银杏线粒体基因组研究
| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 前言 | 第9-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-16页 |
| 1.1 银杏研究概述 | 第10-11页 |
| 1.1.1 银杏的起源和演化 | 第10页 |
| 1.1.2 银杏的生态习性 | 第10页 |
| 1.1.3 银杏的主要次生代谢产物 | 第10-11页 |
| 1.2 植物线粒体基因组研究 | 第11-13页 |
| 1.2.1 植物线粒体基因组的结构和特点 | 第11-12页 |
| 1.2.2 植物线粒体基因组的差异 | 第12-13页 |
| 1.3 高通量测序发展进程 | 第13-14页 |
| 1.4 植物线粒体基因组组装 | 第14页 |
| 1.5 植物线粒体基因组注释与分析 | 第14-16页 |
| 2 材料与方法 | 第16-24页 |
| 2.1 技术路线 | 第16页 |
| 2.2 银杏全基因组测序 | 第16-17页 |
| 2.2.1 总DNA提取 | 第16页 |
| 2.2.2 DNA测序 | 第16-17页 |
| 2.3 银杏线粒体基因组组装 | 第17-21页 |
| 2.3.1 组装过程 | 第17页 |
| 2.3.2 补全过程 | 第17-21页 |
| 2.4 银杏线粒体基因组注释与分析 | 第21-24页 |
| 2.4.1 碱基组成分析 | 第21页 |
| 2.4.2 功能基因注释 | 第21页 |
| 2.4.3 重复序列分析 | 第21-22页 |
| 2.4.4 RNA编辑预测 | 第22页 |
| 2.4.5 系统进化分析 | 第22页 |
| 2.4.6 与其它植物的比较分析 | 第22-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-53页 |
| 3.1 银杏全基因组测序数据 | 第24页 |
| 3.2 银杏线粒体基因组组装数据 | 第24-27页 |
| 3.2.1 组装结果 | 第24页 |
| 3.2.2 补全结果 | 第24-27页 |
| 3.3 银杏线粒体基因组生物信息学分析 | 第27-46页 |
| 3.3.1 基本特征 | 第27-34页 |
| 3.3.2 重复序列 | 第34-38页 |
| 3.3.3 RNA编辑 | 第38-42页 |
| 3.3.4 进化树分析 | 第42-46页 |
| 3.4 多种植物线粒体基因组比较分析 | 第46-53页 |
| 3.4.1 基因组大小比较 | 第47-48页 |
| 3.4.2 GC含量比较 | 第48-49页 |
| 3.4.3 蛋白编码基因比较 | 第49-50页 |
| 3.4.4 RNA基因比较 | 第50-51页 |
| 3.4.5 重复序列比较 | 第51-52页 |
| 3.4.6 叶绿体到线粒体的序列迁移 | 第52-53页 |
| 4 讨论与结论 | 第53-59页 |
| 4.1 讨论 | 第53-57页 |
| 4.1.1 银杏线粒体基因组的组分 | 第53-55页 |
| 4.1.2 银杏线粒体基因组的结构 | 第55-56页 |
| 4.1.3 银杏的进化地位 | 第56-57页 |
| 4.2 结论 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 附录1 | 第66-73页 |
| 附录2 | 第73-78页 |
