| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第9-19页 |
| 1.1 马铃薯黑胫病菌的研究进展 | 第9-10页 |
| 1.1.1 马铃薯黑胫病菌的危害 | 第9页 |
| 1.1.2 马铃薯黑胫病菌的生理特征 | 第9-10页 |
| 1.1.3 马铃薯黑胫病菌的分类地位 | 第10页 |
| 1.2 DNA 测序技术的发展 | 第10-13页 |
| 1.2.1 第一代测序技术 | 第11-12页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第12-13页 |
| 1.2.3 第三代测序技术 | 第13页 |
| 1.3 植物病原细菌的致病基因 | 第13-18页 |
| 1.3.1 胞外多糖及其相关基因 | 第14页 |
| 1.3.2 胞外酶及其相关基因 | 第14页 |
| 1.3.3 脂多糖及其相关基因 | 第14-15页 |
| 1.3.4 毒素及其相关基因 | 第15页 |
| 1.3.5 植物病原细菌致病因子分泌系统及其效应物 | 第15-17页 |
| 1.3.6 软腐欧文氏菌的致病基因 | 第17-18页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第18-19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-25页 |
| 2.1 马铃薯黑胫病菌的选择与鉴定 | 第19-20页 |
| 2.1.1 测序菌株 JG10-08 的选择及纯化 | 第19页 |
| 2.1.2 马铃薯黑胫病菌基因组的抽提 | 第19-20页 |
| 2.1.3 马铃薯黑胫病菌的鉴定 | 第20页 |
| 2.2 马铃薯黑胫病菌的基因组测序 | 第20-22页 |
| 2.2.1 DNA 文库的构建 | 第20页 |
| 2.2.2 测序 | 第20-21页 |
| 2.2.3 拼装 | 第21页 |
| 2.2.4 填补缺口序列 | 第21-22页 |
| 2.3 基因组的基本信息及注释 | 第22-23页 |
| 2.4 JG10-08 的致病相关基因的分析 | 第23页 |
| 2.5 Pectobacterium 属全基因组的比较分析 | 第23-25页 |
| 2.5.1 Pectobacterium 属基因组的基本信息 | 第23页 |
| 2.5.2 Pectobacterium 属系统发育分析 | 第23页 |
| 2.5.3 Pectobacterium 属全基因组的同线性分析 | 第23-25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-45页 |
| 3.1 测序马铃薯黑胫病菌菌株的选择与鉴定 | 第25-27页 |
| 3.1.1 JG10-08 的培养性状 | 第25页 |
| 3.1.2 利用黑胫病菌的特异引物对菌株 JG10-08 的分子鉴定 | 第25-26页 |
| 3.1.3 细菌 16S 通用引物测序鉴定 JG10-08 | 第26-27页 |
| 3.2 马铃薯黑胫病菌 JG10-08 基因组的序列测定 | 第27-32页 |
| 3.2.1 基因组 DNA 的提取 | 第27-28页 |
| 3.2.2 DNA 文库的构建 | 第28-29页 |
| 3.2.3 基因组的测序及拼装 | 第29-30页 |
| 3.2.4 填补缺口序列 | 第30-32页 |
| 3.3 JG10-08 基因组的概况 | 第32-34页 |
| 3.4 JG10-08 致病相关基因的分析 | 第34-41页 |
| 3.4.1 主要致病基因的分类与比较 | 第34-35页 |
| 3.4.2 细胞壁降解酶（PCWDEs） | 第35-37页 |
| 3.4.3 JG10-08 的分泌系统 | 第37-41页 |
| 3.5 Pectobacterium 属全基因组的比较分析 | 第41-45页 |
| 3.5.1 Pectobacterium 属基因组的基本信息 | 第41-42页 |
| 3.5.2 Pectobacterium 属系统发育分析 | 第42-43页 |
| 3.5.3 Pectobacterium 属全基因组的同线性分析 | 第43-45页 |
| 4 讨论 | 第45-48页 |
| 4.1 基因组注释的时效性 | 第45页 |
| 4.2 Ⅲ型和Ⅳ型分泌系统编码基因的功能 | 第45-47页 |
| 4.3 基于全基因组和 16s rRNA 的 Pectobacterium 属系统演化 | 第47-48页 |
| 5 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-56页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第56-57页 |
| 作者简历及科研项目 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
