| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-16页 |
| 前言 | 第16-17页 |
| 第一章 长筒石蒜花色分布及花色苷种类对花色形成的影响 | 第17-56页 |
| 第一节 文献综述 | 第17-36页 |
| 1 花色概述 | 第17-24页 |
| ·花色形成的机理 | 第18-20页 |
| ·花瓣的组织结构与花色形成 | 第18页 |
| ·花色素的种类 | 第18-20页 |
| ·花青素与花色形成 | 第20-24页 |
| ·花青素的结构 | 第20-21页 |
| ·花色苷的理化性质与分离鉴定 | 第21-24页 |
| 2 花色苷的分离鉴定 | 第24-27页 |
| ·提取方法 | 第24页 |
| ·分离纯化方法 | 第24-25页 |
| ·花色苷的分析方法 | 第25-27页 |
| ·光谱技术 | 第25页 |
| ·色谱技术 | 第25-27页 |
| 3 观赏植物花色的检测 | 第27-31页 |
| ·植物材料的准备 | 第28页 |
| ·目视测色 | 第28页 |
| ·仪器测色 | 第28-30页 |
| ·观赏植物花色测量的方法的选择和比较 | 第30-31页 |
| 4 石蒜科植物概述 | 第31-36页 |
| ·石蒜属（Lycoris）植物的生物学特性 | 第31页 |
| ·中国石蒜属植物的种类及分布 | 第31-32页 |
| ·石蒜属植物的观赏价值 | 第32-33页 |
| ·地被植物 | 第32-33页 |
| ·鲜切花 | 第33页 |
| ·石蒜属植物的经济价值 | 第33-34页 |
| ·石蒜属植物研究进展 | 第34-36页 |
| ·石蒜属植物的育种研究 | 第34页 |
| ·石蒜属植物的染色体核型分析 | 第34页 |
| ·石蒜属植物花青素组成研究概况 | 第34-36页 |
| 第二节 长筒石蒜花色分布与花青素组成以及花瓣呈色的相关性研究 | 第36-49页 |
| 1 实验材料与方法 | 第36-39页 |
| ·植物材料 | 第36页 |
| ·实验试剂与仪器设备 | 第36-38页 |
| ·试剂及标样 | 第36-37页 |
| ·仪器 | 第37-38页 |
| ·实验方法 | 第38-39页 |
| ·花色的测定 | 第38页 |
| ·长筒石蒜花青素提取 | 第38-39页 |
| ·高效液相色谱分析（HPLC-DAD） | 第39页 |
| ·高效液相色谱质谱联用技术（HPLC-ESI-MS） | 第39页 |
| ·花青素定量分析 | 第39页 |
| ·统计分析 | 第39页 |
| 2 实验结果 | 第39-46页 |
| ·目测和RHSCC 对长筒石蒜花色的评价 | 第39页 |
| ·分光色差仪对长筒石蒜花色的测定 | 第39-42页 |
| ·花青素组成定性分析 | 第42-44页 |
| ·花青素组分定量分析 | 第44页 |
| ·花青素组成与花色参数关系 | 第44-46页 |
| ·彩度C*和亮度L*的关系 | 第44页 |
| ·亮度L*和花青素总量（TA）的关系 | 第44-46页 |
| ·红度a*和花青素总量（TA）的关系 | 第46页 |
| ·红度a*和辅助色素指数CI 之间的关系 | 第46页 |
| ·花青素组成与花色参数间的多元回归分析 | 第46页 |
| 3 讨论 | 第46-49页 |
| ·长筒石蒜花色的测定 | 第46-47页 |
| ·长筒石蒜花瓣的花青素组成 | 第47页 |
| ·花青素组成与长筒石蒜花色的关系 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-56页 |
| 第二章 长筒石蒜花色苷生物合成途径关键基因的克隆及功能鉴定 | 第56-137页 |
| 第一节 文献综述 | 第56-73页 |
| 1 花色苷 | 第57-59页 |
| ·花色苷的生理功能 | 第57-58页 |
| ·利于植物的繁殖 | 第57页 |
| ·提高光保护能力 | 第57页 |
| ·提高抗冻能力 | 第57-58页 |
