| 中文摘要 | 第1-8页 |
| 英文摘要 | 第8-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-28页 |
| ·研究肿瘤转移的意义 | 第15-16页 |
| ·高通量筛选与肿瘤转移相关基因的方法 | 第16-22页 |
| ·差异显示技术 | 第17页 |
| ·基因表达系列分析（SAGE） | 第17-18页 |
| ·基因表达芯片（DNA 微阵列） | 第18-22页 |
| ·基因表达分析原则和方法 | 第22-23页 |
| ·小鼠基因表达的调控 | 第23页 |
| ·DNA甲基化 | 第23页 |
| ·转录因子的调控 | 第23页 |
| ·组蛋白的甲基化或乙酰化 | 第23页 |
| ·基因表达与转录因子的生物信息学分析 | 第23-24页 |
| ·Affymetrix基因表达芯片的详细操作规程（见附录一） | 第24页 |
| ·我们的研究思路及本论文的结构 | 第24-26页 |
| 参考文献 | 第26-28页 |
| 第二章 小鼠树突状细胞瘤转移相关基因的研究 | 第28-47页 |
| ·引言 | 第28页 |
| ·材料和方法 | 第28-33页 |
| ·主要试剂 | 第28-29页 |
| ·试验仪器 | 第29页 |
| ·细胞培养的方法和步骤 | 第29页 |
| ·小鼠树突状细胞瘤DD1 和DG6 全基因组表达谱和统计学处理 | 第29-30页 |
| ·逆转录PCR（RT-PCR）验证 | 第30-31页 |
| ·细胞免疫荧光（蛋白质水平）的验证 | 第31-33页 |
| ·免疫荧光技术简介 | 第31-32页 |
| ·免疫荧光细胞染色的步骤 | 第32-33页 |
| ·结果 | 第33-42页 |
| ·基因表达芯片的质量控制 | 第33-34页 |
| ·DD1 和DG6 细胞株全基因组表达差异的比较 | 第34-36页 |
| ·DD1 和DG6 细胞株显著差异表达的基因GO 分类 | 第36-40页 |
| ·部分DD1 和DG6 细胞株中表达差异显著基因的RT-PCR 验证 | 第40-41页 |
| ·部分DD1 和DG6 差异基因的蛋白质水平(细胞免疫荧光)验证 | 第41-42页 |
| ·讨论 | 第42-45页 |
| 参考文献 | 第45-47页 |
| 第三章 DNA 甲基化与小鼠树突状细胞瘤的基因表达 | 第47-60页 |
| ·引言 | 第47-48页 |
| ·小鼠 DD1 和 DG6 细胞基因组 DNA 的提取和纯化 | 第48-50页 |
| ·试验器材 | 第48-49页 |
| ·基因组 DNA 抽提原理 | 第49页 |
| ·操作步骤 | 第49-50页 |
| ·小鼠 DD1 和 DG6 细胞基因组 DNA 的转化 | 第50-51页 |
| ·试验器材 | 第50页 |
| ·试验步骤 | 第50-51页 |
| ·PCR 扩增 | 第51-52页 |
| ·试验器材 | 第51页 |
| ·引物设计与 PCR 扩增 | 第51-52页 |
| ·结果与与讨论 | 第52-58页 |
| ·PCR结果 | 第52页 |
| ·测序结果 | 第52-58页 |
| ·结论 | 第58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 第四章 小鼠树突状细胞瘤基因表达谱分析 | 第60-84页 |
| ·引言 | 第60-62页 |
| ·小鼠树突状细胞发育相关基因的表达数据处理 | 第62-68页 |
| ·数据下载与预处理 | 第62-63页 |
| ·数据标准化 | 第63-67页 |
| ·数据筛选 | 第67-68页 |
| ·分层聚类分析、SOM聚类分析和主成分分析 | 第68-74页 |
| ·聚类分析简介 | 第69页 |
| ·分层（层次）聚类法 | 第69-70页 |
| ·自组织映射神经网络（SOM）聚类 | 第70-73页 |
| ·主成分分析 | 第73-74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-82页 |
| ·DC 细胞瘤和 DC 发育相关细胞的分层聚类分析 | 第74页 |
| ·DC 细胞瘤和 DC 发育相关细胞的主成分分析 | 第74-78页 |
| ·DC细胞瘤和DC发育相关细胞的最近邻分析 | 第78-79页 |
| ·DC细胞瘤和DC发育相关细胞的SOM聚类分析 | 第79-82页 |
| 参考文献 | 第82-84页 |
| 第五章 含有同源异型结构的转录因子的生物信息学分析 | 第84-101页 |
| ·同源异型基因在转移潜能不同的小鼠树突状细胞瘤中表达存在差异 | 第84-86页 |
| ·同源异型结构的序列及 DNA 结合位点特征 | 第86-90页 |
| ·数据来源 | 第86页 |
| ·方法 | 第86-87页 |
| ·结果 | 第87-90页 |
| ·复合同源异型结构的类型、位置及结合的 DNA 序列特点 | 第90-96页 |
| ·复合同源异型结构的类型 | 第90-91页 |
| ·复合同源异型结构相对 HOX 的位置 | 第91-92页 |
| ·复合同源异型结构的 DNA 结合序列的特点 | 第92-93页 |
| ·复合同源异型框的功能 | 第93-96页 |
| ·复合同源异型框与恶性肿瘤的关系 | 第96-98页 |
| ·总结 | 第98页 |
| 参考文献 | 第98-101页 |
| 第六章 利用DNA启动子区序列的同源性寻找转录因子结合位点 | 第101-108页 |
| ·数据来源 | 第101页 |
| ·方法 | 第101-102页 |
| ·人类和小鼠、大鼠 NDF1、IPF1 和 HNF4 蛋白氨基酸序列的比对 | 第101页 |
| ·人类、小鼠、大鼠 NDF1、IPF1 和 HNF4 结构域分析 | 第101-102页 |
| ·人类、小鼠、大鼠胰岛素基因Promoter区的核苷酸序列比较 | 第102页 |
| ·转录因子在胰岛素基因启区与 DNA 的可能结合位点分析 | 第102页 |
| ·结果 | 第102-105页 |
| ·人类和小鼠、大鼠 NDF1、IPF1 和 HNF4 氨基酸序列的两两比对 | 第102页 |
| ·人类、小鼠、大鼠 NDF1、IPF1 和 HNF4 的结构域 | 第102-103页 |
| ·人类、小鼠、大鼠胰岛素基因 Promoter 区的核苷酸序列多重比对 | 第103-104页 |
| ·转录因子在胰岛素基因 Promoter 区与 DNA 的可能结合位点分析 | 第104-105页 |
| ·讨论 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-108页 |
| 总结 | 第108-109页 |
| 附录一 基因表达芯片的试验操作方案 | 第109-122页 |
| 附录二 小鼠树突状细胞瘤及高转移和低转移细胞株的鉴定 | 第122-126页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第126-127页 |
| 致谢 | 第127页 |
