| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第14-17页 |
| 第二章 文献综述 | 第17-45页 |
| 1 芫菁简介 | 第17-20页 |
| 1.1 形态特征 | 第17-18页 |
| 1.2 生活习性 | 第18-20页 |
| 2 斑蝥素简介 | 第20-21页 |
| 2.1 理化性质 | 第20页 |
| 2.2 生物合成 | 第20-21页 |
| 2.3 应用简介 | 第21页 |
| 3 昆虫基因组研究简介 | 第21-36页 |
| 3.1 基因组与基因组学 | 第22页 |
| 3.2 基因组DNA测序技术简介 | 第22-26页 |
| 3.2.1 第一代测序技术 | 第22-23页 |
| 3.2.2 第二代测序技术 | 第23-24页 |
| 3.2.3 第三代测序技术 | 第24-25页 |
| 3.2.4 小结 | 第25-26页 |
| 3.3 基因组测序结果的组装、质量评估与注释 | 第26-30页 |
| 3.3.1 全基因鸟枪法测序的实验流程 | 第26页 |
| 3.3.2 基因组组装 | 第26-27页 |
| 3.3.3 组装质量评估 | 第27-28页 |
| 3.3.3.1 组装序列的完整性 | 第27页 |
| 3.3.3.2 拼接的正确性 | 第27页 |
| 3.3.3.3 N50 | 第27-28页 |
| 3.3.3.4 CEGMA | 第28页 |
| 3.3.3.5 BUSCO | 第28页 |
| 3.3.4 基因组注释 | 第28-30页 |
| 3.3.4.1 重复系列的识别 | 第28-29页 |
| 3.3.4.2 非编码RNA序列的预测 | 第29页 |
| 3.3.4.3 基因结构预测 | 第29-30页 |
| 3.3.4.4 基因功能注释 | 第30页 |
| 3.4 生物信息学 | 第30-31页 |
| 3.5 重要昆虫基因组研究结果简介 | 第31-35页 |
| 3.5.1 家蚕基因组 | 第32页 |
| 3.5.2 蜜蜂基因组 | 第32-33页 |
| 3.5.3 豌豆蚜基因组 | 第33页 |
| 3.5.4 小菜蛾基因组 | 第33-34页 |
| 3.5.5 飞蝗基因组 | 第34页 |
| 3.5.6 褐飞虱基因组 | 第34-35页 |
| 3.6 小结 | 第35-36页 |
| 4 昆虫线粒体基因组简介 | 第36-39页 |
| 4.1 昆虫线粒体基因组的特点 | 第36-39页 |
| 4.1.1 结构特点 | 第36-38页 |
| 4.1.2 遗传特点 | 第38页 |
| 4.1.3 进化特点 | 第38-39页 |
| 4.2 昆虫线粒体基因组在系统发育中的应用 | 第39页 |
| 5 昆虫转录组研究简介 | 第39-45页 |
| 5.1 转录组 | 第39-40页 |
| 5.2 转录组学 | 第40页 |
| 5.3 转录组测序原理及优势 | 第40-41页 |
| 5.4 转录组测序的实验流程 | 第41-42页 |
| 5.5 昆虫转录组研究现状 | 第42-45页 |
| 5.5.1 昆虫功能基因和新基因的挖掘与表达 | 第42-43页 |
| 5.5.2 昆虫的代谢途径研究 | 第43页 |
| 5.5.3 昆虫的分子标记研究 | 第43-44页 |
| 5.5.4 昆虫的差异表达基因研究 | 第44页 |
| 5.5.5 小结 | 第44-45页 |
| 第三章 两种芫菁全基因组测序与分析 | 第45-59页 |
| 1 材料与方法 | 第45-50页 |
| 1.1 实验材料 | 第45页 |
| 1.2 主要仪器设备及试剂 | 第45-46页 |
| 1.3 实验方法 | 第46-50页 |
| 1.3.1 芫菁的准备 | 第46页 |
| 1.3.2 DNA的提取 | 第46-47页 |
| 1.3.3 DNA样品的检测和保存 | 第47页 |
| 1.3.4 DNA文库的构建和测序 | 第47页 |
| 1.3.5 基因组装 | 第47-48页 |
| 1.3.6 基因组完整性评估 | 第48页 |
| 1.3.7 基因预测 | 第48-49页 |
| 1.3.8 编码基因集完整性评估 | 第49页 |
| 1.3.9 蛋白质编码基因的功能注释 | 第49-50页 |
| 2 结果 | 第50-58页 |
| 2.1 DNA样品的检测结果 | 第50页 |
| 2.2 DNA文库的构建和测序结果 | 第50-51页 |
| 2.3 基因组装结果 | 第51-52页 |
| 2.4 基因组完整性评估结果 | 第52页 |
| 2.5 基因预测结果 | 第52页 |
| 2.6 编码基因集完整性评估结果 | 第52-53页 |
| 2.7 蛋白质编码基因的功能注释结果 | 第53-58页 |
| 2.7.1 功能基因注释统计 | 第53-54页 |
