| 英文缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 综述 | 第12-20页 |
| 1.1 研究背景 | 第12页 |
| 1.2 繁殖相关QTL研究 | 第12-13页 |
| 1.3 结构变异 | 第13-17页 |
| 1.3.1 结构变异类型 | 第14页 |
| 1.3.2 结构变异形成机制 | 第14-16页 |
| 1.3.3 结构变异研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 地方猪种简介 | 第17-19页 |
| 1.4.1 香猪 | 第17页 |
| 1.4.2 黔北黑猪 | 第17-18页 |
| 1.4.3 江口萝卜猪 | 第18页 |
| 1.4.4 柯乐猪 | 第18-19页 |
| 1.5 目的及意义 | 第19-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-37页 |
| 2.1 实验材料与仪器试剂 | 第20-23页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第20-21页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第21-22页 |
| 2.1.4 主要试剂配置 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-37页 |
| 2.2.1 DNA及RNA的提取与检测 | 第23-26页 |
| 2.2.2 RNA反转录为cDNA | 第26-27页 |
| 2.2.3 IlluminaHiseq2000全基因组重测序及数据分析 | 第27-28页 |
| 2.2.4 结构变异位点分型引物设计 | 第28-29页 |
| 2.2.5 PCR反应体系及程序 | 第29页 |
| 2.2.6 目的片段的克隆与测序 | 第29-33页 |
| 2.2.7 PCR检测变异位点在不同猪种中的基因分布 | 第33页 |
| 2.2.8 变异位点的生物信息学分析 | 第33-34页 |
| 2.2.9 香猪不同基因型外显子扩增 | 第34-35页 |
| 2.2.10 香猪DI杂合型个体等位基因差异表达分析 | 第35页 |
| 2.2.11 香猪2种纯合型样本基因相对表达量分析 | 第35-37页 |
| 第三章 结果与分析 | 第37-82页 |
| 3.1 DNA和RNA提取检测 | 第37页 |
| 3.2 香猪8号染色体结构变异分析 | 第37-39页 |
| 3.3 结构变异DKK2-I_1-sv91位点 | 第39-44页 |
| 3.3.1 结构变异位点DKK2-I_1-sv91测定 | 第39页 |
| 3.3.2 香猪高、低产群体中DKK2-I_1-sv91位点基因型分布 | 第39-40页 |
| 3.3.3 香猪DKK2-I_1-sv91位点基因型与产仔数的差异分析 | 第40-41页 |
| 3.3.4 5个猪品种DKK2-I_1-sv91位点基因型分布 | 第41页 |
| 3.3.5 结构变异区间生物信息学分析 | 第41-42页 |
| 3.3.6 DKK2-I_1-sv91位点邻近外显子扩增 | 第42-44页 |
| 3.4 结构变异FSTL5-I_2-sv477位点 | 第44-50页 |
| 3.4.1 结构变异位点FSTL5-I_2-sv477测定 | 第44-45页 |
| 3.4.2 香猪高、低产群体中FSTL5-I_2-sv477位点基因型分布 | 第45页 |
| 3.4.3 香猪FSTL5-I_2-sv477位点基因型与产仔数的差异分析 | 第45-46页 |
| 3.4.4 5个猪品种FSTL5-I_2-sv477位点基因型分布 | 第46-47页 |
| 3.4.5 结构变异区间生物信息学分析 | 第47-48页 |
| 3.4.6 FSTL5-I_2-sv477位点邻近外显子扩增 | 第48-50页 |
| 3.5 结构变异LCORL-I_4-sv426位点 | 第50-54页 |
| 3.5.1 结构变异位点LCORL-I_4-sv426测定 | 第50-51页 |
| 3.5.2 香猪高、低产群体中LCORL-I_4-sv426位点基因型分布 | 第51页 |
| 3.5.3 5个猪品种LCORL-I_4-sv426位点基因型分布 | 第51-52页 |
| 3.5.4 结构变异区间生物信息学分析 | 第52-53页 |