| ·提高抗旱能力 | 第58页 |
| ·提高抗氧化能力 | 第58页 |
| ·影响花色苷生物合成的因素 | 第58-59页 |
| ·光诱导 | 第58页 |
| ·低温诱导 | 第58页 |
| ·渗透胁迫 | 第58-59页 |
| ·激素诱导 | 第59页 |
| ·其它因素 | 第59页 |
| 2 色素合成途径及相关基因 | 第59-70页 |
| ·类黄酮的生物合成 | 第59页 |
| ·花色苷的生物合成途径 | 第59-70页 |
| ·花色苷生物合成途径中的结构基因 | 第62-66页 |
| ·类黄酮和花色苷生物合成途径中多酶复合体的形成 | 第66-67页 |
| ·花色苷生物合成中的调节基因 | 第67-70页 |
| 3 植物基因克隆技术的的研究进展 | 第70-71页 |
| ·根据已知基因的序列克隆植物基因 | 第70页 |
| ·利用植物基因表达的产物蛋白质克隆基因 | 第70页 |
| ·基因标签法 | 第70-71页 |
| ·cDNA 末端快速扩增RACE（rapid amplification of cDNA end） | 第71页 |
| 4 研究花色的方法 | 第71-73页 |
| 第二节 长筒石蒜花色苷生物合成关键基因的克隆与序列分析 | 第73-106页 |
| 1 实验材料与方法 | 第73-75页 |
| ·植物材料 | 第73-74页 |
| ·菌株与载体 | 第74页 |
| ·试剂与试剂盒 | 第74页 |
| ·缓冲液、生化试剂和培养基 | 第74-75页 |
| ·仪器设备 | 第75页 |
| 2 实验方法 | 第75-86页 |
| ·总RNA 的提取 | 第75页 |
| ·DNA 酶处理纯化RNA | 第75-76页 |
| ·总RNA 的定量与完整性检测 | 第76页 |
| ·第一链cDNA 合成 | 第76-77页 |
| ·引物的设计 | 第77-78页 |
| ·CHS，F3H，F3’5’H，ANS，DFR 和FLS 基因的cDNA 全长扩增 | 第78-82页 |
| ·3’RACE 套式PCR | 第78-79页 |
| ·5’RACE 套式PCR | 第79-82页 |
| ·目的片段的回收和纯化 | 第82页 |
| ·片段与载体的连接、转化和测序 | 第82页 |
| ·连接产物的转化 | 第82-84页 |
| ·大肠杆菌活化 | 第82-83页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第83页 |
| ·连接产物的转化 | 第83页 |
| ·阳性克隆的鉴定 | 第83-84页 |
| ·长筒石蒜CHS，F3H，F3’5’H，ANS，DFR 和FLS 基因cDNA 全长的获得 | 第84页 |
| ·序列测定与分析 | 第84页 |
| ·基因组DNA 的大量提取 | 第84-85页 |
| ·基因组DNA 的酶切与转膜固定 | 第85-86页 |
| ·Southern 杂交(用GE Healthcare 公司的Amersham Gene Images Alkphos Direct Labeling and Detection System) | 第86页 |
| ·Cross-linker 工作液配制 | 第86页 |
| ·探针的制备与标记 | 第86页 |
| ·探针与尼龙膜的Southern 杂交和检测 | 第86页 |
| 3 结果与分析 | 第86-106页 |
| ·长筒石蒜ANS，CHS，DFR，F3H，F3’5’H 和FLS 基因的克隆 | 第86-88页 |
| ·长筒石蒜ANS，CHS，DFR，F3H，F3’5’H 和FLS 基因的序列分析 | 第88-104页 |
| ·LlANS 的序列与功能分析 | 第88-92页 |
| ·LlCHS 的序列与功能分析 | 第92-94页 |
| ·LlDFR 的序列与功能分析 | 第94-96页 |
| ·LlF3H 的序列与功能分析 | 第96-99页 |
| ·LlF3’5’H 的序列与功能分析 | 第99-101页 |
| ·LlFLS 的序列与功能分析 | 第101-104页 |
