| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 插图与附表清单 | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-21页 |
| 1.1 生物大分子力场概述 | 第14-16页 |
| 1.2 AMBER力场中二面角势的发展 | 第16-18页 |
| 1.3 极化电荷的发展 | 第18-21页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第21-44页 |
| 2.1 量子化学方法 | 第21-29页 |
| 2.1.1 从头算方法 | 第21-25页 |
| 2.1.2 密度泛函理论(DFT) | 第25-29页 |
| 2.2 分子力学 | 第29-34页 |
| 2.2.1 分子力学概述及作用项的一般形式 | 第29-30页 |
| 2.2.2 PPC力场 | 第30-34页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第34-39页 |
| 2.3.1 分子动力学模拟基本概述 | 第34-35页 |
| 2.3.2 牛顿运动方程式的数值解法 | 第35-38页 |
| 2.3.3 分子动力学模拟基本步骤 | 第38-39页 |
| 2.4 连续介质模型(隐性溶剂模型) | 第39-44页 |
| 2.4.1 PCM模型 | 第39-41页 |
| 2.4.2 SMD模型 | 第41页 |
| 2.4.3 GB模型 | 第41-44页 |
| 第三章 蛋白质力场中主链二面角二维耦合势函数Ⅰ：发展与应用 | 第44-58页 |
| 3.1 前言 | 第44-45页 |
| 3.2 方法 | 第45-49页 |
| 3.2.1 量子力学与分子力学计算 | 第45-47页 |
| 3.2.2 二维势能项 | 第47-48页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟 | 第48-49页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第49-56页 |
| 3.3.1 方法的选择 | 第49页 |
| 3.3.2 总势能面 | 第49-51页 |
| 3.3.3 主链二面角势的协调性 | 第51-52页 |
| 3.3.4 丙氨酸二肽以及五肽的分子动力学模拟研究 | 第52-56页 |
| 3.4 结论 | 第56-58页 |
| 第四章 蛋白质力场中主链二面角二维耦合势函数Ⅱ：性能与验证 | 第58-67页 |
| 4.1 前言 | 第58页 |
| 4.2 方法 | 第58-59页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第59-66页 |
| 4.3.1 19个氨基酸二肽、三肽、丙氨酸五肽分子动力学模拟研究 | 第60-63页 |
| 4.3.2 Ac-(AAQAA)_3-NH_2肽的分子动力学研究 | 第63-64页 |
| 4.3.3 泛素蛋白的分子动力学研究 | 第64-66页 |
| 4.4 结论 | 第66-67页 |
| 第五章 显性极化力场对蛋白晶体的分子动力学模拟 | 第67-86页 |
| 5.1 前言 | 第67-68页 |
| 5.2 理论方法 | 第68-71页 |
| 5.2.1 术语 | 第68页 |
| 5.2.2 模拟单元的构建 | 第68-70页 |
| 5.2.3 PPC电荷计算 | 第70页 |
| 5.2.4 分子动力学模拟 | 第70-71页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第71-84页 |
| 5.3.1 基元大小 | 第71页 |
| 5.3.2 蛋白结构与实验结构比较分析 | 第71-76页 |
| 5.3.3 超级晶胞中单体与单体之间的变形 | 第76-84页 |
| 5.4 结论 | 第84-86页 |
| 总结与展望 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-103页 |
| 致谢 | 第103-105页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第105-106页 |
