| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-22页 |
| 1.1 禾本科及其系统发育研究进展 | 第11-13页 |
| 1.1.1 禾本科简介 | 第11页 |
| 1.1.2 禾本科分类及系统发育研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2 叶绿体基因组学研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 叶绿体及其基因组特征 | 第13页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组测序进展 | 第13-16页 |
| 1.2.3 叶绿体遗传工程研究 | 第16页 |
| 1.3 叶绿体基因组的比较研究 | 第16-19页 |
| 1.3.1 叶绿体基因组与系统发育 | 第16-17页 |
| 1.3.2 叶绿体基因组简单重复序列研究 | 第17-18页 |
| 1.3.3 基于叶绿体基因组的植物DNA条形码研究 | 第18-19页 |
| 1.4 系统发育分析方法 | 第19-20页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第20-22页 |
| 第二章 禾本科叶绿体基因组基本特征及结构变异 | 第22-31页 |
| 2.1 材料 | 第22页 |
| 2.2 方法 | 第22-24页 |
| 2.2.1 叶绿体基因组基本特征信息获取 | 第22-23页 |
| 2.2.2 各区域GC含量的计算 | 第23-24页 |
| 2.2.3 统计分析 | 第24页 |
| 2.2.4 叶绿体基因组结构变异比较 | 第24页 |
| 2.3 结果 | 第24-29页 |
| 2.3.1 基因组基本性状的比较 | 第24-26页 |
| 2.3.2 编码蛋白基因的比较 | 第26-27页 |
| 2.3.3 组结构变异分析结果 | 第27-29页 |
| 2.4 讨论 | 第29-31页 |
| 第三章 禾本科叶绿体基因组微卫星重复序列分析 | 第31-43页 |
| 3.1 材料 | 第31页 |
| 3.2 方法 | 第31-32页 |
| 3.3 结果 | 第32-40页 |
| 3.3.1 微卫星重复序列个数及密度 | 第32-35页 |
| 3.3.2 禾本科叶绿体SSR重复单元样式及分布 | 第35-37页 |
| 3.3.3 禾本科叶绿体SSR基序样式及分布 | 第37-38页 |
| 3.3.4 SSR引物的开发 | 第38-40页 |
| 3.4 讨论 | 第40-43页 |
| 第四章 基于叶绿体基因组信息的禾本科系统发育分析 | 第43-53页 |
| 4.0 材料 | 第43页 |
| 4.1 方法 | 第43-46页 |
| 4.1.1 数据类型 | 第43-44页 |
| 4.1.2 序列比对 | 第44页 |
| 4.1.3 进化模型选择 | 第44页 |
| 4.1.4 构建系统进化树 | 第44-46页 |
| 4.1.5 系统进化树的分析评估及可视化 | 第46页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第46-53页 |
| 4.2.1 基于80基因的系统发生分析 | 第46-51页 |
| 4.2.2 基于叶绿体全基因组及各个区域的系统发生分析 | 第51-53页 |
| 第五章 禾本科叶绿体基因组多态位点的筛选与引物开发 | 第53-66页 |
| 5.0 材料 | 第54页 |
| 5.1 方法 | 第54-56页 |
| 5.1.1 序列比对 | 第54页 |
| 5.1.2 变异热点区域的鉴定及筛选 | 第54页 |
| 5.1.3 变异热点区域序列比对 | 第54页 |
| 5.1.4 构建最大简约树 | 第54页 |
| 5.1.5 通用引物设计开发 | 第54-55页 |
| 5.1.6 通用引物的验证与评价 | 第55-56页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第56-66页 |
| 5.2.1 m-VISTA比对 | 第57-58页 |
| 5.2.2 位点选择及筛选 | 第58-61页 |
| 5.2.3 多序列比对与引物设计 | 第61-63页 |
| 5.2.4 PCR验证 | 第63-66页 |
| 第六章 结论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-74页 |
| 附录 | 第74-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 作者简介 | 第81页 |
