| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 基于高通量全基因组测序的水稻基因型鉴定 | 第9-72页 |
| 摘要 | 第9-13页 |
| 引言 | 第13-16页 |
| 一. 材料与方法 | 第16-25页 |
| ·基于测序的水稻重组自交系（RIL）基因型鉴定 | 第16-19页 |
| ·水稻重组自交系材料及基因组DNA 制备 | 第16页 |
| ·第二代测序仪Illumina GA上的多样品混合测序（单向测序） | 第16页 |
| ·SNP 的鉴定 | 第16-17页 |
| ·基因型的读取 | 第17-18页 |
| ·构建重组区段图（recombination bin map）以及QTL 分析 | 第18-19页 |
| ·基于测序的基因型鉴定流程的程序开发 | 第19-20页 |
| ·基于测序的水稻染色体片段替换系（CSSL）基因型鉴定 | 第20-22页 |
| ·植物材料及CSSL 的构建 | 第20页 |
| ·DNA 制备与第二代测序仪Illumina GAIIx 上的多样品混合测序（双向） | 第20-21页 |
| ·亲本SNP鉴定 | 第21页 |
| ·CSSL 个体基因型鉴定流程 | 第21-22页 |
| ·表型鉴定 | 第22页 |
| ·构建重组区段图谱及QTL 分析 | 第22页 |
| ·基于测序的水稻F2群体及高粱重组自交系的基因型鉴定 | 第22-24页 |
| ·水稻F2群体的材料 | 第22页 |
| ·利用基于测序的方法对水稻F2群体进行基因型鉴定 | 第22-23页 |
| ·高粱重组自交系群体的材料 | 第23页 |
| ·利用基于测序的方法对高粱重组自交系群体基因型鉴定 | 第23-24页 |
| ·水稻单倍型数据与亲本基因型鉴定 | 第24-25页 |
| ·从水稻单倍型图谱（haplotype map）数据中鉴定两个亲本株系的SNP | 第24页 |
| ·构建水稻单倍型图谱网页数据库 | 第24-25页 |
| 二. 结果 | 第25-59页 |
| ·基于测序的水稻重组自交系（RIL）基因型鉴定 | 第25-36页 |
| ·实验设计 | 第25-26页 |
| ·测序以及SNP 鉴定 | 第26页 |
| ·基因型的读取 | 第26-29页 |
| ·重组断裂位点的判定 | 第29页 |
| ·误差分析 | 第29-34页 |
| ·构建重组区段图以及数量性状位点（quantitative trait loci QTL）分析 | 第34-36页 |
| ·基因型鉴定流程的程序开发 | 第36-44页 |
| ·SEG-Map 处理数据流程的主要步骤 | 第36-39页 |
| ·判断重组断裂位点的详细流程 | 第39-44页 |
| ·基于测序的水稻染色体片段替换系（CSSL）基因型鉴定 | 第44-53页 |
| ·构建 CSSL(CSSL_i 和 CSSL_j) | 第44页 |
| ·两个亲本之间的SNP鉴定 | 第44-46页 |
| ·CSSLs_i and CSSLs_j 的基因型鉴定 | 第46-50页 |
| ·株高和抽穗期的QTL 分析 | 第50-53页 |
| ·基于测序的水稻F2群体与高粱重组自交系的基因型鉴定 | 第53-55页 |
| ·水稻F2群体的基因型鉴定 | 第53-54页 |
| ·高粱重组自交系群体的基因型鉴定 | 第54-55页 |
| ·水稻单倍型数据与亲本基因型鉴定 | 第55-59页 |
| ·一个包含360 万个SNP 的水稻栽培稻单倍型图谱 | 第55-58页 |
| ·用低覆盖率测序的方法鉴定亲本SNP | 第58-59页 |
| 三. 讨论 | 第59-68页 |
| ·基于测序的基因型鉴定方法 | 第59-63页 |
| ·SEG-Map 软件包 | 第63-64页 |
| ·CSSL群体的高分辨率基因型鉴定及QTL定位 | 第64-65页 |
| ·水稻F2群体与高粱重组自交系的基因型鉴定 | 第65-66页 |
| ·水稻单倍型数据与亲本基因型鉴定 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 第二章 通过水稻两个亚种籼稻和粳稻的第四号染色体基因组比较深入研究栽培稻的基因组变异 | 第72-112页 |
| 摘要 | 第72-74页 |
| 引言 | 第74-76页 |
| 一. 材料与方法 | 第76-80页 |
| ·籼稻广陆矮4 的第四号染色体物理图构建和测序 | 第76-77页 |
| ·籼稻与粳稻第四号染色体序列比对 | 第77页 |
| ·重复序列和SNP的鉴定 | 第77页 |
| ·序列分析及基因组注释 | 第77-78页 |
| ·第四号染色体上 MULE (Mutator-like transposable elements)的鉴定 | 第78-79页 |
| ·BAC 序列的公共数据库序列号 | 第79-80页 |
| 二. 结果 | 第80-104页 |
| ·籼稻广陆矮4 的第四号染色体物理图构建和测序以及对应的粳稻第四号染色体共线性区域鉴定 | 第80-85页 |
| ·由碱基替代、插入缺失和非同源片段引起的序列变异 | 第85-92页 |
| ·基因的比较分类及变异 | 第92-97页 |
| ·籼稻和粳稻第四号染色体重复序列元件与转座子MULE的比较分析 | 第97-100页 |
| ·籼稻和粳稻之间染色体倒位的鉴定 | 第100-101页 |
| ·籼稻和粳稻之间线粒体和叶绿体DNA 的比较分析 | 第101-102页 |
| ·籼稻广陆矮4和粳稻日本晴第四号染色体与籼稻93-11草图序列的比较 | 第102-104页 |
| 三. 讨论 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-112页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第112-117页 |
| 致谢 | 第117-120页 |
