| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 新药研发 | 第12-13页 |
| 1.2 计算机辅助药物设计 | 第13-16页 |
| 1.3 分子对接 | 第16-21页 |
| 1.3.1 概述 | 第16-17页 |
| 1.3.2 分子对接研究现状 | 第17-20页 |
| 1.3.3 虚拟筛选 | 第20-21页 |
| 1.4 研究目的和研究内容 | 第21-24页 |
| 第2章 分子对接研究综述 | 第24-50页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 分子对接的理论基础 | 第25-35页 |
| 2.2.1 分子结合的自由能 | 第26-27页 |
| 2.2.2 分子力学 | 第27-33页 |
| 2.2.3 分子力场 | 第33-35页 |
| 2.3 对接程序 | 第35-40页 |
| 2.3.1 DOCK | 第35-36页 |
| 2.3.2 AutoDock | 第36-38页 |
| 2.3.3 GOLD | 第38页 |
| 2.3.4 Glide | 第38-39页 |
| 2.3.5 FlexX | 第39页 |
| 2.3.6 PSI-DOCK | 第39-40页 |
| 2.3.7 SFDOCK | 第40页 |
| 2.4 打分函数 | 第40-43页 |
| 2.4.1 基于力场的打分函数 | 第41-42页 |
| 2.4.2 基于经验的打分函数 | 第42-43页 |
| 2.4.3 基于知识的打分函数 | 第43页 |
| 2.5 空间搜索算法 | 第43-46页 |
| 2.5.1 分子动力学模拟 | 第44页 |
| 2.5.2 几何匹配算法 | 第44-45页 |
| 2.5.3 智能算法 | 第45-46页 |
| 2.6 分子对接分类 | 第46-49页 |
| 2.6.1 刚性对接 | 第47页 |
| 2.6.2 小分子可变的对接 | 第47-48页 |
| 2.6.3 柔性对接 | 第48-49页 |
| 2.7 结语 | 第49-50页 |
| 第3章 基于多目标差分进化的分子对接 | 第50-100页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 对接方法概述 | 第51-53页 |
| 3.3 多目标优化差分进化 | 第53-59页 |
| 3.3.1 多目标优化问题 | 第53-54页 |
| 3.3.2 差分进化算法 | 第54-58页 |
| 3.3.3 采用差分进化解决分子对接中的多目标优化问题 | 第58-59页 |
| 3.4 分子对接方法 | 第59-78页 |
| 3.4.1 生成小分子构象 | 第59-66页 |
| 3.4.2 放置小分子 | 第66-69页 |
| 3.4.3 结构编码 | 第69-70页 |
| 3.4.4 优化目标/打分函数 | 第70-77页 |
| 3.4.5 柔性对接 | 第77页 |
| 3.4.6 空间搜索/多目标优化分子间相互作用 | 第77-78页 |
| 3.5 分子对接软件 MODE-Dock | 第78-83页 |
| 3.6 对接实验及结果分析 | 第83-98页 |
| 3.6.1 实验数据及方法 | 第83-87页 |
| 3.6.2 实验结果 | 第87-98页 |
| 3.7 结语 | 第98-100页 |
| 第4章 几何分类算法及其在分子对接中的应用 | 第100-113页 |
| 4.1 引言 | 第100页 |
| 4.2 几何分类算法 | 第100-107页 |
| 4.2.1 算法概述 | 第101-106页 |
| 4.2.2 时间复杂度 | 第106-107页 |
| 4.3 算法比较 | 第107-109页 |
| 4.4 几何分类算法在分子对接中的应用 | 第109-112页 |
| 4.5 结语 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-126页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第126-127页 |
| 致谢 | 第127页 |