| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| ABBREVIATION | 第11-13页 |
| DEDICATION | 第13-14页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第14-47页 |
| 1.1 COTTON IN THE WORLD | 第14-20页 |
| 1.1.1 Phylogeny of Cotton | 第14-15页 |
| 1.1.2 Cotton usage and production | 第15-17页 |
| 1.1.2.1 Cotton usage | 第15-16页 |
| 1.1.2.2 Cotton production and consumption | 第16-17页 |
| 1.1.3 World germplasm recourses | 第17-20页 |
| 1.1.3.1 Cotton collection in China | 第17-20页 |
| 1.2 SOIL SALINITY AND SALT TOLERANCE OF PLANTS | 第20-34页 |
| 1.2.1 Soil salinity and salinity indicator | 第20-21页 |
| 1.2.2 Salinized areas in the world | 第21-22页 |
| 1.2.3 Causes of soil salinization | 第22-23页 |
| 1.2.4 Improvement measures for saline soil tolerance | 第23-25页 |
| 1.2.5 Mapping and monitoring of the soil salinity areas | 第25-27页 |
| 1.2.6 Salt tolerance of plants | 第27-28页 |
| 1.2.7 Effect of salinity stress on plant and plant salinity response | 第28-34页 |
| 1.2.7.1 Effect of salinity stress on plant | 第28-29页 |
| 1.2.7.2 Plant salinity response mechanism | 第29-31页 |
| 1.2.7.3 Identification method of salt tolerance of cotton | 第31-34页 |
| 1.3 GENETIC MARKERS AND GENETIC MAPS | 第34-46页 |
| 1.3.1 Genetic markers | 第34-43页 |
| 1.3.1.1 Morphological markers | 第35页 |
| 1.3.1.2 Biochemical markers | 第35-36页 |
| 1.3.1.3 DNA-based molecular markers | 第36-43页 |
| 1.3.2 Association mapping | 第43-46页 |
| 1.4 STUDY OBJECTIVES | 第46-47页 |
| CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS | 第47-58页 |
| 2.1 Plant materials | 第47-50页 |
| 2.2 Trait examination or phenotyping | 第50-53页 |
| 2.2.1 Sample preparation | 第50-51页 |
| 2.2.2 Determination of indicators | 第51-53页 |
| 2.3 Genotyping | 第53-56页 |
| 2.3.1 Genomic DNA extraction and quantification | 第53页 |
| 2.3.2 Running PCR | 第53-56页 |
| 2.3.3 SSR primers used in this study | 第56页 |
| 2.4 Data analysis | 第56-58页 |
| 2.4.1 Phenotypic diversity | 第56页 |
| 2.4.2 Genetic diversity | 第56页 |
| 2.4.3 Population structure analysis and association mapping using SSR markers | 第56-57页 |
| 2.4.4 SNP analysis and association mapping | 第57-58页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第58-87页 |
| 3.1 Phenotypic diversity | 第58-61页 |
| 3.2 Genetic diversity based on SSR markers | 第61-65页 |
| 3.3 Phylogenetic relationships | 第65-66页 |
| 3.4 Association mapping of salt tolerance traits using SSR markers | 第66-68页 |
| 3.5 Association mapping of salt tolerance traits using SNP markers | 第68-87页 |
| 3.5.1 SNP rich regions associated with RFW and RSL | 第71-74页 |
| 3.5.2 SNP rich regions associated with RChlC | 第74-77页 |
| 3.5.3 SNP rich region associated with RWC | 第77-78页 |
| 3.5.4 SNP rich regions associated with CIST | 第78-87页 |
| CHAPTER 4 DISCUSSION | 第87-94页 |
| 4.1. Genetic variation in salt tolerance traits of G. arboretum accessions in this study | 第87-88页 |
| 4.2 Association mapping | 第88-94页 |
| 4.2.1 Marker-trait association analysis salt tolerance traits using SSR markers | 第88-89页 |
| 4.2.2 Association mapping of salt tolerance traits using SNP markers | 第89-94页 |
| Conclusion | 第94-95页 |
| References | 第95-110页 |
| Acknowledgements | 第110-111页 |
| Curriculum vitae | 第111-112页 |
| 附件 | 第112-149页 |
