页 |
| 1.2.3 冰岛硫化叶菌 | 第17-18页 |
| 1.2.4 冰岛硫化叶菌表达载体 | 第18-19页 |
| 1.3 DExD/H-box家族解旋酶 | 第19-23页 |
| 1.3.1 DExD/H-box家族概述 | 第19页 |
| 1.3.2 DEAD box解旋酶的结构组成 | 第19-21页 |
| 1.3.3 DEAD box解旋酶的功能 | 第21页 |
| 1.3.4 古菌中的DExD/H-box解旋酶 | 第21-23页 |
| 1.4 DNA的损伤修复 | 第23-25页 |
| 1.4.1 DNA损伤 | 第23-24页 |
| 1.4.2 研究嗜热菌DNA损伤修复的意义 | 第24-25页 |
| 1.5 转录组学及其应用 | 第25-26页 |
| 1.5.1 转录组概述 | 第25-26页 |
| 1.5.2 转录组测序与高通量测序 | 第26页 |
| 1.5.3 转录组学研究意义 | 第26页 |
| 1.6 本课题的立题依据与基本思路 | 第26-28页 |
| 1.6.1 立题依据 | 第26-27页 |
| 1.6.2 基本思路 | 第27-28页 |
| 第二章 冰岛硫化叶菌DExD/H-box解旋酶SiRe_0681与SiRe_1605的体内功能分析 | 第28-38页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-31页 |
| 2.1.1 菌株与质粒 | 第28页 |
| 2.1.2 培养基 | 第28-29页 |
| 2.1.3 过表达载体的构建 | 第29页 |
| 2.1.4 S.islandicus E233S细胞的电转化 | 第29-30页 |
| 2.1.5 古菌转化子纯化与验证 | 第30页 |
| 2.1.6 过表达菌株生长曲线测定 | 第30-31页 |
| 2.1.7 敲除菌株在低温下生长曲线测定 | 第31页 |
| 2.2 实验结果和讨论 | 第31-34页 |
| 2.2.1 SiRe_1605和SiRe_0681古菌体内过表达载体的验证 | 第31-32页 |
| 2.2.2 体内过表达SiRe_0681和SiRe_1605 | 第32-33页 |
| 2.2.3 △SiRe_0681和△SiRe_1605在低温条件下生长更慢 | 第33-34页 |
| 2.3 本章总结与讨论 | 第34-38页 |
| 第三章 转录组分析SiRe_0681与SiRe_1605的体内功能以及MMS处理后细胞的损伤应答反应 | 第38-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第38-39页 |
| 3.1.1 样品获取及RNA提取与富集 | 第38-39页 |
| 3.1.2 基因表达量统计 | 第39页 |
| 3.1.3 差异表达基因的KEGG富集分析 | 第39页 |
| 3.2 实验结果和讨论 | 第39-50页 |
| 3.2.1 验证△SiRe_0681和△SiRe_1605敲除菌株中表达量为0的基因 | 第39-41页 |
| 3.2.2 敲除DExD/H-box解旋酶对基因沉默机制的影响 | 第41-43页 |
| 3.2.3 △SiRe_0681中的转录水平变化 | 第43-45页 |
| 3.2.4 △SiRe_1605中的转录水平变化 | 第45页 |
| 3.2.5 Ups操纵子基因的转录水平变化 | 第45-47页 |
| 3.2.6 冰岛硫化叶菌在MMS处理下的损伤应答反应 | 第47-49页 |
| 3.2.7 差异表达基因的KEGG分析 | 第49-50页 |
| 3.3 本章总结与讨论 | 第50-53页 |
| 第四章 SiRe_0681与SiRe_1605的蛋白表达与功能分析 | 第53-69页 |
| 4.1 材料与方法 | 第53-56页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第53页 |
| 4.1.2 培养基 | 第53页 |
| 4.1.3 表达载体的构建 | 第53-54页 |
| 4.1.4 蛋白表达纯化 | 第54-55页 |
| 4.1.4.1 蛋白表达 | 第54页 |
| 4.1.4.2 蛋白纯化 | 第54页 |
| 4.1.4.3 FPLC系统凝胶过滤层析纯化蛋白 | 第54-55页 |
| 4.1.5 Western blot | 第55-56页 |
| 4.1.6 DNA底物制备与纯化 | 第56页 |
| 4.1.7 DNA解旋酶活性的检测 | 第56页 |
| 4.2 实验结果与讨论 | 第56-67页 |
| 4.2.1 S.islandicus REY15A中2个DExD/H-box解旋酶基因表达载体的构建 | 第56-57页 |
| 4.2.2 表达纯化蛋白SiRe_0681 | 第57-58页 |
| 4.2.3 表达纯化蛋白SiRe_1605 | 第58-66页 |
| 4.2.3.1 镍柱纯化SiRe_1605 | 第58-59页 |
| 4.2.3.2 碱基序列分析 | 第59-61页 |
| 4.2.3.3 蛋白表达纯化条件优化 | 第61-62页 |
| 4.2.3.4 凝胶过滤层析纯化SiRe 1605 | 第62-63页 |
| 4.2.3.5 使用pET15b-SiRe_1605-N-His载体表达纯化SiRe_1605 | 第63-66页 |
| 4.2.4 DNA解旋酶活性的检测 | 第66-67页 |
| 4.3 本章总结与讨论 | 第67-69页 |
| 第五章 总结与展望 | 第69-72页 |
| 5.1 总结 | 第69-70页 |
| 5.2 展望 | 第70-72页 |
| 附录 | 第72-76页 |
| 附录一: 培养基的成分及配制 | 第72-74页 |
| 附录二: 主要溶液及配制 | 第74-75页 |
| 附录三: 敲除SiRe_0681和SiRe_1605后FPKM值变为0的基因 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
| 攻读学位期间参与发表的论文 | 第87-88页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第88页 |
