蚕类基因组与线粒体组高精度遗传变异图谱的构建及其研究
| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-29页 |
| ·概述 | 第15页 |
| ·基因组多态性 | 第15-19页 |
| ·基因组多态性的检测方法 | 第16-17页 |
| ·家蚕的多态性研究 | 第17-19页 |
| ·遗传变异图谱 | 第19-24页 |
| ·模式动物的遗传变异图谱 | 第19-22页 |
| ·模式植物的遗传变异图谱 | 第22-24页 |
| ·蚕类的比较基因组学研究 | 第24-25页 |
| ·蚕线粒体基因组的研究 | 第25-29页 |
| ·蚕线粒体基因组简介 | 第25-26页 |
| ·线粒体基因组分析和研究进展 | 第26-29页 |
| 第二章 引言 | 第29-33页 |
| ·研究背景 | 第29页 |
| ·研究目的和重要意义 | 第29-30页 |
| ·蚕类遗传变异图谱在生物反应器研究中的的重要意义 | 第29页 |
| ·蚕类遗传变异图谱对农林业害虫防治的指导意义 | 第29-30页 |
| ·主要研究内容 | 第30页 |
| ·研究路线 | 第30-33页 |
| 第三章 蚕类基因组高精度遗传变异图谱的构建 | 第33-45页 |
| ·材料和方法 | 第33-36页 |
| ·全基因组重测序数据来源 | 第33-34页 |
| ·公共数据的利用 | 第34-35页 |
| ·序列比对和一致性序列生成 | 第35页 |
| ·基因组多态性的检测 | 第35-36页 |
| ·连锁不平衡的计算 | 第36页 |
| ·结果与分析 | 第36-41页 |
| ·蚕类的高精度遗传图谱构建 | 第36-40页 |
| ·连锁不平衡模式 | 第40-41页 |
| ·结论与讨论 | 第41-45页 |
| ·基因组多态性的检测 | 第41-42页 |
| ·蚕类遗传变异图谱的应用 | 第42-43页 |
| ·蚕的连锁不平衡模式 | 第43-45页 |
| 第四章 蚕类群体结构分析 | 第45-55页 |
| ·材料与方法 | 第45-46页 |
| ·数据的使用 | 第45页 |
| ·蚕系统发育树 | 第45页 |
| ·主成分分析 | 第45-46页 |
| ·推断群体结构 | 第46页 |
| ·群体历史模型 | 第46页 |
| ·结果与分析 | 第46-52页 |
| ·蚕系统发育树 | 第46-48页 |
| ·主成分分析 | 第48-50页 |
| ·群体结构推断 | 第50-52页 |
| ·群体历史推断 | 第52页 |
| ·结论与讨论 | 第52-55页 |
| 第五章 家蚕中选择信号的鉴定及分析 | 第55-65页 |
| ·材料和方法 | 第55页 |
| ·数据来源 | 第55页 |
| ·鉴定人工选择痕迹 | 第55页 |
| ·GROSS中基因的芯片分析 | 第55页 |
| ·结果与分析 | 第55-63页 |
| ·候选区域的鉴定 | 第55-60页 |
| ·候选基因的表达谱分析 | 第60-61页 |
| ·候选基因的功能分析 | 第61-63页 |
| ·结论与讨论 | 第63-65页 |
| 第六章 蚕线粒体基因组的特性研究 | 第65-71页 |
| ·材料与方法 | 第65-66页 |
| ·数据来源和数据比对 | 第65页 |
| ·线粒体基因组中SNP鉴定 | 第65-66页 |
| ·结果与分析 | 第66-68页 |
| ·蚕线粒体基因组的多态性 | 第66-67页 |
| ·蚕线粒体基因组的重组 | 第67-68页 |
| ·结论与讨论 | 第68-71页 |
| 第七章 蚕线粒体进化分析 | 第71-79页 |
| ·材料与方法 | 第71-72页 |
| ·数据来源 | 第71页 |
| ·蚕线粒体系统发育树构建 | 第71页 |
| ·检验有效群体大小 | 第71-72页 |
| ·中性检验 | 第72页 |
| ·结果与分析 | 第72-77页 |
| ·中国野蚕是家蚕的真正祖先 | 第72-74页 |
| ·稳定的有效群体大小 | 第74-76页 |
| ·线粒体基因组的选择信号 | 第76-77页 |
| ·结论与讨论 | 第77-79页 |
| 第八章 综合与结论 | 第79-81页 |
| 论文的创新点 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-89页 |
| 附录 | 第89-99页 |
| 在读期间发表论文及参加课题 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
