| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 英文缩写符号及中英文对照表 | 第15-16页 |
| 研究的主要内容和目的 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-37页 |
| 第一节 变形菌视紫红质(PROTEORHODOPSIN)的发现 | 第17-18页 |
| 第二节 变形菌视紫红质(PROTEORHODOPSIN)的生态分布 | 第18-20页 |
| 第三节 变形菌视紫红质(PROTEORHODOPSIN)的功能 | 第20-25页 |
| 1. PROTEORHODOPSIN的质子泵功能 | 第20-21页 |
| 2. PROTEORHODOPSIN的光循环 | 第21-23页 |
| 3. PROTEORHODOPSIN的生理功能 | 第23-25页 |
| 第四节 变形菌视紫红质(PROTEORHODOPSIN)的结构研究 | 第25-28页 |
| 第五节 膜蛋白结晶学简介 | 第28-35页 |
| 第六节 解决蛋白结构分析中相位的方法 | 第35-36页 |
| 第七节 本论文研究的目的与意义 | 第36-37页 |
| 第二章 变形菌视紫红质功能的研究 | 第37-57页 |
| 1 材料与方法 | 第38-45页 |
| ·质粒及宿主菌 | 第38页 |
| ·培养基的配置 | 第38-39页 |
| ·试剂和及相关仪器设备 | 第39页 |
| ·PR蛋白质氨基酸序列比对 | 第39页 |
| ·质粒的提取 | 第39-40页 |
| ·重组PCR技术的定点突变 | 第40-42页 |
| ·重组载体的构建 | 第42-44页 |
| ·质子泵功能的检测 | 第44页 |
| ·PR光周期的闪光光解作用测定 | 第44-45页 |
| 2 结果与讨论 | 第45-55页 |
| ·PR蛋白的氨基酸序列比对 | 第45-47页 |
| ·PCR扩增结果分析 | 第47页 |
| ·重组质粒的鉴定结果分析 | 第47-48页 |
| ·PR的ARG突变体质子泵的测定 | 第48-50页 |
| ·PR的ARG突变体的光周期的变化 | 第50-52页 |
| ·自然野生型ARG突变体的研究 | 第52-54页 |
| ·PR其他相关的氨基酸突变体功能的验证 | 第54-55页 |
| 本章小结 | 第55-57页 |
| 第三章 变形菌视紫红质HOT D97N NO20蛋白基因克隆、表达纯化及结晶与结构初步分析 | 第57-101页 |
| 第一节 变形菌视紫红质HOT D97N NO20蛋白的基因克隆、表达纯化以及结晶与结构初步分析 | 第58-90页 |
| 1 材料与方法 | 第58-69页 |
| ·质粒及宿主菌 | 第58页 |
| ·试剂及主要仪器设备 | 第58-59页 |
| ·培养基 | 第59页 |
| ·HOT75基因编码蛋白质的序列分析以及信号肽的预测 | 第59页 |
| ·HOT D97NNO20蛋白表达载体的构建 | 第59-62页 |
| ·HOT D97N NO20表达与纯化 | 第62-65页 |
| ·HotD97Nno20诱导表达条件旳确定 | 第62-63页 |
| ·HotD97Nno20 表达及纯化 | 第63页 |
| ·Hot D97Nno20蛋白质在溶液中聚集态的判断 | 第63-64页 |
| ·蛋白质SDS-PAGE凝胶电泳 | 第64页 |
| ·蛋白质含量的测定、浓縮及保存 | 第64-65页 |
| ·蛋白结晶的准备工作 | 第65页 |
| ·结晶片的处理 | 第65页 |
| ·晶体板的准备 | 第65页 |
| ·结晶缓冲液的准备 | 第65页 |
| ·HOT D97N NO20蛋白质的结晶条件初筛及优化 | 第65-68页 |
| ·Hot D97N no20蛋白结晶所需蛋白浓度的蹄选 | 第65-66页 |
| ·HotD97Nno20蛋白质的结晶条件初蹄 | 第66页 |
| ·Hot D97N no20蛋白质的晶体的鉴定 | 第66-67页 |
| ·Hot D97N no20蛋白质结晶条件的优化 | 第67页 |
| ·防冻液的选择及蛋白质晶体的挑取 | 第67-68页 |
| ·晶体衍射能力检查及衍射数据采集 | 第68页 |
| ·序列比对 | 第68页 |
| ·结构解析 | 第68页 |
| ·HOT D97N NO 20蛋白质晶体重金属衍生物的制备 | 第68-69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-90页 |
| ·HOT 75基因所编码蛋白的结构特征分析与信号肽的预测 | 第69-72页 |
| ·HOT D97N NO 20基因的克隆与表达 | 第72页 |
