| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 前言 | 第14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| 1 稻瘟病菌的侵染过程 | 第14-15页 |
| 2 稻瘟病菌无毒基因研究进展 | 第15-22页 |
| ·稻瘟病菌无毒基因的克隆方法 | 第16-17页 |
| ·稻瘟病菌无毒基因的结构与功能 | 第17-19页 |
| ·稻瘟病菌无毒基因在田间菌株群体中的遗传多样性和变异 | 第19-20页 |
| ·稻瘟病菌无毒基因的分子标记与定位 | 第20-22页 |
| 3 基因组深度测序及其在功能基因组学研究中的应用 | 第22-27页 |
| ·基因组测序技术的发展 | 第22-25页 |
| ·深度测序在功能基因组学研究中的应用 | 第25-27页 |
| ·DNA 测序 | 第25页 |
| ·RNA 测序 | 第25-27页 |
| 4 基因功能的研究方法 | 第27-30页 |
| ·基因的生物信息学分析 | 第27-28页 |
| ·基因功能的实验学验证 | 第28-30页 |
| ·基因敲除 | 第28页 |
| ·基因的过表达 | 第28-29页 |
| ·反向遗传学 | 第29页 |
| ·基因的时空表达分析 | 第29页 |
| ·cDNA 微阵列分析 | 第29-30页 |
| 5 本研究的意义 | 第30-31页 |
| 第二章 稻瘟病菌无毒基因Avr-Pid2 的初步定位 | 第31-47页 |
| 1 材料与方法 | 第31-35页 |
| ·实验材料 | 第31-32页 |
| ·供试菌株 | 第31页 |
| ·供试水稻 | 第31-32页 |
| ·培养基 | 第32页 |
| ·实验方法 | 第32-35页 |
| ·稻瘟病菌亲本菌株GUY11、FJ81278 及有性杂交后代的毒性分析 | 第32-33页 |
| ·SSR 分子标记的筛选 | 第33-34页 |
| ·PATE 标记 | 第34页 |
| ·遗传图谱的构建 | 第34-35页 |
| 2 结果与分析 | 第35-45页 |
| ·菌株GUY11、FJ81278 在抗性水稻上的致病性分析 | 第35-36页 |
| ·菌株GUY11 和FJ81278 的有性后代在Pi-d2 上的毒性分析 | 第36页 |
| ·与Avr-Pid2 基因连锁的分子标记的筛选 | 第36-44页 |
| ·遗传图谱的构建 | 第44-45页 |
| 3 小结与讨论 | 第45-47页 |
| 第三章 稻瘟病菌菌株FJ81278 的深度测序分析 | 第47-61页 |
| 1 材料与方法 | 第47-51页 |
| ·实验材料 | 第47页 |
| ·实验方法 | 第47-51页 |
| ·菌丝、孢子、附着胞的准备 | 第47-48页 |
| ·RNA 的提取 | 第48页 |
| ·RNA 甲醛变性胶电泳 | 第48-49页 |
| ·数据分析 | 第49-51页 |
| 2 结果与分析 | 第51-58页 |
| ·总RNA 的定量定性分析 | 第51-52页 |
| ·FJ81278 基因组分析 | 第52-53页 |
| ·FJ81278转录组分析 | 第53-58页 |
| ·测序结果评估 | 第53-55页 |
| ·测序数据分析 | 第55-58页 |
| 3 小结与讨论 | 第58-61页 |
| 第四章 稻瘟病菌菌株FJ81278 中特异基因的功能互补和关联分析 | 第61-79页 |
| 1 材料与方法 | 第61-69页 |
| ·实验材料 | 第61-63页 |
| ·供试菌株 | 第61页 |
| ·供试水稻 | 第61页 |
| ·供试质粒 | 第61页 |
| ·培养基与试剂 | 第61-63页 |
| ·实验方法 | 第63-68页 |
| ·稻瘟病菌基因组DNA 的提取 | 第63页 |
| ·酵母同源重组过表达载体构建 | 第63-64页 |
| ·酵母同源重组 | 第64-66页 |
| ·稻瘟病菌的遗传转化 | 第66-67页 |
| ·过表达转化子的表达分析 | 第67-68页 |
| ·过表达转化子的表型分析 | 第68页 |
| ·特异基因的关联分析 | 第68-69页 |
| ·田间菌株在Pi-d2 上的毒性分析 | 第68-69页 |
| ·特异基因在田间菌株中的关联分析 | 第69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-77页 |
| ·特异基因的生物信息学分析 | 第69-70页 |
| ·特异基因的功能互补 | 第70-74页 |
| ·特异基因ORF 的扩增 | 第70页 |
| ·pDL1 Vector 的酶切 | 第70-71页 |
| ·酵母同源重组转化子质粒验证 | 第71页 |
| ·大肠杆菌超感质粒PCR 验证 | 第71-72页 |
| ·过量表达转化子的验证 | 第72页 |
| ·过量表达转化子的表型分析 | 第72-74页 |
| ·特异基因关联分析 | 第74-77页 |
| ·田间菌株在Pi-d2 上的致病性分析 | 第74页 |
| ·特异基因在田间菌株中的关联分析 | 第74-76页 |
| ·特异基因在部分有性后代中的分析 | 第76-77页 |
| 3 小结与讨论 | 第77-79页 |
| 第五章 FJ81278 中一个假定疏水表面结合蛋白基因的功能分析 | 第79-89页 |
| 1 材料与方法 | 第79-81页 |
| ·实验材料 | 第79页 |
| ·供试菌株 | 第79页 |
| ·实验数据 | 第79页 |
| ·实验方法 | 第79-81页 |
| ·生物信息学分析 | 第79-80页 |
| ·提取菌丝、孢子、附着胞RNA | 第80页 |
| ·cDNA 扩增 | 第80页 |
| ·qRT-PCR | 第80页 |
| ·相对定量表达分析 | 第80-81页 |
| 2 结果与分析 | 第81-87页 |
| ·生物信息学分析 | 第81-85页 |
| ·MoHsbA 结构与特性分析 | 第81-82页 |
| ·稻瘟病菌中含HsbA 功能域的基因结构及其特性 | 第82-83页 |
| ·稻瘟病菌中含HsbA 功能域的基因功能与表达分析 | 第83-84页 |
| ·HsbA 家族的系统发育关系 | 第84-85页 |
| ·MoHsbA 在不同发育阶段的相对表达 | 第85-87页 |
| ·qRT-PCR 的体系优化 | 第85-86页 |
| ·相对定量表达分析 | 第86-87页 |
| 3 小结与讨论 | 第87-89页 |
| 总结与展望 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-107页 |
| 附录 | 第107-112页 |
| 附录 1: 预测的特异基因的扩增引物及退火温度 | 第107-108页 |
| 附录 2: 过表达转化子接种结果 | 第108-110页 |
| 附录 3: 特异基因在20 个有性后代菌株中的扩增 | 第110-112页 |
| 致谢 | 第112页 |
