| 中文摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·研究背景及意义 | 第7页 |
| ·研究现状 | 第7-9页 |
| ·研究现状 | 第7-8页 |
| ·面临的挑战 | 第8-9页 |
| ·本研究的提出 | 第9页 |
| ·论文的研究内容和主要工作 | 第9-10页 |
| ·论文结构安排 | 第10-11页 |
| 第二章 蛋白质与 R NA 相互作用接口模式发现的综述 | 第11-21页 |
| ·RBPs 的定义与结构 | 第11-12页 |
| ·RBPs 的定义 | 第11页 |
| ·RBPs 的结构 | 第11-12页 |
| ·接口的定义和性质 | 第12-16页 |
| ·接口的定义 | 第12-13页 |
| ·核苷酸与残基作用方式 | 第13-15页 |
| ·接口有群体出现性 | 第15-16页 |
| ·接口预测的一般方法 | 第16-19页 |
| ·预测方法 | 第16-18页 |
| ·评价方法 | 第18-19页 |
| ·预测方法面临的挑战 | 第19页 |
| ·模式发现的一般方法 | 第19-20页 |
| ·小结 | 第20-21页 |
| 第三章 Sim-EISMD 的方法原理和结果分析 | 第21-36页 |
| ·数据获取与预处理 | 第21-23页 |
| ·Sim-EISMD 方法 | 第23-27页 |
| ·候选模式 | 第23-24页 |
| ·保守性和富集性的保证 | 第24页 |
| ·Sim- EISMD 算法的实现 | 第24-26页 |
| ·Sim - EISMD 的输入输出 | 第26-27页 |
| ·不同参数设置下的结果分析 | 第27-30页 |
| ·模式长度与内部须包含接口的设置 | 第27-28页 |
| ·Rate 的不同设置对结果的影响 | 第28-29页 |
| ·参数occur 对结果的影响 | 第29-30页 |
| ·12 种模式的最终选取 | 第30-31页 |
| ·模式的生物学意义 | 第31-35页 |
| ·蛋白质的二级结构 | 第31-32页 |
| ·模式的二级结构分析 | 第32-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第四章 模式的显著性验证 | 第36-43页 |
| ·构建随机数据集 | 第36-41页 |
| ·保持氨基酸的构成不变 | 第36-38页 |
| ·在随机数据集中生成接口 | 第38-39页 |
| ·实现方法 | 第39-41页 |
| ·显著性检验结果 | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第五章 MEME 和 Gibbs Motif Sampler 的应用 | 第43-51页 |
| ·构造贫( 富) 集 | 第43-47页 |
| ·算法简介 | 第47-48页 |
| ·MEME 算法简介 | 第47页 |
| ·Gibbs Motif Sampler 算法简介 | 第47-48页 |
| ·结果分析 | 第48-50页 |
| ·MEME 搜索结果 | 第48-49页 |
| ·Gibbs Motif Sampl er 的搜索结果 | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-51页 |
| 第六章 总结与展望 | 第51-53页 |
| ·全文总结 | 第51-52页 |
| ·工作展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
