| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| ·生物信息学的背景及意义 | 第10-12页 |
| ·生物信息学的研究现状 | 第12-14页 |
| ·论文主要工作及安排 | 第14-15页 |
| ·论文主要工作 | 第14-15页 |
| ·论文内容具体安排 | 第15页 |
| ·本章小结 | 第15-17页 |
| 第二章 序列比对基础 | 第17-31页 |
| ·概论 | 第17-19页 |
| ·空位罚分和记分矩阵 | 第19-22页 |
| ·空位罚分 | 第19-21页 |
| ·记分矩阵 | 第21-22页 |
| ·目标函数 | 第22-27页 |
| ·SP 目标函数 | 第23-24页 |
| ·COFFEE 目标函数 | 第24-27页 |
| ·序列比对 | 第27-30页 |
| ·双序列比对 | 第27-28页 |
| ·多序列比对 | 第28-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第三章 生物序列比对算法研究现状 | 第31-52页 |
| ·双序列比对 | 第31-40页 |
| ·双序列比对算法数学原理 | 第31-35页 |
| ·点阵图法 | 第35页 |
| ·动态规划算法 | 第35-40页 |
| ·BLAST 和FASTA 算法 | 第40页 |
| ·多序列比对 | 第40-50页 |
| ·多序列比对算法分析 | 第40-44页 |
| ·经典多序列比对算法简介 | 第44-49页 |
| ·一些其它多序列比对算法 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-52页 |
| 第四章 KALIGN’S 方法的提出与研究 | 第52-70页 |
| ·字符串匹配原理 | 第52-59页 |
| ·基本概念 | 第52-57页 |
| ·字符串匹配原理 | 第57-59页 |
| ·Wu-Manber 算法数学原理 | 第59-62页 |
| ·KALIGN 算法 | 第62页 |
| ·KALIGN 算法的改进----KALIGN’s 算法 | 第62-68页 |
| ·相似性得分 | 第63-64页 |
| ·序列距离 | 第64-65页 |
| ·树的构造 | 第65-66页 |
| ·序列加权 | 第66页 |
| ·迭代优化 | 第66-68页 |
| ·本章小结 | 第68-70页 |
| 第五章 KALIGN’s 算法比对质量的实现与评估 | 第70-74页 |
| ·多序列比对算法评价基准数据集 BAliBASE | 第70-71页 |
| ·Kalign’s 算法测试结果 | 第71-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第六章 结束语 | 第74-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-82页 |
| 攻硕期间取得的研究成果 | 第82-83页 |