| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-34页 |
| 1 硫元素及循环 | 第13-15页 |
| ·硫元素的多样性 | 第13页 |
| ·硫元素的循环 | 第13-15页 |
| 2 硫氧化微生物 | 第15-21页 |
| ·无色硫细菌（CSB） | 第16-17页 |
| ·绿色硫细菌（GSB） | 第17-18页 |
| ·紫色硫细菌（PSB） | 第18-19页 |
| ·紫色非硫细菌（PNSB） | 第19-21页 |
| 3 深海热液口及硫氧化微生物 | 第21-24页 |
| ·深海 | 第21页 |
| ·热液口 | 第21-23页 |
| ·热液生态系统的硫氧化微生物 | 第23-24页 |
| 4 微生物硫氧化途径及机制 | 第24-31页 |
| ·细菌硫氧化途径 | 第25-26页 |
| ·古菌硫氧化途径 | 第26页 |
| ·典型的硫氧化途径 | 第26-31页 |
| ·PSO 途径（Sox 途径） | 第27-29页 |
| ·S4I 途径 | 第29-31页 |
| 5 硫氧化微生物的应用 | 第31-32页 |
| ·在农业方面的应用 | 第31页 |
| ·在环境保护方面的应用 | 第31-32页 |
| ·在生物冶金的应用 | 第32页 |
| 6 本研究的目的和意义 | 第32-34页 |
| 第二章 南大西洋硫氧化细菌的分离及多样性分析 | 第34-72页 |
| 1 材料 | 第34-40页 |
| ·样品来源 | 第34页 |
| ·生化试剂和药品 | 第34页 |
| ·分子生物学试剂（盒） | 第34-35页 |
| ·主要仪器 | 第35页 |
| ·筛选培养基 | 第35-38页 |
| ·其他培养基及常用溶液 | 第38-39页 |
| ·引物 | 第39页 |
| ·主要软件 | 第39-40页 |
| 2 实验方法 | 第40-43页 |
| ·细菌基因组 DNA 的提取 | 第40页 |
| ·PCR 反应体系 | 第40-41页 |
| ·PCR 扩增程序 | 第41页 |
| ·PCR 产物纯化 | 第41页 |
| ·连接反应 | 第41-42页 |
| ·质粒的化学转化 | 第42页 |
| ·菌落 PCR | 第42页 |
| ·16S rDNA 的鉴定与系统发育树的构建 | 第42-43页 |
| ·微好氧培养体系 | 第43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-69页 |
| ·M1 培养基分离到的培养单菌 | 第44-45页 |
| ·M2 培养基分离到的培养单菌 | 第45-46页 |
| ·M3 培养基分离到的培养单菌 | 第46-48页 |
| ·M4 培养基（H2S-O2梯度双层培养基）分离到的培养单菌 | 第48-51页 |
| ·微好氧条件分离到的培养单菌 | 第51-55页 |
| ·不同培养基和培养条件得到的潜在硫氧化细菌的统计分析 | 第55-60页 |
| ·分离单菌中几个种属的多样性分析 | 第60-62页 |
| ·三个高温厌氧富集菌群 16S rRNA 文库构建分析 | 第62-69页 |
| 4 小结与讨论 | 第69-72页 |
| ·不同培养基分离单菌的差异 | 第69页 |
| ·不同站点分离单菌的差异 | 第69-70页 |
| ·富集和分离方法的改进 | 第70页 |
| ·富集和分离得到的优势种属 | 第70-71页 |
| ·高温厌氧富集结果 | 第71-72页 |
| 第三章 分离单菌的硫氧化性质的初步研究 | 第72-88页 |
| 1 材料 | 第72页 |
| ·主要仪器 | 第72页 |
| ·引物 | 第72页 |
| 2 实验方法 | 第72-74页 |
| ·PCR 扩增程序 | 第72-73页 |
| ·全自动生长曲线分析仪的使用 | 第73-74页 |
| 3 结果与分析 | 第74-84页 |
| ·平板显色粗测分离单菌生长后 pH 的变化 | 第74-77页 |
| ·分离单菌功能基因的扩增 | 第77-80页 |
| ·不同浓度的硫代硫酸钠对分离单菌生长的影响 | 第80-84页 |
| 4 小结与讨论 | 第84-88页 |
| ·平板显色法测定△pH | 第84页 |
| ·RuBisCO 基因的扩增分析 | 第84-85页 |
| ·soxB 基因的扩增分析 | 第85-86页 |
| ·不同浓度的硫代硫酸纳对菌株生长的影响 | 第86-88页 |
| 总结与展望 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-94页 |
| 附录 | 第94-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