| ·HOT D97N NO 20蛋白最佳诱导表达条件的确定 | 第72-73页 |
| ·HOT D97N NO 20蛋白的纯化与电泳检测 | 第73-75页 |
| ·HOT D97N NO 20蛋白的脱盐与浓缩 | 第75页 |
| ·HOT D97N NO20蛋白结晶选用的蛋白质浓度 | 第75页 |
| ·HOT D97N NO20蛋白晶体条件的筛选以及晶体的初步检查 | 第75-78页 |
| ·Hot D97N no20蛋白晶体条件的蹄选 | 第75-76页 |
| ·晶体的初步检查 | 第76页 |
| ·Hot D97N no20蛋白结晶条件及晶体状况 | 第76-78页 |
| ·蛋白结晶条件的优化 | 第78页 |
| ·防冻液的选择与晶体的挑取 | 第78-79页 |
| ·HOT D97N NO20蛋白晶体的X射线衍射、数据收集与处理 | 第79-81页 |
| ·HOT D97N NO20硒代甲硫氨酸蛋白纯化、结晶与X线衍射 | 第81-83页 |
| ·HOT D97N NO20蛋白晶体重金属衍生物的制备与衍射 | 第83-89页 |
| ·HOT D97N NO20蛋白结构的初步分析 | 第89-90页 |
| ·分子置换的尝试 | 第89页 |
| ·重金属衍生物的衍射分析 | 第89-90页 |
| 第二节 变形菌视紫红质HOT D97N SIX M蛋白的基因克隆、表达纯化以及结晶 | 第90-98页 |
| 1 材料与方法 | 第90-92页 |
| ·菌株和质粒 | 第90-91页 |
| ·试剂及主要仪器设备 | 第91页 |
| ·HOT 75蛋白氨基酸的序列比对 | 第91页 |
| ·HOTD97N SIX M突变体基因的构建 | 第91-92页 |
| ·重组载体的构建 | 第92页 |
| ·HOTD97N SIX M蛋白诱导表达纯化以及结晶 | 第92页 |
| 2 结果与分析 | 第92-98页 |
| ·HOTD97NNO20蛋白质氨基酸的序列比对,以及突变位点的选定 | 第92-93页 |
| ·HOTD97N SIX M基因的克隆与鉴定 | 第93-97页 |
| ·HOTD97N SIX M蛋白的纯化与电泳鉴定 | 第97页 |
| ·HOTD97N SIX M蛋白的结晶条件的重复 | 第97-98页 |
| 本章小结 | 第98-101页 |
| 第四章 变形菌视紫红质HOTR94A、HOTQ105LNO20蛋白基因克隆、表达纯化及结晶与晶体衍射 | 第101-119页 |
| 第一节 变形菌视紫红质HOT R94A的基因克隆、表达纯化、结晶及晶体衍射 | 第102-111页 |
| 1 材料与方法 | 第102-103页 |
| ·质粒及宿主菌抗生素及使用浓度 | 第102-103页 |
| ·试剂及主要仪器设备 | 第103页 |
| ·H OTR94A突变体基因的构建 | 第103页 |
| ·蛋白质的大量表达与纯化 | 第103页 |
| ·HOT R94A蛋白质的结晶条件初筛及优化 | 第103页 |
| 2 结果与分析 | 第103-111页 |
| ·HOT R94A突变体基因的克隆与鉴定 | 第103-105页 |
| ·HOT R94A突变体蛋白的纯化 | 第105页 |
| ·结晶条件以及结晶条件优化 | 第105-110页 |
| ·防冻液的选择及晶体的衍射 | 第110-111页 |
| 第二节 变形菌视紫质HOT Q105L NO20的基因克隆、表达纯化、结晶及晶体衍射 | 第111-116页 |
| 1 材料与方法 | 第111-112页 |
| ·质粒及宿主菌 | 第111页 |
| ·试剂及主要仪器设备 | 第111页 |
| ·HOT Q105L NO20突变体基因的构建 | 第111-112页 |
| ·重组载体的构建 | 第112页 |
| ·重组质粒在大肠杆菌中的诱导表达与目的蛋白纯化 | 第112页 |
| ·HOTQ105LNO20蛋白质的结晶条件初筛及优化 | 第112页 |
| 2 结果与分析 | 第112-116页 |
| ·基因的克隆与鉴定 | 第112-113页 |
| ·HOT Q105L NO20蛋白的纯化 | 第113-114页 |
| ·HOT Q105L NO20蛋白的结晶条件以及条件优化 | 第114-116页 |
| ·防冻液的选择及晶体的衍射 | 第116页 |
| 本章小结 | 第116-119页 |
| 全文总结 | 第119-121页 |
| 创新点 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-133页 |
| 攻读学位期间发表与待发表的论文 | 第133-135页 |
| 附录 | 第135-141页 |
| 致谢 | 第141页 |
