| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 前言 | 第14-16页 |
| 第一篇 文献综述 | 第16-29页 |
| 第一章 牛A型PM耐药性及耐药机制研究进展 | 第16-22页 |
| 1.1 牛A型Pm国内外流行现状 | 第16-17页 |
| 1.2 牛A型Pm耐药性研究现状 | 第17-18页 |
| 1.3 牛A型Pm耐药机制研究进展 | 第18-22页 |
| 1.3.1 药物靶位突变介导Pm耐药机制 | 第18页 |
| 1.3.2 染色体携带相关耐药基因介导耐药机制 | 第18-19页 |
| 1.3.3 质粒介导Pm耐药机制 | 第19页 |
| 1.3.4 整合子介导耐药机制研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.5 SOS及同源重组介导耐药机制研究进展 | 第20-22页 |
| 第二章 相关新兴技术在耐药机制研究中的应用 | 第22-29页 |
| 2.1 高通量测序在耐药机制研究中的应用 | 第22-25页 |
| 2.1.1 高通量测序概述 | 第22页 |
| 2.1.2 高通量测序技术 | 第22-24页 |
| 2.1.3 高通量测序技术在细菌耐药性研究中的应用 | 第24-25页 |
| 2.2 转录组学在耐药机制研究中的应用 | 第25-27页 |
| 2.2.1 转录组学概述 | 第25页 |
| 2.2.2 转录组测序技术 | 第25-27页 |
| 2.2.3 转录组学测序在耐药性和耐药机制研究中的应用 | 第27页 |
| 2.3 质谱多反应监测技术在耐药机制研究中的应用 | 第27-29页 |
| 2.3.1 质谱多反应检测技术概述 | 第27页 |
| 2.3.2 质谱多反应检测技术原理 | 第27-28页 |
| 2.3.3 质谱多反应监测技术在耐药机制研究中的应用 | 第28-29页 |
| 第二篇 研究内容 | 第29-103页 |
| 第一章 牛A型Pm耐药性分析及多重耐药菌全基因组测序 | 第29-46页 |
| 1.1 材料 | 第29-31页 |
| 1.1.1 病料样本采集 | 第29页 |
| 1.1.2 实验动物 | 第29页 |
| 1.1.3 引物 | 第29-30页 |
| 1.1.4 主要试剂、试剂盒及抗微生物药品 | 第30页 |
| 1.1.5 主要仪器设备及平台 | 第30-31页 |
| 1.2 方法 | 第31-32页 |
| 1.2.1 病原分离培养与纯培养 | 第31页 |
| 1.2.2 分离菌基因组DNA提取 | 第31页 |
| 1.2.3 16S rDNA PCR鉴定及荚膜分型 | 第31页 |
| 1.2.4 小鼠接种实验 | 第31页 |
| 1.2.5 药物敏感性检测 | 第31-32页 |
| 1.2.6 耐药菌全基因组测序 | 第32页 |
| 1.2.7 脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型 | 第32页 |
| 1.3 结果 | 第32-43页 |
| 1.3.1 分离菌株培养形态特性及镜检观察结果 | 第32-33页 |
| 1.3.2 分离菌株 16S rDNA序列分析 | 第33-35页 |
| 1.3.3 荚膜分型 | 第35页 |
| 1.3.4 小鼠接种实验 | 第35-36页 |
| 1.3.5 药物敏感性检测及耐药性分析 | 第36-38页 |
| 1.3.6 耐药菌全基因组测序结果 | 第38-41页 |
| 1.3.7 耐药菌Pm-3 耐药基因分析 | 第41-42页 |
| 1.3.8 所分离菌整合酶及整合子检测 | 第42页 |
| 1.3.9 所分离菌株PFGE分型 | 第42-43页 |
| 1.4 讨论 | 第43-45页 |
| 1.4.1 牛A型Pm分离鉴定及耐药性分析 | 第43-44页 |
| 1.4.2 牛A型Pm耐药株全基因组高通量测序 | 第44-45页 |
| 1.4.3 牛A型Pm耐药菌克隆传播风险分析 | 第45页 |
| 1.5 小结 | 第45-46页 |
| 第二章 牛A型PM喹诺酮类和大环内酯类药物靶位突变分析 | 第46-59页 |
| 2.1 材料 | 第46-48页 |
| 2.1.1 菌株 | 第46页 |
| 2.1.2 引物 | 第46-47页 |
| 2.1.3 主要试剂、试剂盒及抗微生物药品 | 第47页 |
| 2.1.4 主要仪器设备及平台 | 第47-48页 |
| 2.2 方法 | 第48-50页 |
| 2.2.1 药物敏感性测定 | 第48页 |
| 2.2.2 喹诺酮类药物防耐药变异浓度测定及一步突变菌的筛选 | 第48页 |
| 2.2.3 喹诺酮类药物高耐药菌的体外诱导 | 第48页 |
| 2.2.4 喹诺酮类及大环内酯类药物靶位确定 | 第48页 |
| 2.2.5 PCR扩增 | 第48-49页 |
| 2.2.6 序列的分析 | 第49页 |
| 2.2.7 环丙沙星与gyrA基因分子对接分析 | 第49页 |
| 2.2.8 环丙沙星与parC基因分子对接分析 | 第49-50页 |
| 2.3 结果 | 第50-57页 |
