| 中文摘要 | 第1-14页 |
| Abstract | 第14-18页 |
| 1 前言 | 第18-38页 |
| ·转录组概述 | 第18-21页 |
| ·转录组学研究方法 | 第18页 |
| ·第二代测序技术平台 | 第18-19页 |
| ·Roche 454测序技术 | 第19页 |
| ·Illumina测序技术 | 第19页 |
| ·ABI SOLID测序技术 | 第19页 |
| ·转录组的复杂性 | 第19-20页 |
| ·昆虫转录组学研究现状 | 第20-21页 |
| ·家蚕神经概述 | 第21-24页 |
| ·家蚕神经系统的构造 | 第22页 |
| ·家蚕神经发育及其调控的研究 | 第22-24页 |
| ·Fox转录因子的研究进展 | 第24-34页 |
| ·Fox转录因子的命名与分类 | 第24-25页 |
| ·Fox蛋白的结构 | 第25-26页 |
| ·一级结构 | 第25页 |
| ·Forkhead结构域（FHD）的三维特征 | 第25-26页 |
| ·Fox蛋白DNA识别机制 | 第26-27页 |
| ·Fox蛋白的主要功能 | 第27-33页 |
| ·在信号转导途径中的作用 | 第27-29页 |
| ·在生物发育方面的作用 | 第29-31页 |
| ·在细胞周期调控方面的作用 | 第31-32页 |
| ·在新陈代谢方面的作用 | 第32页 |
| ·在人类疾病方面的作用 | 第32-33页 |
| ·Fox家族成员的分子进化 | 第33-34页 |
| ·分子进化及其研究方法 | 第34-36页 |
| ·分子进化 | 第34页 |
| ·分子进化的研究方法 | 第34-36页 |
| ·系统发生树的构建 | 第34-35页 |
| ·DNA多态性分析 | 第35页 |
| ·中性检验 | 第35-36页 |
| ·人工选择及其分子机制研究 | 第36页 |
| ·本研究的目的意义 | 第36-38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-70页 |
| ·实验材料 | 第38-46页 |
| ·实验蚕品种 | 第38页 |
| ·质粒和菌株 | 第38页 |
| ·生化试剂 | 第38-40页 |
| ·相关溶液的配置 | 第40-44页 |
| ·PCR引物 | 第44页 |
| ·主要仪器设备 | 第44-45页 |
| ·生物信息学分析工具 | 第45-46页 |
| ·实验方法 | 第46-70页 |
| ·家蚕脑转录组分析 | 第46-54页 |
| ·家蚕脑组织的采集 | 第46页 |
| ·家蚕脑组织总RNA的提取及检测 | 第46-47页 |
| ·mRNA的纯化 | 第47-48页 |
| ·mRNA打断及其cDNA第一条链的合成 | 第48页 |
| ·cDNA第二条链的合成 | 第48-49页 |
| ·末端修复 | 第49页 |
| ·′末端加polyA | 第49页 |
| ·加测序接头（Adapter） | 第49页 |
| ·连接产物胶回收 | 第49-50页 |
| ·PCR | 第50页 |
| ·PCR产物的胶回收纯化 | 第50页 |
| ·Solexa高通量测序 | 第50页 |
| ·测序数据信息分析 | 第50-54页 |
| ·基因结构优化 | 第54页 |
| ·新转录本预测 | 第54页 |
| ·可变剪切分析 | 第54页 |
| ·BmSGF1多克隆抗体的制备 | 第54-65页 |
| ·家蚕5龄第3天后部丝腺总RNA的提取 | 第54-55页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第55-56页 |
| ·PCR扩增 | 第56页 |
| ·DNA片段的琼脂糖凝胶回收 | 第56-57页 |
| ·连接反应 | 第57页 |
| ·连接产物的转化 | 第57页 |
| ·重组质粒的筛选与测序 | 第57-58页 |
| ·质粒提取 | 第58页 |
| ·抗原片段的选择与PCR扩增 | 第58-59页 |
| ·原核表达载体的构建 | 第59-60页 |
| ·重组质粒的原核表达 | 第60-61页 |
| ·SDS-PAGE电泳 | 第61-62页 |
| ·重组蛋白的纯化 | 第62-63页 |
| ·家兔抗BmSGF1多克隆抗体的制备 | 第63页 |
| ·ELISA检测 | 第63页 |
| ·Western blotting检测 | 第63-64页 |
| ·免疫荧光染色 | 第64-65页 |
| ·BmSGF1的RNAi分析 | 第65-68页 |
| ·BmSGF1 dsRNA的制备 | 第65-67页 |
| ·显微注射 | 第67页 |
| ·免疫荧光染色 | 第67页 |
| ·荧光定量PCR | 第67-68页 |
| ·序列多态性分析 | 第68页 |
| ·中性检验 | 第68-69页 |
| ·荧光定量PCR分析 | 第69页 |
| ·家蚕和野蚕 sage 基因组序列比对 | 第69-70页 |
| 3 结果与分析 | 第70-97页 |
| ·家蚕脑转录组研究 | 第70-81页 |
| ·产量统计 | 第70页 |
| ·随机性评估 | 第70页 |
| ·组装结果 | 第70-72页 |
| ·基因表达注释 | 第72-73页 |
| ·Unigene功能注释 | 第73-77页 |
| ·NR分析 | 第73-74页 |
| ·COG分析 | 第74-76页 |
| ·GO分析 | 第76页 |
| ·KEGG pathway分析 | 第76-77页 |
| ·基因结构优化及新转录本的预测 | 第77-79页 |
| ·基因结构优化结果 | 第77-78页 |
| ·新转录本检测结果 | 第78-79页 |
| ·可变剪切结果分析 | 第79-80页 |
| ·家蚕、果蝇以及人转录组比较 | 第80-81页 |
| ·BmSGF1基因的功能研究 | 第81-90页 |
| ·BmSGF1序列的克隆及其序列分析 | 第81-83页 |
| ·BmSGF1的多克隆抗体制备 | 第83-86页 |
| ·BmSGF1的表达谱 | 第86-87页 |
| ·BmSGF1和BmSage在丝腺、神经共定位 | 第87-88页 |
| ·BmSGF1基因的RNAi表型 | 第88-89页 |
| ·荧光定量PCR结果 | 第89-90页 |
| ·家蚕和野桑蚕Bmsgf1基因和Bmsage基因核苷酸多态性分析 | 第90-97页 |
| ·BmSGF1和Bmsage基因的位置确定 | 第90-91页 |
| ·核苷酸多态性检验及中性检验 | 第91-93页 |
| ·sage基因人工选择靶区域的推测 | 第93页 |
| ·荧光定量PCR | 第93-94页 |
| ·人工靶位点的预测 | 第94-97页 |
| 4 讨论 | 第97-100页 |
| ·家蚕脑转录组分析 | 第97页 |
| ·家蚕Bmsgf1的功能 | 第97-100页 |
| ·Bmsgf1基因RNAi目的片段的选择 | 第98页 |
| ·BmSGF1在神经中的功能 | 第98-99页 |
| ·sgf1和sage基因的分子进化研究 | 第99-100页 |
| 5 结论 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第111页 |