| 3.5.5 LCORL-I_4-sv426位点邻近外显子扩增 | 第53-54页 |
| 3.6 结构变异STPG2-I_6-sv295位点 | 第54-59页 |
| 3.6.1 STPG2-I_6-sv295位点测定 | 第54-55页 |
| 3.6.2 香猪高、低产群体中STPG2-I_6-sv295位点基因型分布 | 第55-56页 |
| 3.6.3 5个猪品种STPG2-I_6-sv295位点基因型分布 | 第56页 |
| 3.6.4 结构变异区间生物信息学分析 | 第56-57页 |
| 3.6.5 STPG2-I_6-sv295/STPG2-I_6-sv274位点邻近外显子扩增 | 第57-59页 |
| 3.7 结构变异STPG2-I_6-sv274位点 | 第59-62页 |
| 3.7.1 STPG2-I_6-sv274位点测定 | 第59-60页 |
| 3.7.2 香猪高、低产群体中STPG2-I_6-sv274位点基因型分布 | 第60-61页 |
| 3.7.3 5个猪品种STPG2-I_6-sv274位点基因型分布 | 第61页 |
| 3.7.4 结构变异区间生物信息学分析 | 第61-62页 |
| 3.8 结构变异MAN2B2-I_3-sv100位点 | 第62-68页 |
| 3.8.1 MAN2B2-I_3-sv100位点测定 | 第62-63页 |
| 3.8.2 香猪高、低产群体中MAN2B2-I_3-sv100位点基因型分布 | 第63页 |
| 3.8.3 香猪MAN2B2-I_3-sv100位点基因型与产仔数的差异分析 | 第63-64页 |
| 3.8.4 5个猪品种MAN2B2-I_3-sv100位点基因型分布 | 第64页 |
| 3.8.5 结构变异区间生物信息学分析 | 第64-65页 |
| 3.8.6 MAN2B2-I_3-sv100位点邻近外显子扩增 | 第65-68页 |
| 3.9 结构变异NELFA-I_1-sv40位点 | 第68-73页 |
| 3.9.1 NELFA-I_1-sv40位点测定 | 第68页 |
| 3.9.2 香猪高、低产群体中NELFA-I_1-sv40位点基因型分布 | 第68-69页 |
| 3.9.3 香猪NELFA-I_1-sv40位点基因型与产仔数的差异分析 | 第69页 |
| 3.9.4 5个猪品种NELFA-I_1-sv40位点基因型分布 | 第69-70页 |
| 3.9.5 结构变异区间生物信息学分析 | 第70页 |
| 3.9.6 NELFA-I_1-sv40位点邻近外显子扩增 | 第70-73页 |
| 3.10 结构变异NSUN7-I_1-sv283位点 | 第73-77页 |
| 3.10.1 NSUN7-I_1-sv283位点测定 | 第73页 |
| 3.10.2 香猪高、低产群体中NSUN7-I_1-sv283位点基因型分布 | 第73-74页 |
| 3.10.3 5个猪品种NSUN7-I_1-sv283位点基因型分布 | 第74页 |
| 3.10.4 结构变异区间生物信息学分析 | 第74-76页 |
| 3.10.5 NSUN7-I_1-sv283位点邻近外显子扩增 | 第76-77页 |
| 3.11 香猪DI杂合型个体等位基因差异表达分析 | 第77-80页 |
| 3.11.1 DKK2-I_1-sv91位点 | 第78页 |
| 3.11.2 LCORL-I_4-sv426位点 | 第78-79页 |
| 3.11.3 STPG2-I_6-sv295位点 | 第79页 |
| 3.11.4 MAN2B2-I_3-sv100位点 | 第79-80页 |
| 3.12 DKK2/LCORL基因两种基因型相对表达量差异分析 | 第80-82页 |
| 第四章 讨论 | 第82-88页 |
| 4.1 DKK2-I_1-sv91位点 | 第82-83页 |
| 4.2 FSTL5-I_2-sv477位点 | 第83-84页 |
| 4.3 LCORL-I_4-sv426位点 | 第84页 |
| 4.4 STPG2-I_6-sv295/STPG2-I_6-sv274位点 | 第84-85页 |
| 4.5 MAN2B2-I_3-sv100位点 | 第85-86页 |
| 4.6 NELFA-I_1-sv40位点 | 第86页 |
| 4.7 NSUN7-I_1-sv283位点 | 第86-88页 |
| 第五章 结论 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 附录 | 第97-110页 |
