| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| ·生物信息学 | 第10-11页 |
| ·基因芯片技术 | 第11-12页 |
| ·基因表达数据分析 | 第12-14页 |
| ·数据挖掘技术在生物信息学中的应用 | 第14-15页 |
| ·单核苷酸多态性——SNP | 第15-16页 |
| ·国内外研究现状 | 第16-18页 |
| ·本文所做工作及论文组织 | 第18-20页 |
| 第二章 基因表达数据常用聚类算法介绍及分析 | 第20-33页 |
| ·聚类定义 | 第20-21页 |
| ·常用聚类算法 | 第21-31页 |
| ·K—means算法 | 第21-22页 |
| ·自组织映射算法(SOM,Self Organizing Map) | 第22-24页 |
| ·模糊C均值聚类(FCM,Fuzzy C—Means) | 第24-25页 |
| ·K-邻近算法(KNN,k-Nearest Neighbor algorithm) | 第25-26页 |
| ·遗传算法(Genetic Algorithm) | 第26-27页 |
| ·粒子群算法(PSO,Partical Swarm Optimization) | 第27-28页 |
| ·支持向量机(SVM,Support Vector Machines) | 第28-31页 |
| ·实验与比较 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 序列比对及其算法 | 第33-50页 |
| ·序列比对相关概念 | 第33-41页 |
| ·序列比对定义 | 第33页 |
| ·序列比对的分类 | 第33-34页 |
| ·打分方案 | 第34-35页 |
| ·空位罚分及其策略 | 第35-36页 |
| ·相似替换矩阵 | 第36-39页 |
| ·目标函数 | 第39-41页 |
| ·双序列比对算法 | 第41-50页 |
| ·点阵法(Dot Matrix Method) | 第41-42页 |
| ·Needle-Wunsch算法 | 第42-44页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第44-45页 |
| ·FASTA算法 | 第45-47页 |
| ·BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)算法 | 第47-50页 |
| 第四章 系统设计方案及测试 | 第50-78页 |
| ·系统总体设计 | 第51-52页 |
| ·系统详细设计 | 第52-53页 |
| ·两个方案的详细设计步骤如下 | 第53-57页 |
| ·方案一 | 第53-56页 |
| ·方案二 | 第56-57页 |
| ·关键技术介绍 | 第57-63页 |
| ·使用MFC可视化界面操作,使软件更加人性化 | 第57-58页 |
| ·对C++标准库中的排序算法进行改进,提高运行速度 | 第58-60页 |
| ·使用多线程编程提高软件性能 | 第60-62页 |
| ·独立冗余磁盘阵列技术测试 | 第62-63页 |
| ·数据测试 | 第63-67页 |
| ·减并操作中位差值测试 | 第63-64页 |
| ·时间测试结果 | 第64页 |
| ·方案一测试 | 第64-66页 |
| ·方案二测试 | 第66-67页 |
| ·基于超算平台的算法改进及数据测试 | 第67-78页 |
| ·BLAST算法改进 | 第70-71页 |
| ·并行化算法的分析 | 第71-72页 |
| ·软件环境部署 | 第72-75页 |
| ·数据测试 | 第75-78页 |
| 第五章 系统实现 | 第78-85页 |
| ·数据导入 | 第79页 |
| ·参数设置 | 第79-80页 |
| ·搜索SNP | 第80-81页 |
| ·查看结果 | 第81-85页 |
| 第六章 结束语 | 第85-87页 |
| ·本文工作总结 | 第85-86页 |
| ·未来工作的展望 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-95页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第95-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