| ·长筒石蒜ANS，CHS，DFR，F3H，F3’5’H 和FLS 基因的Southern 杂交分析 | 第104-106页 |
| 第三节 长筒石蒜花色苷生物合成相关基因的表达分析 | 第106-117页 |
| 1 试验材料 | 第106-107页 |
| 2 实验方法 | 第107-108页 |
| ·RNA 提取 | 第107页 |
| ·cDNA 第一链的合成 | 第107页 |
| ·实时定量RT-PCR | 第107-108页 |
| 3 实验结果 | 第108-115页 |
| ·长筒石蒜花色苷合成关键基因在不同发育期的表达分析 | 第108-112页 |
| ·长筒石蒜ANS 基因在不同发育期的表达分析 | 第108-109页 |
| ·长筒石蒜CHS 基因在不同发育期的表达分析 | 第109-110页 |
| ·长筒石蒜DFR 基因在不同发育期的表达分析 | 第110页 |
| ·长筒石蒜F3H 基因在不同发育期的表达分析 | 第110-111页 |
| ·长筒石蒜F3'5'H 基因在不同发育期的表达分析 | 第111页 |
| ·长筒石蒜FLS 基因在不同发育期的表达分析 | 第111-112页 |
| ·长筒石蒜花色苷合成关键基因在不同花色中的组织表达特性分析 | 第112-115页 |
| ·LlANS 基因的组织表达特性 | 第112页 |
| ·LlCHS 基因的组织表达特性 | 第112-113页 |
| ·LlDFR 基因的组织表达特性 | 第113页 |
| ·LlF3H 基因的组织表达特性 | 第113-114页 |
| ·LlF3’5’H 基因的组织表达特性 | 第114页 |
| ·LlFLS 基因的组织表达特性 | 第114-115页 |
| 4 讨论 | 第115-117页 |
| 第四节 长筒石蒜花色苷生物合成相关基因LlANS、LlCHS、LlDFR 和LlF3'5'H 的功能验证 | 第117-130页 |
| 1 材料与方法 | 第118-124页 |
| ·试验材料 | 第118-119页 |
| ·植物材料 | 第118页 |
| ·菌株与载体 | 第118-119页 |
| ·试剂与试剂盒 | 第119页 |
| ·实验中所用引物 | 第119页 |
| ·矮牵牛转化基本培养基 | 第119页 |
| ·试验方法 | 第119-123页 |
| ·LlANS、LlCHS、LlDFR 和LlF3'5'H 基因的全长扩增 | 第119-120页 |
| ·D-TOPO PCR | 第120-121页 |
| ·pENTR/D-TOPO Cloning (BP reaction) | 第121页 |
| ·PCR 方向检测与测序 | 第121-122页 |
| ·Gateway 目的载体准备 | 第122页 |
| ·LR 反应(LR reaction) | 第122-123页 |
| ·农杆菌介导的矮牵牛遗传转化 | 第123-124页 |
| ·农杆菌感受态细胞的制备与转化 | 第123页 |
| ·叶盘法转化矮牵牛（Petunia hybrida） | 第123-124页 |
| ·矮牵牛阳性苗的PCR 筛选 | 第124页 |
| 2 实验结果 | 第124-128页 |
| ·长筒石蒜花色苷合成代谢相关基因表达载体构建 | 第124-126页 |
| ·BP 反应后阳性克隆检测 | 第124-125页 |
| ·LR 反应后阳性重组子检测 | 第125-126页 |
| ·转基因矮牵牛的初步检测和表型分析 | 第126-128页 |
| ·转基因植株的PCR 检测 | 第126页 |
| ·长筒石蒜 LlANS、LlCHS、LlDFR 和 LlF3'5'H 基因对转基因矮牵牛花色素合成的影响 | 第126-128页 |
| 3 讨论 | 第128-130页 |
| ·长筒石蒜花色苷合成代谢相关基因对转基因矮牵牛花色素合成的影响 | 第128-129页 |
| ·长筒石蒜花色苷合成的机制 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-137页 |
