抗冻蛋白序列与结构特征的研究
摘要 | 第1-6页 |
ABSTRACT | 第6-9页 |
第一章 绪论 | 第9-15页 |
·引言 | 第9页 |
·抗冻蛋白的作用机制 | 第9-10页 |
·本文所使用的数据库简介 | 第10-11页 |
·Uniprot数据库 | 第10-11页 |
·PDB数据库 | 第11页 |
·无机晶体结构数据库 | 第11页 |
·抗冻蛋白结构的分类 | 第11-15页 |
第二章 抗冻蛋白序列的预测 | 第15-20页 |
·引言 | 第15页 |
·数据集的构建 | 第15-16页 |
·特征参数的提取 | 第16-17页 |
·N肽组分信息 | 第16-17页 |
·伪氨基酸信息 | 第17页 |
·化学位移信息 | 第17页 |
·支持向量机算法 | 第17-18页 |
·预测结果及算法评估 | 第18-20页 |
·算法的评估 | 第18-19页 |
·预测结果 | 第19-20页 |
第三章 抗冻蛋白分子动力学模拟 | 第20-31页 |
·Pymol软件简介 | 第20-21页 |
·Material studio软件简介 | 第21页 |
·本次计算使用的模块 | 第21页 |
·力场和系综 | 第21-22页 |
·冰晶模型的构建 | 第22-24页 |
·蛋白质选取 | 第24-26页 |
·抗冻蛋白的动力学模拟过程 | 第26-28页 |
·水盒子的构建 | 第26页 |
·模拟模型的构建 | 第26-27页 |
·模型的优化 | 第27页 |
·模型的动力学模拟 | 第27-28页 |
·模拟的结果和分析 | 第28-31页 |
第四章 全文总结 | 第31-32页 |
参考文献 | 第32-38页 |
附录 | 第38-42页 |
致谢 | 第42页 |