| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-22页 |
| ·研究背景 | 第10-17页 |
| ·种子萌发与休眠的概述 | 第10-12页 |
| ·调控种子早期发育的相关基因与机制的概述 | 第12-17页 |
| ·研究方法与技术 | 第17-21页 |
| ·二代测序技术 | 第17-20页 |
| ·转录组测序技术 | 第20-21页 |
| ·研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-32页 |
| ·实验样品 | 第22页 |
| ·主要实验试剂与耗材 | 第22页 |
| ·实验方法 | 第22-28页 |
| ·RNA-Seq文库的构建和HiSeq 2000测序 | 第22-28页 |
| ·RNA-Seq分析的参考序列和注释信息 | 第28页 |
| ·RNA-Seq数据的分析方法 | 第28-32页 |
| ·RNA-Seq数据的分析流程 | 第28-29页 |
| ·读段的定位与注释 | 第29页 |
| ·基因表达水平的估计 | 第29-30页 |
| ·差异表达基因的检测 | 第30-31页 |
| ·基因的功能分析 | 第31页 |
| ·Pathway分析 | 第31页 |
| ·聚类分析 | 第31页 |
| ·新的可变剪切事件的识别 | 第31-32页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第32-48页 |
| ·测序数据的质量分析与读段的定位 | 第32-35页 |
| ·测序数据的总体质量评估 | 第32-33页 |
| ·读段的定位 | 第33-35页 |
| ·基因表达水平估计 | 第35页 |
| ·差异基因检测 | 第35-41页 |
| ·基因的聚类分析 | 第41-43页 |
| ·层次聚类分析 | 第41-42页 |
| ·K-Means聚类分析 | 第42-43页 |
| ·聚类基因的功能分析 | 第43-45页 |
| ·GO功能类的富集分析 | 第43-45页 |
| ·基于Mapman软件的功能BIN的富集分析 | 第45页 |
| ·可变剪切事件的识别 | 第45-48页 |
| 第四章 结论 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-58页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究结果 | 第58页 |