| 第三章 长筒石蒜花发育相关转录因子的分析 | 第137-164页 |
| 第一节 文献综述 | 第137-146页 |
| 1 转录因子概述 | 第137-138页 |
| 2 植物中的转录因子 | 第138-146页 |
| ·植物转录因子的结构与分类 | 第138-139页 |
| ·植物转录因子的结构 | 第138-139页 |
| ·植物转录因子的分类 | 第139页 |
| ·高等植物转录因子的功能 | 第139页 |
| ·植物转录因子数据库 | 第139-140页 |
| ·花发育相关转录因子 | 第140-146页 |
| ·MADS-box 基因家族 | 第140-142页 |
| ·SBP 基因家族 | 第142-143页 |
| ·MYB 蛋白基因家族 | 第143-144页 |
| ·MYC(bHLH)类转录因子 | 第144页 |
| ·NAC 基因家族 | 第144-145页 |
| ·TCP 基因家族 | 第145页 |
| ·AP2/EREBP 基因家族 | 第145-146页 |
| 第二节 长筒石蒜花发育相关转录因子 | 第146-159页 |
| 1 实验材料与方法 | 第146-147页 |
| ·实验材料 | 第146页 |
| ·实验方法 | 第146-147页 |
| ·长筒石蒜转录因子的预测及转录因子数据库的构建 | 第146-147页 |
| ·长筒石蒜转录因子的表达模式分析 | 第147页 |
| 2 实验结果 | 第147-156页 |
| ·长筒石蒜转录因子的预测 | 第147-150页 |
| ·长筒石蒜转录因子的表达模式分析 | 第150-156页 |
| ·长筒石蒜转录因子器官表达特异性分析 | 第150-153页 |
| ·长筒石蒜转录因子不同花发育阶段表达特性分析 | 第153-156页 |
| 3 讨论 | 第156-159页 |
| 参考文献 | 第159-164页 |
| 第四章 长筒石蒜EST-SSR 标记的开发和研究 | 第164-183页 |
| 第一节 文献综述 | 第164-171页 |
| 1 植物EST-SSR 标记及其研究进展 | 第164-170页 |
| ·表达序列标签Expressed Sequence Tags (ESTs) | 第164-165页 |
| ·微卫星Microsatellites | 第165页 |
| ·SSR 引物开发概述 | 第165-167页 |
| ·传统的SSR 标记开发策略 | 第166页 |
| ·富集法开发SSR 引物策略 | 第166-167页 |
| ·EST-SSR 标记概述 | 第167-170页 |
| ·EST-SSR 标记的开发策略 | 第167-168页 |
| ·EST-SSR 标记的特性 | 第168-170页 |
| ·EST-SSR 标记的应用开发 | 第170页 |
| 2 分子标记对石蒜属植物研究概况 | 第170-171页 |
| 第二节 长筒石蒜ESTs 序列中SSR 的信息分析 | 第171-176页 |
| 1 实验材料与方法 | 第171-172页 |
| ·实验材料 | 第171页 |
| ·长筒石蒜ESTs 序列处理 | 第171-172页 |
| ·长筒石蒜EST-SSR 的发掘 | 第172页 |
| 2 结果与分析 | 第172-174页 |
| ·长筒石蒜EST 序列信息 | 第172页 |
| ·长筒石蒜EST-SSR 频率 | 第172页 |
| ·长筒石蒜EST-SSR 的特性 | 第172-174页 |
| 3 讨论 | 第174-176页 |
| 第三节 长筒石蒜EST-SSR 标记的在资源分析中的应用 | 第176-180页 |
| 1 材料与方法 | 第176-177页 |
| ·植物材料与模板DNA 的提取 | 第176页 |
| ·长筒石蒜EST-SSR 引物的来源 | 第176页 |
| ·EST-SSR 的扩增与检测 | 第176-177页 |
| ·统计分析 | 第177页 |
| 2 结果与讨论 | 第177-180页 |
| ·长筒石蒜EST-SSR 引物的检测 | 第177页 |
