| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第9-17页 |
| 1.1 酰基肽水解酶（APH） | 第9-14页 |
| 1.1.1 APH的结构特征 | 第9-11页 |
| 1.1.2 APH中的反应通道 | 第11-12页 |
| 1.1.3 APH的生物学功能 | 第12-14页 |
| 1.2 脯氨酰寡肽酶（POP）家族简介 | 第14-15页 |
| 1.3 主要研究内容 | 第15-17页 |
| 第二章 理论基础与研究方法 | 第17-25页 |
| 2.1 量子化学方法 | 第17-18页 |
| 2.2 分子对接 | 第18-19页 |
| 2.3 分子动力学 | 第19-25页 |
| 2.3.1 常规分子动力学模拟 | 第20-22页 |
| 2.3.2 随机加速分子动力学模拟 | 第22页 |
| 2.3.3 拉伸分子动力模拟 | 第22-23页 |
| 2.3.4 自适应偏置力法计算平均力势 | 第23-25页 |
| 第三章 两种配体在酰基肽水解酶中结合模式的研究 | 第25-31页 |
| 3.1 模拟结构获取及实验操作 | 第25-26页 |
| 3.1.1 结构准备 | 第25页 |
| 3.1.2 对接参数设置 | 第25-26页 |
| 3.1.3 常规分子动力学模拟 | 第26页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第26-30页 |
| 3.2.1 对接研究 | 第26-29页 |
| 3.2.2 相似构象动力学结果比较 | 第29-30页 |
| 3.3 本章小结 | 第30-31页 |
| 第四章 随机加速分子动力学模拟确定酰基肽水解酶反应通道 | 第31-36页 |
| 4.1 模拟结构获取及实验操作 | 第31页 |
| 4.1.1 初始结构获取 | 第31页 |
| 4.1.2 RAMD模拟参数设置 | 第31页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第31-34页 |
| 4.2.1 RAMD预测APH通道 | 第31-33页 |
| 4.2.2 各通道分布 | 第33-34页 |
| 4.3 本章小结 | 第34-36页 |
| 第五章 拉伸分子动力学模拟和平均力势计算 | 第36-53页 |
| 5.1 模拟结构获取及实验操作 | 第36-37页 |
| 5.1.1 初始结构获取 | 第36页 |
| 5.1.2 参数设置 | 第36-37页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第37-52页 |
| 5.2.1 SMD模拟 | 第37-38页 |
| 5.2.2 解离路径 | 第38-43页 |
| 5.2.3 Ac-Leu-pNA和pNPC8经P3通道离去的对比分析 | 第43-47页 |
| 5.2.4 P1、P2、P3离去通道中的重要残基 | 第47-51页 |
| 5.2.5 PMF计算 | 第51-52页 |
| 5.3 本章小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-63页 |
| 个人简介及科研情况 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65页 |