| 致谢 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 第一章 基因整合组分析的研究进展(综述) | 第12-29页 |
| ·基因整合的类型 | 第12-18页 |
| ·病毒整合 | 第12-14页 |
| ·转座子整合 | 第14-16页 |
| ·基因治疗载体整合 | 第16-18页 |
| ·基因整合分析的应用 | 第18-22页 |
| ·病毒致癌机制 | 第18-19页 |
| ·癌症基因筛选 | 第19-21页 |
| ·辅助治疗载体开发 | 第21-22页 |
| ·基因整合位点分析方法 | 第22-27页 |
| ·基于PCR的翼侧序列扩增技术 | 第22-27页 |
| ·第二代测序技术在整合位点分析中的应用 | 第27页 |
| ·小结 | 第27-29页 |
| 2 第二章 MAPS方法的原理剖析 | 第29-36页 |
| ·Hlumina双端测序技术 | 第29-31页 |
| ·文库制备 | 第30页 |
| ·产生DNA簇 | 第30页 |
| ·双端测序 | 第30-31页 |
| ·序列读取 | 第31页 |
| ·LM-PCR与Illumina双端测序技术的结合 | 第31-33页 |
| ·MAPS方法的技术流程 | 第33-34页 |
| ·翼侧扩增文库的构建 | 第33页 |
| ·整合子序列的扩增 | 第33-34页 |
| ·双端测序文库的完备 | 第34页 |
| ·多元样品分析 | 第34页 |
| ·MAPS方法中整合位点的识别模型 | 第34-36页 |
| 3 第三章 利用MAPS分离和鉴定HBV整合位点 | 第36-50页 |
| ·材料与方法 | 第37-43页 |
| ·实验样本 | 第37页 |
| ·试剂与设备 | 第37-38页 |
| ·HBX基因巢式引物设计 | 第38页 |
| ·多元测序条形码设计 | 第38-39页 |
| ·MAPS文库构建 | 第39-41页 |
| ·阴性对照的文库制备 | 第41页 |
| ·Illumina双端多元测序分析 | 第41页 |
| ·生物信息学分析 | 第41-42页 |
| ·PCR验证和Sanger测序验证 | 第42-43页 |
| ·结果 | 第43-48页 |
| ·HBX基因巢式引物的设计 | 第43页 |
| ·多样品的多元测序分析 | 第43-44页 |
| ·H BV整合位点的识别 | 第44-45页 |
| ·整合位点的验证 | 第45-48页 |
| ·讨论与总结 | 第48-50页 |
| 4 第四章 MAPS方法对整合频率的定量化分析 | 第50-56页 |
| ·材料与方法 | 第50-51页 |
| ·半定量PCR | 第50-51页 |
| ·整合位点频率的相关性分析 | 第51页 |
| ·稀释曲线分析测序深度 | 第51页 |
| ·结果 | 第51-54页 |
| ·整合频率与相应tag数 | 第51-52页 |
| ·重复试验的一致性 | 第52-53页 |
| ·测序深度的分析 | 第53-54页 |
| ·讨论与总结 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-63页 |
| 附录 | 第63-66页 |
| 附录A 6nt条形码及相应的PE 2 Walking Adapter序列 | 第63-64页 |
| 附录B 5nt条形码及相应的PE1-Barcode-HBX2引物序列 | 第64-65页 |
| 附录C 整合位点巢式PCR验证引物与结果 | 第65-66页 |
| 攻读硕士学位期间完成的论文 | 第66页 |