| ·长筒石蒜EST-SSR 引物在长筒石蒜中的多态性分析 | 第177-180页 |
| 参考文献 | 第180-183页 |
| 第五章 不同倍性石蒜（L.radiata）基因组DNA 甲基化水平与MSAP 分析 | 第183-203页 |
| 第一节 文献综述 | 第183-188页 |
| 1 DNA 甲基化的机制 | 第184-185页 |
| 2 DNA 甲基化的生物学意义 | 第185-186页 |
| ·DNA 甲基化与基因表达调控 | 第185页 |
| ·DNA 甲基化在维持基因组的稳定性起重要作用 | 第185-186页 |
| 3 DNA 甲基化的研究方法 | 第186-188页 |
| ·基于亚硫酸氢盐的DNA 甲基化的分析技术 | 第186页 |
| ·不依赖亚硫酸氢盐处理的DNA 甲基化的分析技术 | 第186-187页 |
| ·色谱或电泳法 | 第186页 |
| ·Southern blotting 法 | 第186-187页 |
| ·MSAP 技术 | 第187-188页 |
| 第二节 不同倍性石蒜（2x、3x、4x）基因组DNA 甲基化水平与MSAP 分析 | 第188-200页 |
| 1 实验材料与方法 | 第188-189页 |
| ·实验材料 | 第188页 |
| ·主要试剂 | 第188-189页 |
| 2 试验方法 | 第189-193页 |
| ·总的DNA 的提取 | 第189-190页 |
| ·DNA 纯化 | 第190页 |
| ·DNA 含量纯度测定 | 第190页 |
| ·DNA 定量 | 第190-191页 |
| ·AFLP 模板DNA 制备 | 第191-193页 |
| ·限制性酶切及连接反应 | 第191页 |
| ·DNA 扩增反应 | 第191-192页 |
| ·变性聚丙烯酸胺凝胶电泳及银染 | 第192-193页 |
| ·MSAP 数据分析 | 第193页 |
| 3 实验结果 | 第193-197页 |
| ·不同倍性石蒜基因组DNA 甲基化水平 | 第193-196页 |
| ·不同倍性石蒜基因组DNA 甲基化模式的变化 | 第196-197页 |
| 4 讨论 | 第197-200页 |
| 参考文献 | 第200-203页 |
| 第六章 石蒜属植物基因组大小的变化 | 第203-214页 |
| 第一节 文献综述 | 第203-206页 |
| 1 基因组大小概述 | 第204-205页 |
| ·从“C 值悖论”(C-value paradox)到“C 值谜”(C-value enigma) | 第204页 |
| ·C 值的意义和应用 | 第204页 |
| ·C 值测定的主要方法 | 第204-205页 |
| 2 基因组大小与植物表型之间的关系 | 第205-206页 |
| 第二节 石蒜属植物基因组大小的测定 | 第206-211页 |
| 1 实验材料与方法 | 第206-207页 |
| ·实验材料 | 第206页 |
| ·实验方法 | 第206-207页 |
| ·样品的制备 | 第206页 |
| ·DNA 特异性染色 | 第206页 |
| ·流式细胞仪检测 | 第206页 |
| ·数据分析 | 第206-207页 |
| 2 实验结果与分析 | 第207-211页 |
| ·PI 染料荧光强度的改变 | 第207页 |
| ·石蒜属植物基因组大小 | 第207-208页 |
| ·石蒜属植物染色体与基因组大小之间的关系 | 第208-209页 |
| ·石蒜属植物的分类与进化 | 第209-211页 |
| 参考文献 | 第211-214页 |
| 全文结论、创新点和问题与展望 | 第214-216页 |
| 一、本研究的主要结论 | 第214-215页 |
| 二、主要创新点 | 第215页 |
| 三、问题与展望 | 第215-216页 |
| 致谢 | 第216-217页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表的论文 | 第217-218页 |
| 详细摘要 | 第218-224页 |
