| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-31页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 根系微生物 | 第12-20页 |
| 1.2.1 土壤—根界面不同的微生物生境 | 第12-14页 |
| 1.2.2 根系微生物的群落组成和多样性 | 第14-15页 |
| 1.2.3 根系微生物在植物生长发育中的重要作用 | 第15-17页 |
| 1.2.4 影响根系微生物群落组成的因素 | 第17-20页 |
| 1.3 微生物生物地理 | 第20-26页 |
| 1.3.1 微生物的时间和空间分布 | 第21-22页 |
| 1.3.2 微生物生物地理分布的形成机制 | 第22-26页 |
| 1.4 共发生网络 | 第26-29页 |
| 1.4.1 微生物共发生网络的构建方法 | 第26-27页 |
| 1.4.2 微生物共发生网络的应用 | 第27-29页 |
| 1.5 本研究立题依据和研究意义 | 第29-31页 |
| 第二章 大豆根系细菌的生物地理分布 | 第31-49页 |
| 2.1 引言 | 第31页 |
| 2.2 材料和方法 | 第31-35页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第31-32页 |
| 2.2.2 环境因素的获取 | 第32-33页 |
| 2.2.3 根际和根样品收集 | 第33页 |
| 2.2.4 DNA提取、测序和分析 | 第33-34页 |
| 2.2.5 统计分析 | 第34-35页 |
| 2.3 研究结果 | 第35-45页 |
| 2.3.1 环境因子之间的相关性 | 第35-36页 |
| 2.3.2 细菌群落的多样性、组成和结构 | 第36-39页 |
| 2.3.3 影响细菌群落α多样性的环境因素 | 第39-42页 |
| 2.3.4 影响细菌群落组成空间变化的生态因素 | 第42-45页 |
| 2.3.5 局域细菌群落的构建机制 | 第45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-48页 |
| 2.4.1 土壤、根际和根内不同的细菌群落组成和多样性 | 第46页 |
| 2.4.2 细菌群落在三个部位不同的生物地理格局 | 第46-47页 |
| 2.4.3 决定局域群落组成的生态过程 | 第47-48页 |
| 2.5 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 根瘤内根瘤菌和非根瘤菌的生物地理分布 | 第49-64页 |
| 3.1 引言 | 第49-50页 |
| 3.2 材料和方法 | 第50-51页 |
| 3.2.1 数据前处理 | 第50页 |
| 3.2.2 网络分析 | 第50页 |
| 3.2.3 统计分析 | 第50-51页 |
| 3.3 研究结果 | 第51-61页 |
| 3.3.1 根瘤菌和非根瘤菌内生菌的群落组成 | 第51-53页 |
| 3.3.2 细菌群落组成的空间变化 | 第53-56页 |
| 3.3.3 影响细菌群落组成空间变化的生态因素 | 第56-58页 |
| 3.3.4 核心OTU与环境因子之间的相关性 | 第58-60页 |
| 3.3.5 根瘤内细菌的共发生模式 | 第60-61页 |
| 3.4 讨论 | 第61-63页 |
| 3.4.1 根瘤内生菌的群落组成和多样性 | 第61页 |
| 3.4.2 根瘤菌和非根瘤菌内生菌不同的生物地理模式 | 第61-63页 |
| 3.4.3 根瘤菌和NRE在共发生网络中自成模块 | 第63页 |
| 3.5 小结 | 第63-64页 |
| 第四章 土壤和大豆根际的微生物共发生模式 | 第64-84页 |
| 4.1 引言 | 第64-65页 |
| 4.2 材料和方法 | 第65-67页 |
| 4.2.1 数据获得 | 第65页 |
| 4.2.2 共发生网络构建 | 第65-66页 |
| 4.2.3 统计分析 | 第66-67页 |
| 4.3 研究结果 | 第67-80页 |
| 4.3.1 数据描述 | 第67页 |
| 4.3.2 土壤和根际微生物共发生网络的主要特征 | 第67-72页 |
| 4.3.3 微生物共发生网络的结构和组成 | 第72-74页 |
| 4.3.4 网络的模块性 | 第74-77页 |
| 4.3.5 网络拓扑属性的地理分布 | 第77-79页 |
| 4.3.6 序列标准化方法对微生物共发生网络的影响 | 第79-80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-83页 |
| 4.4.1 土壤和根际微生物的共发生模式 | 第81-82页 |
| 4.4.2 网络拓扑属性的地理分布及其影响因素 | 第82-83页 |
| 4.4.3 数据标准化方法影响微生物共发生网络 | 第83页 |
| 4.5 小结 | 第83-84页 |
| 第五章 土壤和根际固氮微生物的生物地理分布和共发生模式 | 第84-104页 |
| 5.1 引言 | 第84-85页 |
| 5.2 材料和方法 | 第85-86页 |
| 5.2.1 nifH基因扩增、测序和分析 | 第85页 |
| 5.2.2 统计分析 | 第85页 |
| 5.2.3 网络构建和分析 | 第85-86页 |
| 5.3 研究结果 | 第86-101页 |
| 5.3.1 固氮微生物群落的多样性、结构和组成 | 第86-90页 |
| 5.3.2 影响固氮微生物群落组成的因素 | 第90-93页 |
| 5.3.3 共发生网络分析 | 第93-101页 |
| 5.4 讨论 | 第101-103页 |
| 5.4.1 大豆根际固氮微生物群落组成 | 第101页 |
| 5.4.2 土壤和大豆根际固氮微生物不同的生物地理分布 | 第101-102页 |
| 5.4.3 土壤和大豆根际不同的固氮微生物共发生模式 | 第102-103页 |
| 5.5 小结 | 第103-104页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第104-106页 |
| 6.1 结论 | 第104-105页 |
| 6.2 创新点 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-124页 |
| 附录 | 第124-127页 |
| 缩略词 | 第127-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 作者简介 | 第129页 |
