| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 文献综述 | 第13-24页 |
| 第一章 禽流感病毒感染机制及其研究方法的研究进展 | 第13-24页 |
| 1.1 禽流感病毒感染机制研究进展 | 第13-20页 |
| 1.1.1 禽流感感染机制研究现状 | 第13-17页 |
| 1.1.2 几型禽流感的致病机制 | 第17-20页 |
| 1.1.3 展望 | 第20页 |
| 1.2 基因表达数据分析方法的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.2.1 常见的基因表达数据分析方法 | 第20-22页 |
| 1.2.2 基于通路的基因表达数据分析方法 | 第22页 |
| 1.3 研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| 实验部分 | 第24-74页 |
| 第二章 疾病过程中筛选差异表达基因的方法筛选 | 第24-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 基因表达数据 | 第24-25页 |
| 2.1.2 蛋白质相互作用 | 第25页 |
| 2.1.3 通路信息 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 SAMVB (significance analysis of Microarrays） | 第25-26页 |
| 2.2.2 GSEA (gene set enrichment analysis） | 第26页 |
| 2.2.3 主成分分析 | 第26-27页 |
| 2.2.4 Bioconductor 包 | 第27页 |
| 2.2.5 基于通路相互作用网络筛选差异通路的方法 | 第27-28页 |
| 2.2.6 标准数据集的验证方法 | 第28页 |
| 2.2.7 五倍交叉验证(five-fold cross validation) | 第28-29页 |
| 2.3 实验结果 | 第29-34页 |
| 2.3.1 标准数据集的构建 | 第29-30页 |
| 2.3.2 SAMVB 结果 | 第30页 |
| 2.3.3 GSEA 结果 | 第30-31页 |
| 2.3.4 主成分分析结果 | 第31页 |
| 2.3.5 Bioconductor 的结果 | 第31-32页 |
| 2.3.6 基于通路相互作用网络筛选差异通路的方法（PIN） | 第32-33页 |
| 2.3.7 五种方法的可靠性比较 | 第33-34页 |
| 2.4 小结 | 第34-35页 |
| 第三章 鸡感染禽流感病毒分子机制的系统生物学分析 | 第35-60页 |
| 3.1 实验材料 | 第35-36页 |
| 3.1.1 基因表达数据的获得 | 第35页 |
| 3.1.2 蛋白质相互作用网络的获得 | 第35页 |
| 3.1.3 通路数据的获得 | 第35-36页 |
| 3.2 实验方法 | 第36页 |
| 3.2.1 基因表达数据差异基因的获取 | 第36页 |
| 3.2.2 差异表达基因的分析 | 第36页 |
| 3.3 实验结果 | 第36-57页 |
| 3.3.1 分析数据 GSE32378 得到结果 | 第36-40页 |
| 3.3.2 分析数据 GSE31476 得到结果 | 第40-45页 |
| 3.3.3 分析数据 GSE31505 得到结果 | 第45-49页 |
| 3.3.4 分析数据 GSE31506 得到结果 | 第49-54页 |
| 3.3.5 比较分析 | 第54-57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-59页 |
| 3.4.1 hub 蛋白的分析 | 第57-58页 |
| 3.4.2 通路分析 | 第58-59页 |
| 3.5 小结 | 第59-60页 |
| 第四章 人、猪、鸡感染禽流感病毒分子机制的系统生物学分析 | 第60-74页 |
| 4.1 实验材料 | 第60-61页 |
| 4.1.1 基因表达数据的获得 | 第60页 |
| 4.1.2 蛋白质相互作用网络的获得 | 第60页 |
| 4.1.3 通路数据的获得 | 第60-61页 |
| 4.2 实验方法 | 第61页 |
| 4.2.1 基因表达数据差异基因的获取 | 第61页 |
| 4.2.2 差异表达基因的分析 | 第61页 |
| 4.3 实验结果 | 第61-71页 |
| 4.3.1 分析数据 GSE31524 得到结果 | 第61-66页 |
| 4.3.2 分析数据 GSE35738 得到结果 | 第66-69页 |
| 4.3.3 分析数据 GSE31476 得到结果 | 第69页 |
| 4.3.4 比较分析 | 第69-71页 |
| 4.4 讨论 | 第71-72页 |
| 4.4.1 hub 蛋白的分析 | 第71-72页 |
| 4.4.2 通路分析 | 第72页 |
| 4.5 小结 | 第72-74页 |
| 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-86页 |
| 附录 | 第86-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 作者简介及投稿情况 | 第98页 |
