| 中文摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-10页 |
| 中英文缩略词对照表 | 第15-17页 |
| 第1章 文献综述 | 第17-35页 |
| 1.1 氧化应激与心血管疾病 | 第17-23页 |
| 1.1.1 概述 | 第17-18页 |
| 1.1.2 ROS损伤血管内皮功能 | 第18-19页 |
| 1.1.3 ROS诱导炎性反应 | 第19-20页 |
| 1.1.4 ROS氧化低密度脂蛋白 | 第20页 |
| 1.1.5 与氧化应激相关的信号通路 | 第20-23页 |
| 1.2 黄酮类化合物的研究进展 | 第23-28页 |
| 1.2.1 黄酮类化合物抗氧化作用机制及研究进展 | 第23-25页 |
| 1.2.2 黄酮类化合物抗心脑血管疾病的作用机制及研究进展 | 第25-27页 |
| 1.2.3 鼠李素的生物学活性研究 | 第27-28页 |
| 1.3 转录组测序技术的发展及应用 | 第28-33页 |
| 1.3.1 转录组测序技术概述 | 第28-29页 |
| 1.3.2 转录组测序技术的原理 | 第29-30页 |
| 1.3.3 转录组测序技术的优势 | 第30-31页 |
| 1.3.4 测序技术的发展 | 第31-32页 |
| 1.3.5 RNA-seq的主要应用 | 第32-33页 |
| 1.3.6 RNA-seq的研究与展望 | 第33页 |
| 1.4 生物信息学发展的意义 | 第33-35页 |
| 第2章 使用RNA-SEQ数据分析鼠李素在心肌氧化应激损伤中的保护作用及机制 | 第35-55页 |
| 2.1 引言 | 第35-36页 |
| 2.2 材料与方法 | 第36-37页 |
| 2.2.1 细胞株 | 第36页 |
| 2.2.2 实验试剂 | 第36页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第36-37页 |
| 2.3 溶液配制 | 第37-38页 |
| 2.3.1 高糖DMEM培养基的配制 | 第37页 |
| 2.3.2 0.25%胰蛋白酶的配制 | 第37页 |
| 2.3.3 鼠李素溶液的配制 | 第37页 |
| 2.3.4 H2O2溶液的配制 | 第37-38页 |
| 2.4 试验方法与操作步骤 | 第38-40页 |
| 2.4.1 细胞传代 | 第38页 |
| 2.4.2 细胞冻存 | 第38页 |
| 2.4.3 细胞复苏 | 第38页 |
| 2.4.4 预实验 | 第38-39页 |
| 2.4.5 测序样本分组及预处理 | 第39页 |
| 2.4.6 总RNA的提取 | 第39页 |
| 2.4.7 RNA的质量检查 | 第39-40页 |
| 2.5 测序分析 | 第40-43页 |
| 2.5.1 建立cDNA文库,测序 | 第40-41页 |
| 2.5.2 测序质量评估 | 第41页 |
| 2.5.3 数据处理 | 第41-42页 |
| 2.5.4 差异基因表达分析 | 第42页 |
| 2.5.5 差异表达基因的富集分析 | 第42页 |
| 2.5.6 差异表达基因的PPI网络构建和子网络挖掘 | 第42-43页 |
| 2.6 结果 | 第43-52页 |
| 2.6.1 RNA质量控制 | 第43页 |
| 2.6.2 测序质量评估 | 第43-46页 |
| 2.6.3 差异基因表达分析 | 第46-47页 |
| 2.6.4 差异表达基因的富集分析 | 第47-49页 |
| 2.6.5 差异表达基因的PPI网络构建和子网络挖掘 | 第49-52页 |
| 2.7 讨论 | 第52-53页 |
| 2.8 结论与创新点 | 第53-55页 |
| 第3章 心肌细胞测序数据深度挖掘分析 | 第55-81页 |
| 3.1 引言 | 第55-56页 |
| 3.2 数据与方法 | 第56-58页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第56页 |
| 3.2.2 基因的调控miRNA预测 | 第56页 |
| 3.2.3 miRNA和基因富集通路分析 | 第56页 |
| 3.2.4 miRNA-gene调控网络构建 | 第56页 |
| 3.2.5 miRNA-lncRNA调控关系预测 | 第56-57页 |
| 3.2.6 ceRNA网络构建 | 第57页 |
| 3.2.7 ceRNA网络中差异基因的GO-BP功能和KEGG富集 | 第57页 |
| 3.2.8 TF-gene调控关系预测及网络构建 | 第57页 |
| 3.2.9 miRNA-TF-gene调控网络构建 | 第57页 |
| 3.2.10 miRNA-TF-gene调控网络中差异基因的GO-BP功能和KEGG富集 | 第57-58页 |
| 3.2.11 Drug-gene互作关系预测及网络构建 | 第58页 |
| 3.3 结果 | 第58-76页 |
| 3.3.1 差异基因列表 | 第58-59页 |
| 3.3.2 基因的调控miRNA预测结果 | 第59页 |
| 3.3.3 miRNA和基因富集通路分析结果 | 第59-61页 |
| 3.3.4 miRNA-gene调控网络构建结果 | 第61-62页 |
| 3.3.5 miRNA-lncRNA调控关系预测结果 | 第62-63页 |
| 3.3.6 ceRNA网络构建结果 | 第63-65页 |
| 3.3.7 ceRNA网络中差异基因的GO-BP功能和KEGG通路富集结果 | 第65-67页 |
| 3.3.8 TF-gene调控关系预测及网络构建结果 | 第67-69页 |
| 3.3.9 miRNA-TF-gene调控网络构建结果 | 第69-71页 |
| 3.3.10 miRNA-TF-gene调控网络中差异基因的GO-BP功能和KEGG富集结果 | 第71-73页 |
| 3.3.11 Drug-gene互作关系预测及网络构建结果 | 第73-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-78页 |
| 3.5 结论与创新点 | 第78-81页 |
| 第4章 生信分析结果验证 | 第81-91页 |
| 4.1 引言 | 第81页 |
| 4.2 材料与方法 | 第81-85页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第81页 |
| 4.2.2 仪器与试剂 | 第81-82页 |
| 4.2.3 细胞培养 | 第82页 |
| 4.2.4 细胞铺板 | 第82-83页 |
| 4.2.5 细胞分组处理 | 第83页 |
| 4.2.6 RNA提取 | 第83页 |
| 4.2.7 RT-PCR实验 | 第83-85页 |
| 4.2.8 统计分析 | 第85页 |
| 4.3 结果 | 第85-88页 |
| 4.4 讨论 | 第88-89页 |
| 4.5 结论与创新点 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-109页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
