| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第13-20页 |
| 1.1 植原体病害发生机制研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2 植物lncRNAs的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.3 研究的目的意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-31页 |
| 2.1 材料 | 第20-22页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第20页 |
| 2.1.2 菌株和载体 | 第20页 |
| 2.1.3 试剂 | 第20页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第20页 |
| 2.1.5 引物 | 第20-22页 |
| 2.2 方法 | 第22-31页 |
| 2.2.1 桑树叶片总RNA的提取 | 第22页 |
| 2.2.2 链特异转录组文库的构建与测序分析 | 第22-24页 |
| 2.2.2.1 总RNA样品检测 | 第22页 |
| 2.2.2.2 测序文库构建 | 第22-23页 |
| 2.2.2.3 测序文库的测序与数据处理 | 第23页 |
| 2.2.2.4 基因表达水平差异分析及功能注释 | 第23页 |
| 2.2.2.5 LncRNA基因的鉴定与筛选 | 第23页 |
| 2.2.2.6 LncRNA的靶基因预测 | 第23-24页 |
| 2.2.3 mRNA和 lncRNA的荧光定量PCR | 第24页 |
| 2.2.4 基因的克隆及序列分析 | 第24-26页 |
| 2.2.4.1 基因的PCR扩增 | 第24-25页 |
| 2.2.4.2 目的片段的回收 | 第25页 |
| 2.2.4.3 目的片段与克隆载体的连接 | 第25-26页 |
| 2.2.4.4 连接产物转化DH5α | 第26页 |
| 2.2.4.5 阳性质粒鉴定和测序 | 第26页 |
| 2.2.4.6 基因生物信息学分析 | 第26页 |
| 2.2.5 基因植物表达载体的构建 | 第26-27页 |
| 2.2.5.1 阳性质粒的提取 | 第26页 |
| 2.2.5.2 植物表达载体的构建 | 第26-27页 |
| 2.2.6 转基因拟南芥的获得 | 第27-28页 |
| 2.2.6.1 农杆菌的转化 | 第27-28页 |
| 2.2.6.2 拟南芥的侵染 | 第28页 |
| 2.2.7 转基因拟南芥筛选和鉴定 | 第28页 |
| 2.2.7.1 转基因植株筛选 | 第28页 |
| 2.2.7.2 转基因植株的鉴定 | 第28页 |
| 2.2.8 拟南芥的杂交和杂交苗的鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.9 转基因植株的抗病性分析 | 第29页 |
| 2.2.9.1 植株接种丁香假单胞菌番茄致病变种(Pst.DC3000)处理 | 第29页 |
| 2.2.9.2 Pst.DC3000 cfu值测定 | 第29页 |
| 2.2.10 启动子克隆及信息学分析 | 第29-30页 |
| 2.2.10.1 启动子克隆 | 第29页 |
| 2.2.10.2 启动子序列分析 | 第29-30页 |
| 2.2.11 启动子植物表达载体构建及农杆菌转化 | 第30页 |
| 2.2.12 启动子的诱导表达特性 | 第30页 |
| 2.2.13 Mul-LRRlncRNA基因和Mul-LRRmRNA基因的诱导表达分析 | 第30-31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-68页 |
| 3.1 桑树叶片的转录组分析 | 第31-42页 |
| 3.1.1 转录组测序的质量评估 | 第31-32页 |
| 3.1.2 Denovo组装 | 第32-33页 |
| 3.1.3 Unigene的功能注释 | 第33-34页 |
| 3.1.4 转录本的GO功能分析 | 第34-35页 |
| 3.1.5 转录本的CDS预测 | 第35-36页 |
| 3.1.6 Unigene的 TF编码能力预测 | 第36-37页 |
| 3.1.7 转录组差异表达分析 | 第37-41页 |
| 3.1.8 差异表达基因GO功能分析 | 第41-42页 |
| 3.2 桑树响应植原体侵染的lncRNA的表达谱分析 | 第42-46页 |
| 3.2.1 LncRNAs的预测 | 第42-43页 |
| 3.2.2 LncRNAs的表达差异分析 | 第43-44页 |
| 3.2.3 lncRNA的靶基因预测 | 第44-46页 |
| 3.3 基因的表达差异显著性验证 | 第46-47页 |
| 3.4 Mul-LRR-AS的功能和作用机制分析 | 第47-58页 |
| 3.4.1 Mul-LRR-AS基因的克隆 | 第48页 |
| 3.4.2 Mul-LRR-AS基因植物表达载体的构建 | 第48-49页 |
| 3.4.3 转Mul-LRR-AS基因拟南芥的获得 | 第49-50页 |
| 3.4.4 Mul-LRR-AS对 Mul-LRR基因表达的调控作用分析 | 第50-58页 |
| 3.4.4.1 Mul-LRR基因的克隆及生物信息学分析 | 第50-53页 |
| 3.4.4.2 Mul-LRR的同源比较及其进化分析 | 第53-54页 |
| 3.4.4.3 Mul-LRR基因植物表达载体的构建 | 第54-55页 |
| 3.4.4.4 转Mul-LRR基因拟南芥的获得 | 第55页 |
| 3.4.4.5 转Mul-LRR基因拟南芥表型分析 | 第55-56页 |
| 3.4.4.6 转Mul-LRR基因拟南芥对Pst.DC3000 的抗性分析 | 第56-57页 |
| 3.4.4.7 Mul-LRR-AS基因对Mul-LRR基因的表达调控作用分析 | 第57-58页 |
| 3.5 Mul-LRR基因和Mul-LRR-AS基因启动子的表达特性分析 | 第58-68页 |
| 3.5.1 Mul-LRR基因和Mul-LRR-AS基因启动子的克隆 | 第58-59页 |
| 3.5.2 Mul-LRR-AS和 Mul-LRR基因的启动子的生物信息学分析 | 第59-64页 |
| 3.5.3 pMul-LRR-AS和 pMul-LRR植物表达载体的构建 | 第64-65页 |
| 3.5.4 pMul-LRR和 pMul-LRR-AS的诱导表达活性分析 | 第65-66页 |
| 3.5.5 Mul-LRR和 Mul-LRR-AS基因的诱导表达特性分析 | 第66-68页 |
| 4 讨论 | 第68-72页 |
| 4.1 Mul-LRR-AS的功能及作用机制 | 第68-69页 |
| 4.2 lncRNAs在桑树响应植原体侵染过程中的功能研究 | 第69-72页 |
| 5 结论 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 攻读学位期间发表的论文及成果 | 第82页 |
