| 致谢 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第1章 绪论 | 第16-44页 |
| 1.1 非共价相互作用的量子化学计算 | 第16-25页 |
| 1.1.1 非共价作用简介 | 第16-21页 |
| 1.1.2 计算非共价相互作用的量子化学方法 | 第21-24页 |
| 1.1.3 小结 | 第24-25页 |
| 1.2 药物设计中的卤键作用 | 第25-31页 |
| 1.2.1 卤键的形成和特性 | 第25-27页 |
| 1.2.2 卤键的理论计算 | 第27-28页 |
| 1.2.3 卤键在药物设计中的应用 | 第28-30页 |
| 1.2.4 小结 | 第30-31页 |
| 1.3 基于片段的结核病药物设计研究背景 | 第31-41页 |
| 1.3.1 结核病及其治疗现状 | 第31-33页 |
| 1.3.2 针对结核的靶标蛋白：二氢叶酸还原酶 | 第33页 |
| 1.3.3 基于片段的药物设计背景 | 第33-36页 |
| 1.3.4 基于片段的药物设计相关方法 | 第36-40页 |
| 1.3.5 小结 | 第40-41页 |
| 1.4 论文总体安排 | 第41-44页 |
| 第2章 分子内卤键及其对化合物成药性质的影响 | 第44-58页 |
| 2.1 卤键简介 | 第44-45页 |
| 2.2 分子内卤键的研究近况 | 第45-46页 |
| 2.3 材料与方法 | 第46-49页 |
| 2.3.1 数据库搜寻 | 第46-48页 |
| 2.3.2 量子化学计算 | 第48页 |
| 2.3.3 波函数分析 | 第48页 |
| 2.3.4 自然键轨道分析 | 第48-49页 |
| 2.3.5 pKa值计算 | 第49页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第49-57页 |
| 2.4.1 分子内卤键能量大小 | 第49-50页 |
| 2.4.2 AIM分析 | 第50-53页 |
| 2.4.3 NBO分析 | 第53-55页 |
| 2.4.4 不同溶剂中分子内卤键对化合物pKa和logP的影响 | 第55-57页 |
| 2.5 小结 | 第57-58页 |
| 第3章 药物靶标蛋白复合物中胍基-精氨酸作用对的计算研究 | 第58-74页 |
| 3.1 背景介绍 | 第58-60页 |
| 3.2 材料和方法 | 第60-64页 |
| 3.2.1 数据库搜索 | 第60-62页 |
| 3.2.2 ONIOM混合计算 | 第62-64页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第64-72页 |
| 3.3.1 DrugBank中的含胍基药物 | 第64-65页 |
| 3.3.2 PDB中的Gdm~+-Arg对 | 第65-67页 |
| 3.3.3 Gdm~+-Arg对能提高药效 | 第67-68页 |
| 3.3.4 优化的Gdm~+-Arg对的结构 | 第68-70页 |
| 3.3.5 优化的Gdm~+-Arg对的能量 | 第70-72页 |
| 3.4 小结 | 第72-74页 |
| 第4章 药物合成反应中的过渡态计算 | 第74-90页 |
| 4.1 氨基醌类中通过金属钯催化的C-H活化反应 | 第74-79页 |
| 4.1.1 引言 | 第74-75页 |
| 4.1.2 计算方法 | 第75-76页 |
| 4.1.3 实验设计、结果及讨论 | 第76-79页 |
| 4.2 吡啶类化合物的亲核反应机理研究 | 第79-88页 |
| 4.2.1 引言 | 第79页 |
| 4.2.2 理论计算方法及实验设计 | 第79-86页 |
| 4.2.3 电荷计算 | 第86-88页 |
| 4.3 小结 | 第88-90页 |
| 第5章 结核杆菌DHFR天然产物抑制剂的发现研究 | 第90-122页 |
| 5.1 引言 | 第90-91页 |
| 5.2 实验材料和方法 | 第91-94页 |
| 5.2.1 分子对接 | 第91-94页 |
| 5.2.2 对接策略 | 第94页 |
| 5.3 实验结果 | 第94-119页 |
| 5.3.1 对接部分 | 第94-110页 |
| 5.3.2 FTMS部分 | 第110-119页 |
| 5.4 小结 | 第119-122页 |
| 第6章 结论与讨论 | 第122-126页 |
| 附录 | 第126-138页 |
| 作者简历 | 第138-139页 |
| 参考文献 | 第139-161页 |