| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 氧化降解代谢 | 第9-10页 |
| 1.2 氧化酶和加氧酶 | 第10-11页 |
| 1.3 氧化酶和加氧酶的氧气活化机制 | 第11-12页 |
| 1.4 非辅酶依赖型氧化酶和加氧酶 | 第12-15页 |
| 1.5 论文的主要研究内容 | 第15-16页 |
| 第二章 计算方法 | 第16-22页 |
| 2.1 量子力学方法 | 第16-19页 |
| 2.1.1 量子化学的发展 | 第16-17页 |
| 2.1.2 薛定谔方程及其近似求解 | 第17-19页 |
| 2.1.3 量子化学计算软件 | 第19页 |
| 2.2 分子力学方法 | 第19-22页 |
| 2.2.1 分子力场 | 第19-20页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第20-22页 |
| 第三章 HOD活化氧气的反应机制研究 | 第22-60页 |
| 3.1 课题背景介绍 | 第22-26页 |
| 3.2 计算方法 | 第26-29页 |
| 3.2.1 模型的搭建 | 第26-27页 |
| 3.2.2 QM计算部分 | 第27-29页 |
| 3.3 计算结果与讨论 | 第29-52页 |
| 3.3.1 氧气的结合模式 | 第30-32页 |
| 3.3.2 底物的活化 | 第32-34页 |
| 3.3.3 氧气活化的分子机制 | 第34-52页 |
| 3.3.3.1 氧气活化过程中分子结构与电子结构的变化 | 第34-36页 |
| 3.3.3.2 体系自旋态翻转的最小能量交叉点 | 第36-39页 |
| 3.3.3.3 最小能量交叉点结构的前线轨道分析 | 第39-46页 |
| 3.3.3.4 周围氨基酸对于氧气活化的影响 | 第46-49页 |
| 3.3.3.5 底物的化学特性对于氧气活化的影响 | 第49-52页 |
| 3.4 过氧化中间体的形成 | 第52-54页 |
| 3.5 形成二氧杂环丁烷中间体的过程 | 第54-56页 |
| 3.6 五员环中间体的生成 | 第56-57页 |
| 3.7 五员环中间体和四员环中间体的开环反应 | 第57-58页 |
| 3.8 本章小结 | 第58-60页 |
| 第四章 HOD氧气扩散途径的研究 | 第60-71页 |
| 4.1 课题研究背景 | 第60-61页 |
| 4.2 计算方法 | 第61-62页 |
| 4.2.1 模型的搭建 | 第61页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟计算 | 第61-62页 |
| 4.3 计算结果和讨论 | 第62-70页 |
| 4.3.1 氧气通道的预测 | 第62-66页 |
| 4.3.2 RAMD模拟结果 | 第66-67页 |
| 4.3.3 氧气分子进出不同通道的自由能比较 | 第67-70页 |
| 4.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第五章 总结和展望 | 第71-73页 |
| 5.1 主要结论 | 第71页 |
| 5.2 研究展望 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第84-86页 |