| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-16页 |
| 1.1 核桃的研究进展 | 第8-11页 |
| 1.1.1 核桃在我国的分布情况 | 第8页 |
| 1.1.2 核桃的利用价值 | 第8页 |
| 1.1.3 核桃的起源研究 | 第8-9页 |
| 1.1.4 核桃属植物种质资源鉴定技术研究 | 第9-11页 |
| 1.1.4.1 形态学研究 | 第9页 |
| 1.1.4.2 生理生化分析法研究 | 第9-10页 |
| 1.1.4.3 分子标记在核桃研究中的应用 | 第10-11页 |
| 1.2 454测序系统在植物遗传学研究中的应用 | 第11-12页 |
| 1.2.1 新基因的发现与物种基因文库的构建 | 第11页 |
| 1.2.2 SSR和SNP等分子标记的发现及筛选 | 第11-12页 |
| 1.2.3 代谢途径的确定 | 第12页 |
| 1.3 基因组核苷酸变异序列的研究 | 第12-14页 |
| 1.3.1 微卫星的研究 | 第12-14页 |
| 1.3.1.1 微卫星的变异机制 | 第13页 |
| 1.3.1.2 微卫星的功能和应用 | 第13-14页 |
| 1.3.2 核苷酸序列的研究与应用 | 第14页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第14-16页 |
| 第二章 核桃基因组测序 | 第16-23页 |
| 2.1 材料与方法 | 第16-20页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第16页 |
| 2.1.2 仪器与设备 | 第16页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第16页 |
| 2.1.4 实验方法 | 第16-17页 |
| 2.1.4.1 核桃叶片DNA的提取 | 第16-17页 |
| 2.1.4.2 DNA的检测 | 第17页 |
| 2.1.5 DNA文库建立 | 第17-20页 |
| 2.1.5.1 DNA打断和末端补平 | 第17-18页 |
| 2.1.5.2 AMpure磁珠的制备 | 第18页 |
| 2.1.5.3 接头连接 | 第18页 |
| 2.1.5.4 短片段去除 | 第18页 |
| 2.1.5.5 文库定量 | 第18页 |
| 2.1.5.6 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer检测文库质量 | 第18-19页 |
| 2.1.5.7 文库测序 | 第19页 |
| 2.1.5.8 基因组数据序列拼接 | 第19-20页 |
| 2.2 结果与分析 | 第20-22页 |
| 2.2.1 DNA样品检测 | 第20页 |
| 2.2.2 测序文库质量检测 | 第20-21页 |
| 2.2.3 测序结果统计 | 第21页 |
| 2.2.4 测序后拼接结果 | 第21-22页 |
| 2.3 讨论 | 第22-23页 |
| 第三章 核桃基因组微卫星特征分析 | 第23-29页 |
| 3.1 核桃基因组微卫星的查找 | 第23页 |
| 3.2 结果与分析 | 第23-27页 |
| 3.2.1 核桃基因组微卫星丰度及分布密度分析 | 第23-24页 |
| 3.2.2 核桃基因组微卫星的优势重复拷贝类型碱基组成分析 | 第24-25页 |
| 3.2.3 核桃基因组微卫星长度分度及变异分析 | 第25-27页 |
| 3.3 讨论 | 第27-29页 |
| 3.3.1 核桃基因组微卫星密度 | 第27页 |
| 3.3.2 核桃基因组微卫星优势类型 | 第27页 |
| 3.3.3 核桃微卫星中CG碱基过少分析 | 第27页 |
| 3.3.4 核桃微卫星长度变异分析 | 第27-29页 |
| 第四章 核桃基因组SNPS和INDELS发掘与分析 | 第29-34页 |
| 4.1 方法 | 第29-31页 |
| 4.1.1 序列比对 | 第29-30页 |
| 4.1.2 SNPs和InDels数据的筛选 | 第30-31页 |
| 4.2 结果与分析 | 第31-32页 |
| 4.2.1 SNP类型统计 | 第31页 |
| 4.2.2 InDels的统计分析 | 第31-32页 |
| 4.3 讨论 | 第32-34页 |
| 4.3.1 核桃基因组SNP的分布密度 | 第32-33页 |
| 4.3.2 SNP类型的讨论 | 第33页 |
| 4.3.3 InDel分布及其偏好性 | 第33-34页 |
| 第五章 主要研究成果及展望 | 第34-35页 |
| 5.1 主要研究成果 | 第34页 |
| 5.2 展望 | 第34-35页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第35-36页 |
| 参考文献 | 第36-40页 |