| 2.7.2 眼斑沟芫菁GO注释结果 | 第54-55页 |
| 2.7.3 大斑沟芫菁GO注释结果 | 第55-56页 |
| 2.7.4 眼斑沟芫菁KEGG注释结果 | 第56-57页 |
| 2.7.5 大斑沟芫菁KEGG注释结果 | 第57-58页 |
| 3 讨论 | 第58-59页 |
| 第四章 两种芫菁线粒体基因组测序与分析 | 第59-65页 |
| 1 材料与方法 | 第59页 |
| 2 结果与讨论 | 第59-65页 |
| 2.1 线粒体基因组的结构与注释 | 第59-64页 |
| 2.1.1 线粒体基因组的结构 | 第59-61页 |
| 2.1.2 线粒体基因组的注释 | 第61-64页 |
| 2.2 系统发育树的构建 | 第64-65页 |
| 第五章 两种芫菁基于转录组测序的化学感受器基因比较分析 | 第65-87页 |
| 1 材料与方法 | 第66-71页 |
| 1.1 实验材料 | 第66页 |
| 1.2 主要仪器设备及试剂 | 第66页 |
| 1.3 实验方法 | 第66-71页 |
| 1.3.1 芫菁的准备 | 第66页 |
| 1.3.2 RNA的提取 | 第66-67页 |
| 1.3.3 RNA样品的质量检测 | 第67页 |
| 1.3.4 转录组文库的构建与测序 | 第67-68页 |
| 1.3.5 数据处理,组装和评估 | 第68页 |
| 1.3.6 功能注释 | 第68-69页 |
| 1.3.7 蛋白质编码序列预测 | 第69页 |
| 1.3.8 化学感受基因的鉴定 | 第69页 |
| 1.3.9 系统发育树和基因选择分析 | 第69-70页 |
| 1.3.10 雌雄差异表达基因分析 | 第70页 |
| 1.3.11 RT-qPCR分析直系同源基因在触角中的表达情况 | 第70-71页 |
| 2 结果 | 第71-83页 |
| 2.1 RNA样品的检测结果 | 第71页 |
| 2.2 转录组测序结果 | 第71-72页 |
| 2.3 参考基因的构建和CDS预测结果 | 第72-73页 |
| 2.4 转录本功能注释结果 | 第73-74页 |
| 2.5 化学感受基因家族分析结果 | 第74-83页 |
| 2.5.1 气味结合蛋白基因 | 第75-78页 |
| 2.5.2 化学感受蛋白基因 | 第78-79页 |
| 2.5.3 感觉神经元膜蛋白基因 | 第79-80页 |
| 2.5.4 气味受体基因 | 第80-82页 |
| 2.5.5 味觉受体基因 | 第82页 |
| 2.5.6 离子型受体基因 | 第82-83页 |
| 3 讨论 | 第83-87页 |
| 3.1 非受体基因家族 | 第85页 |
| 3.2 受体基因家族 | 第85-86页 |
| 3.3 化学感受基因分歧 | 第86-87页 |
| 第六章 眼斑沟芫菁的雌雄差异表达基因及斑蝥素合成通路转录组分析 | 第87-96页 |
| 1 材料与方法 | 第87-89页 |
| 1.1 数据过滤和组装 | 第87-88页 |
| 1.2 转录本功能注释 | 第88页 |
| 1.3 转录本表达量及差异表达计算 | 第88页 |
| 1.3.1 转录本表达量计算 | 第88页 |
| 1.3.2 差异表达转录本计算 | 第88页 |
| 1.4 KEGG通路富集分析 | 第88-89页 |
| 2 结果 | 第89-94页 |
| 2.1 数据过滤和组装结果 | 第89-90页 |
| 2.2 雌雄差异基因表达结果 | 第90-91页 |
| 2.3 斑蝥素合成相关分析结果 | 第91-94页 |
| 3 讨论 | 第94-96页 |
| 第七章 结论与展望 | 第96-100页 |
| 1 主要研究结论 | 第96-97页 |
| 1.1 两种芫菁的全基因组测序和初步分析结论 | 第96页 |
| 1.2 两种芫菁的线粒体基因组测序和分析结论 | 第96页 |
| 1.3 两种芫菁的化学感受器相关基因转录组比较分析结论 | 第96-97页 |
| 1.4 眼斑沟芫菁的雌雄差异表达基因及斑蝥素合成通路分析结论 | 第97页 |
| 2 主要创新点 | 第97-98页 |
| 2.1 首次绘制了眼斑沟芫菁和大斑沟芫菁的全基因组草图 | 第97-98页 |
| 2.2 首次对眼斑沟芫菁和大斑沟芫菁的化学感受器基因家族进行了转录组分析 | 第98页 |
| 2.3 对眼斑沟芫菁的雌雄差异表达基因和斑蝥素合成通路进行了转录组分析 | 第98页 |
| 3 后续研究设想 | 第98-100页 |
| 3.1 眼斑沟芫菁和大斑沟芫菁基因组数据的深入挖掘 | 第98页 |
| 3.2 眼斑沟芫菁和大斑沟芫菁化学感受器基因家族的深入研究 | 第98-99页 |
| 3.3 大斑沟芫菁的性别差异表达基因及斑蝥素生物合成通路分析 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 附录 | 第111-112页 |