| 2.3.1 临床分离菌QRDR靶位突变检测 | 第50-51页 |
| 2.3.2 喹诺酮类药物防耐药变异浓度测定及一步突变菌筛选 | 第51-52页 |
| 2.3.3 喹诺酮类药物体外耐药菌诱导 | 第52页 |
| 2.3.4 耐药菌QRDR靶位突变检测 | 第52-53页 |
| 2.3.5 环丙沙星与gyrA基因分子对接分析 | 第53-54页 |
| 2.3.6 环丙沙星与parC基因分子对接分析 | 第54-56页 |
| 2.3.7 大环内酯类靶位突变分析 | 第56页 |
| 2.3.8 大环内酯类耐药基因检测 | 第56-57页 |
| 2.4 讨论 | 第57-58页 |
| 2.4.1 喹诺酮类药物耐药决定区靶位突变分析 | 第57-58页 |
| 2.4.2 大环内酯类药物靶位突变分析 | 第58页 |
| 2.5 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 亚抑菌浓度作用下药物外排相关基因表达量分析 | 第59-77页 |
| 3.1 材料 | 第59-60页 |
| 3.1.1 菌株 | 第59页 |
| 3.1.2 引物 | 第59-60页 |
| 3.1.3 主要试剂、试剂盒及抗微生物药品 | 第60页 |
| 3.1.4 主要仪器设备及平台 | 第60页 |
| 3.1.5 数据分析软件 | 第60页 |
| 3.2 方法 | 第60-62页 |
| 3.2.1 恩诺沙星及替米考星耐药性逆转 | 第60页 |
| 3.2.2 敏感菌与耐药菌RNA提取、反转录 | 第60页 |
| 3.2.3 实时荧光定量PCR分析 | 第60页 |
| 3.2.4 菌体蛋白的提取 | 第60-61页 |
| 3.2.5 菌体蛋白的定量 | 第61页 |
| 3.2.6 聚丙烯酰胺凝胶分离 | 第61页 |
| 3.2.7 全蛋白酶解 | 第61页 |
| 3.2.8 建立MRM方法 | 第61-62页 |
| 3.3 结果 | 第62-74页 |
| 3.3.1 耐药性逆转结果 | 第62页 |
| 3.3.2 敏感菌及喹诺酮类、大环内酯类耐药菌总RNA提取及cDNA合成 | 第62-64页 |
| 3.3.3 无药物压力下mdtK基因表达分析 | 第64页 |
| 3.3.4 亚抑菌浓度作用下喹诺酮类耐药菌mdtK基因表达分析 | 第64-65页 |
| 3.3.5 无药物压力作用下mexV基因表达分析 | 第65-66页 |
| 3.3.6 亚抑菌浓度恩诺沙星药物压力作用下mexV基因表达分析 | 第66页 |
| 3.3.7 无药物压力作用下macA基因表达分析 | 第66-67页 |
| 3.3.8 亚抑菌替米考星作用下敏感菌和耐药菌macA基因表达分析 | 第67-68页 |
| 3.3.9 药物外排相关蛋白MRM检测 | 第68-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-75页 |
| 3.4.1 编码药物外排相关基因表达量分析 | 第74-75页 |
| 3.4.2 药物外排相关蛋白表达量绝对定量 | 第75页 |
| 3.5 小结 | 第75-77页 |
| 第四章 亚抑菌浓度药物作用下恩诺沙星、替米考星耐药菌转录谱分析 | 第77-103页 |
| 4.1 材料 | 第77-78页 |
| 4.1.1 菌株 | 第77页 |
| 4.1.2 主要试剂、试剂盒及抗微生物药品 | 第77页 |
| 4.1.3 主要仪器设备及平台 | 第77页 |
| 4.1.4 数据分析软件 | 第77-78页 |
| 4.2 方法 | 第78-79页 |
| 4.2.1 实验路线 | 第78页 |
| 4.2.2 技术路线 | 第78页 |
| 4.2.3 样品检测 | 第78页 |
| 4.2.4 文库构建 | 第78页 |
| 4.2.5 生物信息学分析 | 第78-79页 |
| 4.3 结果 | 第79-101页 |
| 4.3.1 受试牛A型Pm RNA提取及质量分析 | 第79-81页 |
| 4.3.2 测序数据及质量控制 | 第81页 |
| 4.3.3 测序数据及质量评估 | 第81-82页 |
| 4.3.4 转录组文库质量评估 | 第82-84页 |
| 4.3.5 基因表达定量 | 第84页 |
| 4.3.6 样品基因表达量总体分布 | 第84-85页 |
| 4.3.7 重复相关性评估 | 第85-86页 |
| 4.3.8 敏感菌与恩诺沙星耐药菌差异表达分析 | 第86-93页 |
| 4.3.9 敏感菌与替米考星耐药菌差异表达分析 | 第93-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-102页 |
| 4.4.1 耐药牛A型Pm转录组测序 | 第101页 |
| 4.4.2 耐药牛A型Pm转录谱分析 | 第101-102页 |
| 4.5 小结 | 第102-103页 |
| 结论 | 第103-104页 |
| 创新点 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-114页 |
| 作者简介 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
