| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-15页 |
| 第一章 激酶与其抑制剂作用机理的分子模拟研究进展 | 第15-55页 |
| ·癌症的靶向治疗与激酶靶点 | 第15-17页 |
| ·激酶的分类、结构与特征 | 第17-23页 |
| ·蛋白激酶的一般分类 | 第17-18页 |
| ·蛋白激酶的结构特征 | 第18-23页 |
| ·蛋白激酶抑制剂的研究进展 | 第23-29页 |
| ·Ⅰ型和Ⅱ型激酶抑制剂 | 第25-27页 |
| ·激酶抑制剂与靶点蛋白的相互作用 | 第27-29页 |
| ·分子模拟方法在激酶及其抑制剂研究中的应用 | 第29-47页 |
| ·蛋白激酶与抑制剂的作用机理研究 | 第34-35页 |
| ·常见的分子模拟方法简介 | 第35-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-55页 |
| 第二章 B-RAF激酶与其抑制剂的作用机理及抑制剂的定量构效关系研究 | 第55-89页 |
| ·研究背景 | 第55-60页 |
| ·计算方法 | 第60-67页 |
| ·小分子的构建 | 第60-64页 |
| ·蛋白质的结构准备 | 第64-65页 |
| ·QPLD对接和MM/GBSA重新打分 | 第65页 |
| ·CoMFA和CoMSIA的三维结构定量构效分析 | 第65-66页 |
| ·分子动力学模拟 | 第66-67页 |
| ·结合自由能计算 | 第67页 |
| ·结果与讨论 | 第67-83页 |
| ·QPLD对接和MM/GBSA重新打分 | 第67-70页 |
| ·基于结构的3D-QSAR模型 | 第70-78页 |
| ·~(V600E)B-RAF激酶结合分子25和分子26的复合体系的比较 | 第78-83页 |
| ·结论 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-89页 |
| 第三章 p38α激酶的变构抑制剂作用机理的分子模拟研究 | 第89-110页 |
| ·研究背景 | 第89-91页 |
| ·模型和方法 | 第91-93页 |
| ·模拟体系 | 第91页 |
| ·分子动力学模拟 | 第91-92页 |
| ·结合自由能计算 | 第92-93页 |
| ·结合自由能分解 | 第93页 |
| ·结果与讨论 | 第93-103页 |
| ·抑制剂与p38α结合模式的静态结构分析 | 第93-94页 |
| ·分子动力学模拟 | 第94-98页 |
| ·基于结合自由能计算的相互作用机理分析 | 第98-99页 |
| ·与抑制剂结合的关键氨基酸残基的识别 | 第99-103页 |
| ·结论 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-110页 |
| 第四章 MLN8054对极光激酶A和B亚型的选择性抑制机理研究#96 | 第110-133页 |
| ·研究背景 | 第110-113页 |
| ·计算方法和模拟体系 | 第113-116页 |
| ·模拟体系的搭建 | 第113-114页 |
| ·分子动力学模拟 | 第114页 |
| ·自由能计算 | 第114-115页 |
| ·残基能量分解 | 第115-116页 |
| ·结果与讨论 | 第116-126页 |
| ·Aurora-A和-B的序列比对和结构分析 | 第116-118页 |
| ·分子动力学模拟 | 第118-122页 |
| ·MM-PBSA和MM-GBSA计算 | 第122-123页 |
| ·MLN8054的选择性机理解释 | 第123-126页 |
| ·结论 | 第126页 |
| 参考文献 | 第126-133页 |
| 第五章 MK2-p38α信号复合物的自组装分子基础和蛋白-蛋白相互作用研究 | 第133-157页 |
| ·研究背景 | 第133-136页 |
| ·模型和计算方法 | 第136-139页 |
| ·结构的准备 | 第136页 |
| ·分子动力学模拟 | 第136-137页 |
| ·单轨迹和三轨迹的结合自由能计算 | 第137-138页 |
| ·残基自由能分解分析 | 第138页 |
| ·分子动力学轨迹的主成分分析与运动相关性分析 | 第138-139页 |
| ·分子动力学轨迹的聚类分析 | 第139页 |
| ·结果与讨论 | 第139-151页 |
| ·蛋白质结构的稳定性和柔性 | 第139-143页 |
| ·p38α与MK2结合诱导的运动的相关性分析 | 第143-146页 |
| ·结合自由能的计算 | 第146-148页 |
| ·残基对的自由能分解 | 第148-151页 |
| ·结论 | 第151页 |
| 参考文献 | 第151-157页 |
| 附录Ⅰ 攻读博士期间已发表和待发表的论文目录 | 第157-158页 |
| 附录Ⅱ 作者简介 | 第158-159页 |
| 致谢 | 第159页 |
