| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 绪论(基于分子对接方法的虚拟筛选) | 第14-44页 |
| 1 引言 | 第14-16页 |
| 2 计算机辅助药物设计 | 第16页 |
| 3 计算机辅助药物筛选 | 第16-20页 |
| ·基于小分子的虚拟筛选方法 | 第17-18页 |
| ·基于受体结构的虚拟筛选方法 | 第18页 |
| ·虚拟筛选的意义和进展 | 第18-19页 |
| ·虚拟筛选的不足 | 第19-20页 |
| 4 基于分子对接的虚拟筛选流程及理论基础 | 第20-22页 |
| ·基于分子对接的虚拟筛选流程 | 第20-21页 |
| ·分子对接的理论基础 | 第21-22页 |
| ·对接中的分子表达 | 第22页 |
| 5 分子对接优化方法 | 第22-26页 |
| ·配体柔性算法 | 第23-25页 |
| ·受体柔性算法 | 第25-26页 |
| 6 打分函数及其分类 | 第26-29页 |
| ·基于力场方法 | 第26-27页 |
| ·经验打分函数 | 第27-28页 |
| ·基于知识打分函数 | 第28-29页 |
| 7 一致性打分 | 第29页 |
| 8 常用程序介绍 | 第29-40页 |
| ·DOCK | 第29-34页 |
| ·FlexX | 第34-37页 |
| ·Auto-DOCK | 第37-40页 |
| 9 小结 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-44页 |
| 第二章 绪论(核磁共振方法在药物筛选和设计的应用) | 第44-72页 |
| 1 引言 | 第44-45页 |
| 2 基于受体蛋白的方法 | 第45-48页 |
| ·~1H/~(15)N化学位移法 | 第45-46页 |
| ·核磁共振构效法(SAR by NMR) | 第46-48页 |
| 3 基于小分子配基的方法 | 第48-65页 |
| ·纵向驰豫 | 第49-50页 |
| ·横向驰豫 | 第50-51页 |
| ·自旋标记横向驰豫 | 第51-53页 |
| ·扩散实验 | 第53-55页 |
| ·转移NOE | 第55-56页 |
| ·Saturation transfer experiments(STD) | 第56-61页 |
| ·竞争结合实验 | 第61-65页 |
| 4 小分子化合物库的设计 | 第65-67页 |
| 5 小结 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 第三章 VHR抑制剂的筛选及其功能的研究 | 第72-123页 |
| 第一部分 引言 | 第72-86页 |
| 1 蛋白质酪氨酸磷酸酶的一些研究进展 | 第72-76页 |
| ·简介 | 第72-73页 |
| ·蛋白质酪氨酸磷酸酶的结构 | 第73-74页 |
| ·蛋白质酪氨酸磷酸酶与疾病的关系 | 第74-75页 |
| ·蛋白质酪氨酸磷酸酶抑制剂的筛选 | 第75-76页 |
| 2 双特异性磷酸酶VHR的研究进展 | 第76-84页 |
| ·DSP蛋白家族 | 第76-77页 |
| ·VHR的生理功能 | 第77-79页 |
| ·VHR的晶体学结构 | 第79-81页 |
| ·VHR的催化机理 | 第81-83页 |
| ·VHR的抑制剂研究 | 第83-84页 |
| 3 小结 | 第84-86页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第86-103页 |
| 1 VHR的表达及纯化 | 第86-88页 |
| 2 DOCK4虚拟筛选 | 第88-90页 |
| 3 AutoDock搭建结构模型 | 第90-91页 |
| 4 扩散编辑NMR实验 | 第91-92页 |
| 5 饱和转移差谱(STD)NMR实验 | 第92-93页 |
| 6 IC_(50)及K_i的测定 | 第93-94页 |
| 7 细胞培养技术 | 第94-98页 |
| ·冻存细胞的复苏 | 第95页 |
| ·胰蛋白酶处理分离细胞 | 第95-96页 |
| ·细胞计数 | 第96页 |
| ·细胞冻存 | 第96页 |
| ·细胞培养的污染及预防 | 第96-98页 |
| 8 MTT实验 | 第98-99页 |
| 9 RNA干扰 | 第99-101页 |
| 10 Western-blot analysis | 第101-102页 |
| 11 Cell Cycle | 第102-103页 |
| 第三部分 结果和讨论 | 第103-119页 |
| 1 VHR的表达及纯化 | 第103页 |
| 2 DOCK分子对接虚拟筛选 | 第103-105页 |
| 3 AutoDock分子对接虚拟筛选 | 第105-106页 |
| 4 扩散编辑NMR方法 | 第106-108页 |
| 5 抑制剂能力和抑制机制的初步研究 | 第108-111页 |
| ·IC_(50)的测定 | 第108-109页 |
| ·抑制剂GATPT对VHR催化活性-pH关系的影响 | 第109-110页 |
| ·抑制剂GATPT竞争性抑制VHR | 第110-111页 |
| 6 STD竞争性NMR实验 | 第111-112页 |
| 7 VHR/GATPT复合物结构模型 | 第112-114页 |
| 8 RNA干扰 | 第114-115页 |
| 9 抑制剂GATPT对ERIC和JNK磷酸化水平的影响 | 第115-117页 |
| 10 抑制剂GATPT对细胞周期的影响 | 第117页 |
| 11 小结 | 第117-119页 |
| 参考文献 | 第119-123页 |
| 第四章 人AF-6蛋白质PDZ结构域配基筛选的研究 | 第123-141页 |
| 第一部分 引言 | 第123-128页 |
| 1 人AF-6蛋白质简介 | 第123-125页 |
| 2 PDZ结构域简介 | 第125页 |
| 3 AF-6PDZ结构域小分子配体的研究进展 | 第125-127页 |
| 4 小结 | 第127-128页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第128-131页 |
| 1 人AF-6蛋白质PDZ结构域的表达及纯化 | 第128页 |
| 2 虚拟筛选 | 第128-129页 |
| 3 荧光猝灭及荧光标记 | 第129-130页 |
| 4 荧光标记实验筛选 | 第130-131页 |
| 第三部分 结果和讨论 | 第131-138页 |
| 1 虚拟筛选 | 第131-134页 |
| ·Dock | 第131-132页 |
| ·FlexX/CSore | 第132-133页 |
| ·AutoDock | 第133-134页 |
| 2 荧光标记筛选 | 第134-136页 |
| ·检测标记 | 第134-135页 |
| ·检测结果 | 第135-136页 |
| 3 小结 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-141页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142页 |
