动物poly(A)位点的全基因组提取流程及其应用
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第11-18页 |
| 1.1.1 基因的表达以及调控 | 第11-14页 |
| 1.1.2 选择性多聚腺苷酸化 | 第14-16页 |
| 1.1.3 测序技术的发展历史 | 第16-18页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第18-21页 |
| 1.2.1 Poly(A)位点提取的现状 | 第18-20页 |
| 1.2.2 动物胚胎发育研究现状 | 第20-21页 |
| 1.2.3 动物性别差异研究现状 | 第21页 |
| 1.3 本文内容与结构 | 第21-23页 |
| 第二章 POLY(A)位点的全基因组提取流程 | 第23-35页 |
| 2.1 Poly(A)位点提取思路 | 第23-24页 |
| 2.2 测序数据预处理 | 第24-26页 |
| 2.2.1 质量控制 | 第25-26页 |
| 2.2.2 去除T尾 | 第26页 |
| 2.3 序列比对至基因组 | 第26-28页 |
| 2.4 位点的识别和聚类 | 第28-30页 |
| 2.4.1 Poly(A)位点的识别 | 第28-29页 |
| 2.4.2 基于位点距离聚类 | 第29-30页 |
| 2.5 Poly(A)位点的注释 | 第30-35页 |
| 2.5.1 位点与基因的位置 | 第31-33页 |
| 2.5.2 位点上游信号分布 | 第33页 |
| 2.5.3 位点是否处于ARS | 第33-35页 |
| 第三章 实现过程 | 第35-45页 |
| 3.1 数据来源与数据特点 | 第35-37页 |
| 3.2 实现环境与所需配置 | 第37-38页 |
| 3.3 测序数据预处理实现 | 第38-39页 |
| 3.4 获取高质量比对结果 | 第39-40页 |
| 3.5 位点识别与聚类实现 | 第40页 |
| 3.6 Poly(A)位点注释实现 | 第40-45页 |
| 第四章 结果分析与讨论 | 第45-55页 |
| 4.1 动物胚胎发育阶段的位点分析 | 第45-50页 |
| 4.2 不同性别的位点差异使用分析 | 第50-52页 |
| 4.3 不同动物对位点利用的共同点 | 第52-53页 |
| 4.4 该poly(A)位点提取流程的特点 | 第53-55页 |
| 第五章 总结与展望 | 第55-58页 |
| 5.1 总结 | 第55-56页 |
| 5.2 展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 附录 | 第65-66页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文和参与项目 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
