| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 综述 | 第10-26页 |
| 1 水稻白叶枯病菌 | 第10-11页 |
| ·水稻白叶枯病菌生物学性状 | 第10页 |
| ·水稻白叶枯病的危害 | 第10-11页 |
| 2 插入序列(IS) | 第11页 |
| 3 IS的命名与分类 | 第11-12页 |
| ·IS的命名 | 第11-12页 |
| ·IS的分类 | 第12页 |
| 4 IS在水稻白叶枯病菌中的重要性 | 第12-15页 |
| ·水稻白叶枯病菌全基因组序列的测定 | 第12-14页 |
| ·IS在防治水稻白叶枯病的重要性 | 第14-15页 |
| 5 常用分析IS拷贝数、扩增旁侧基因组序列的方法 | 第15-23页 |
| ·定性PCR技术 | 第15-19页 |
| ·反向PCR | 第15-16页 |
| ·交错式热不对称PCR | 第16-17页 |
| ·Rep-PCR和IS-PCR | 第17-18页 |
| ·基因组步移 | 第18-19页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第19-21页 |
| ·实时荧光定量PCR的发展 | 第19页 |
| ·TaqMan实时荧光定量PCR法 | 第19-21页 |
| ·实时荧光定量PCR的优点及局限 | 第21页 |
| ·RFLP技术 | 第21-22页 |
| ·Southern印迹杂交 | 第22页 |
| ·毛细管电泳法 | 第22-23页 |
| ·荧光原位杂交技术 | 第23页 |
| 6 小结 | 第23-24页 |
| 7 研究的目的意义与主要研究内容 | 第24-26页 |
| ·研究的目的与意义 | 第24页 |
| ·主要研究内容 | 第24-26页 |
| 第二章 不同菌株中IS1112、IS1113靶标位点特征分析 | 第26-41页 |
| 1 材料与方法 | 第27-31页 |
| ·实验材料 | 第27页 |
| ·培养基和溶液的配制 | 第27页 |
| ·菌株DNA的提取 | 第27-28页 |
| ·构建IS-旁侧序列的DNA文库 | 第28页 |
| ·引物设计 | 第28-29页 |
| ·旁侧位点的扩增 | 第29-30页 |
| ·PCR反应体系 | 第29页 |
| ·PCR反应条件 | 第29页 |
| ·PCR产物回收 | 第29-30页 |
| ·序列的克隆与鉴定 | 第30-31页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第30页 |
| ·与pMD18-T载体连接 | 第30页 |
| ·细菌的转化 | 第30-31页 |
| ·重组质粒鉴定 | 第31页 |
| ·序列的测定及数据分析 | 第31页 |
| 2 实验结果 | 第31-34页 |
| ·靶标位点的差异 | 第31-33页 |
| ·差异性片段序列分析 | 第33-34页 |
| 3 MAFF、KACC、PX099~A中IS1112、IS1113的差异 | 第34-39页 |
| ·MAFF、KACC、PX099~A的基因组差异 | 第34-35页 |
| ·MAFF、KACC、PX099~A靶标位点的分析 | 第35-38页 |
| ·MAFF、KACC、PX099~A靶标位点序列保守性分析 | 第38-39页 |
| 4 讨论 | 第39-41页 |
| 第三章 IS1112、IS1113的拷贝数定量分析 | 第41-51页 |
| 1 实验材料 | 第41-42页 |
| ·供试菌株 | 第41-42页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第42页 |
| 2 实验方法 | 第42-46页 |
| ·菌株基因组DNA提取 | 第42页 |
| ·标准质粒构建 | 第42-44页 |
| ·IS、16S片段引物设计及PCR扩增 | 第42-43页 |
| ·重叠PCR拼接16S和IS片段 | 第43页 |
| ·标准质粒构建 | 第43-44页 |
| ·标准曲线构建 | 第44-45页 |
| ·数据分析 | 第45-46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-50页 |
| ·标准质粒的鉴定 | 第46-48页 |
| ·标准曲线设定 | 第48页 |
| ·IS1112和IS1113绝对拷贝数的测定结果 | 第48-50页 |
| 4 讨论 | 第50-51页 |
| 第四章 全文总结 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 附录 | 第59-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 作者简历 | 第63页 |
