| 目录 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 縮略语表 | 第12-14页 |
| 1 前言 | 第14-49页 |
| ·蛋白-DNA识别机制 | 第14-25页 |
| ·Base Readout机制 | 第16-18页 |
| ·氢键介导的蛋白-DNA互作 | 第17-18页 |
| ·疏水作用介导的蛋白-DNA互作 | 第18页 |
| ·Shape Readout机制 | 第18-25页 |
| ·Local Shape Readout | 第19-23页 |
| ·Global Shape Readout | 第23-25页 |
| ·转录调控因子的结构特征 | 第25-43页 |
| ·Mainlyα转录调控因子 | 第26-34页 |
| ·Helix-Turn-Helix motif | 第27-28页 |
| ·Winged Helix-Turn-Helix motif | 第28-32页 |
| ·Helix-loop-helix motif | 第32-34页 |
| ·Mainlyβ转录调控因子 | 第34-37页 |
| ·TATA-box结合蛋白 | 第36-37页 |
| ·Mixedα/β转录调控因子 | 第37-43页 |
| ·Ribbon-Helix-Helix Motif | 第37-40页 |
| ·锌指结构域 | 第40-43页 |
| ·TetR家族转录调控因子 | 第43-47页 |
| ·TFRs保守的结构特征 | 第45-46页 |
| ·TFRs的配体结合空腔 | 第46-47页 |
| ·TFR与DNA相互作用的研究进展及存在的问题 | 第47-48页 |
| ·研究目的与意义 | 第48-49页 |
| 2 材料与方法 | 第49-72页 |
| ·实验材料 | 第49-55页 |
| ·实验所用菌株 | 第49-50页 |
| ·实验所用质粒 | 第50-51页 |
| ·PCR引物 | 第51页 |
| ·实验所用酶和试剂(盒) | 第51-52页 |
| ·抗生素与培养基 | 第52-53页 |
| ·缓冲液与试剂的配制 | 第53-54页 |
| ·实验所用仪器 | 第54-55页 |
| ·实验方法 | 第55-72页 |
| ·目标基因的克隆 | 第55-57页 |
| ·PCR扩增目标基因 | 第55页 |
| ·PCR产物的回收与纯化 | 第55-56页 |
| ·T-载体的克隆 | 第56页 |
| ·质粒的抽提 | 第56页 |
| ·酶切与连接 | 第56-57页 |
| ·大肠杆菌化学感受态的制备及转化 | 第57-58页 |
| ·化学感受态的制备 | 第57-58页 |
| ·酶连产物或质粒的转化 | 第58页 |
| ·组氨酸标签融合蛋白的表达纯化 | 第58-61页 |
| ·pET28a表达载体的改造 | 第58-59页 |
| ·His标签融合蛋白表达载体的构建 | 第59页 |
| ·His标签融合蛋白的表达 | 第59-60页 |
| ·His标签融合蛋白的纯化 | 第60-61页 |
| ·胰蛋白酶水解实验 | 第61-62页 |
| ·TEV酶的表达与纯化 | 第62-63页 |
| ·TEV酶的表达 | 第62页 |
| ·TEV酶的纯化 | 第62-63页 |
| ·SDS-PAGE凝胶的制备及电泳 | 第63-64页 |
| ·SDS-PAGE凝胶的制备 | 第63页 |
| ·SDS-PAGE电泳 | 第63-64页 |
| ·蛋白晶体的生长与优化 | 第64-67页 |
| ·蛋白晶体的生长 | 第64页 |
| ·蛋白晶体的优化 | 第64-65页 |
| ·“后晶体”处理法 | 第65-67页 |
| ·蛋白晶体结构的解析 | 第67-71页 |
| ·分子置换法 | 第67-68页 |
| ·同晶置换 | 第68-69页 |
| ·反常散射 | 第69-71页 |
| ·凝胶阻滞电泳EMSA | 第71-72页 |
| 3 结果与分析 | 第72-113页 |
| ·Ms6564基因的克隆 | 第72-75页 |
| ·Ms6564蛋白的纯化 | 第75-78页 |
| ·Ms6564蛋白晶体的生长 | 第78-81页 |
| ·Ms6564天然蛋白晶体的生长 | 第78-79页 |
| ·Ms6564硒代蛋白晶体的生长 | 第79-81页 |
| ·Ms6564-DNA复合物的组装 | 第81-83页 |
| ·Ms6564-DNA复合物晶体的生长 | 第83-86页 |
| ·Ms6564-DNA复合物晶体的生长 | 第83-84页 |
| ·硒代Ms6564-DNA复合物晶体的生长 | 第84-85页 |
| ·溴标DNA-Ms6564复合物晶体的生长 | 第85-86页 |
| ·Ms6564结构的解析 | 第86-92页 |
| ·Ms6564硒代蛋白晶体衍射数据的处理 | 第86-90页 |
| ·寻找Ms6564硒代蛋白中的重原子 | 第90-92页 |
| ·Ms6564电子密度图的生成 | 第92页 |
| ·Ms6564-DNA复合物结构的解析 | 第92-99页 |
| ·硒代Ms6564-DNA复合物晶体衍射数据的处理 | 第92-96页 |
| ·寻找硒代Ms6564-DNA复合物中的重原子 | 第96-97页 |
| ·Ms6564-DNA复合物电子密度图的生成 | 第97-98页 |
| ·DNA碱基序列的确定 | 第98-99页 |
| ·Ms6564结构的分析 | 第99-102页 |
| ·Ms6564结构的概述 | 第99-100页 |
| ·Ms6564同源二聚体相互作用界面 | 第100-101页 |
| ·Ms6564与其它TetR家族蛋白的比较 | 第101-102页 |
| ·Ms6564-DNA复合物结构的分析 | 第102-113页 |
| ·Ms6564-DNA复合物结构的概述 | 第102-106页 |
| ·Ms6564-DNA复合物中DNA的形变 | 第106-107页 |
| ·水分子介导的Ms6564与DNA间接的相互作用 | 第107-111页 |
| ·Ms6564与DNA直接的相互作用 | 第111-113页 |
| 4 总结与讨论 | 第113-121页 |
| ·总结 | 第113-114页 |
| ·讨论 | 第114-121页 |
| ·Ms6564 N端手臂的功能 | 第114-115页 |
| ·Ms6564 DNA结合形式的多样性 | 第115-116页 |
| ·Ms6564的DNA识别螺旋 | 第116-117页 |
| ·水分子介导的间接相互作用 | 第117-118页 |
| ·Ms6564结合DNA的特异性 | 第118-119页 |
| ·Ms6564的变构调控机制 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-141页 |
| 论文发表情况 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142页 |
